genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  296  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92043509--92043535	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
92052667--92052700	17	1.9	18	88	5	52	14	29	44	11	1.81
92054501--92054641	40	3.5	40	84	8	162	25	24	25	24	2.00
92054584--92054667	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
92062524--92062702	40	4.4	40	83	3	207	25	24	26	24	2.00
92062524--92062702	80	2.2	81	86	3	245	25	24	26	24	2.00
92062558--92062742	80	2.3	80	80	4	203	28	23	24	23	2.00
92062645--92062728	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
92067668--92067778	41	2.8	41	86	6	147	23	23	26	27	2.00
92067668--92067797	41	3.2	40	81	9	140	24	23	25	26	2.00
92067668--92067822	80	1.9	81	79	8	174	25	23	25	24	2.00
92075678--92075872	40	4.8	40	79	6	171	27	23	26	23	2.00
92075680--92075872	80	2.4	80	82	2	226	26	23	26	23	2.00
92075801--92075884	40	2.1	40	82	4	98	26	29	26	17	1.98
92075717--92075898	80	2.3	80	79	4	188	28	23	25	22	1.99
92080329--92080353	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
92085950--92086059	40	2.8	40	84	0	139	23	25	23	27	2.00
92089570--92089650	39	2.0	40	88	2	119	51	9	14	23	1.72
92091814--92091909	27	3.6	27	77	9	81	46	8	18	26	1.77
92091817--92091915	26	3.7	26	70	14	76	43	9	20	27	1.81
92091958--92092015	27	2.1	27	90	0	89	32	20	18	27	1.97
92091966--92092026	27	2.3	27	91	0	95	29	19	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92095285--92095532	50	4.9	50	83	3	302	23	18	27	29	1.98
92095239--92095521	101	2.8	100	82	2	316	24	18	26	31	1.98
92095243--92095538	151	1.9	153	88	2	445	23	18	27	31	1.97
92098642--92098730	45	1.9	47	84	8	121	25	11	14	48	1.77
92102809--92102866	19	3.4	17	71	28	52	62	5	1	31	1.27
92102955--92102979	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
92123953--92124005	29	2.0	27	82	14	65	62	3	1	32	1.24
92126349--92126536	50	3.8	50	82	0	225	34	27	18	20	1.95
92126350--92126536	100	1.9	99	86	3	268	34	27	17	20	1.95
92126349--92126528	25	7.2	25	67	8	107	35	27	17	20	1.95
92126683--92126730	24	2.0	24	83	0	60	18	27	20	33	1.96
92138860--92138979	58	2.1	57	98	1	231	49	5	1	44	1.34
92138957--92139062	27	4.0	27	74	15	112	49	13	0	37	1.42
92138982--92139243	43	5.6	46	80	10	254	48	14	1	34	1.55
92138974--92139298	86	3.6	85	76	13	312	47	16	1	34	1.57
92139014--92139290	43	6.4	43	76	14	239	47	15	2	34	1.58
92139107--92139307	9	23.0	9	71	14	84	47	17	1	33	1.57
92139159--92139290	36	3.5	36	80	15	151	46	17	2	33	1.60
92142731--92142838	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
92144121--92144146	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
92147691--92147722	16	2.0	16	93	0	55	75	3	3	18	1.08
92147649--92147745	3	33.7	3	68	8	58	64	2	6	26	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92149727--92149813	42	2.1	42	93	0	147	27	22	18	31	1.97
92150338--92150435	43	2.2	44	85	1	126	23	26	21	28	1.99
92162519--92162550	16	2.0	16	93	0	55	75	3	3	18	1.08
92162477--92162574	3	34.7	3	69	10	55	65	2	6	26	1.27
92163217--92163344	26	4.9	26	96	0	220	32	6	25	35	1.81
92168987--92169094	51	2.1	51	92	0	180	34	5	24	36	1.79
92168987--92169094	26	4.2	26	95	3	175	34	5	24	36	1.79
92170573--92170625	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
92172077--92172130	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
92174096--92174124	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
92174488--92174527	21	1.9	21	94	0	71	37	20	30	12	1.89
92174730--92174823	47	2.0	47	93	0	161	19	5	25	50	1.68
92174835--92174880	22	2.1	22	100	0	92	36	0	26	36	1.57
92174958--92175079	42	3.0	41	82	5	131	25	18	20	35	1.95
92181481--92181518	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
92187689--92187727	14	2.7	15	88	7	55	35	12	7	43	1.72
92191727--92191829	29	3.6	28	77	5	107	28	33	17	21	1.96
92193866--92193906	20	2.1	19	86	4	55	36	4	7	51	1.51
92194926--92194990	24	2.7	24	85	4	78	27	24	21	26	1.99
92195543--92195569	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
92197655--92197722	21	3.3	20	78	21	70	48	8	0	42	1.34
92197673--92197722	19	2.5	18	81	18	55	50	8	0	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92202766--92202802	17	2.2	17	90	0	56	91	2	2	2	0.53
92202984--92203046	27	2.5	24	79	16	74	30	3	22	44	1.68
92202991--92203067	27	2.7	29	88	6	113	25	5	19	49	1.69
92203639--92203671	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
92203766--92203808	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
92203912--92203943	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
92204038--92204087	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
92204041--92204110	9	7.8	9	85	0	59	31	5	1	61	1.28
92204178--92204238	22	2.8	22	80	2	61	18	6	6	68	1.33
92213624--92213807	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
92213664--92213852	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
92221738--92221962	40	5.7	40	80	5	208	26	23	27	22	1.99
92221738--92221962	79	2.8	79	76	8	215	26	23	27	22	1.99
92227500--92228287	205	3.9	206	92	2	1259	29	18	22	29	1.97
92228341--92228426	44	2.0	43	84	6	111	29	16	29	25	1.97
92228811--92228893	31	2.7	31	90	0	130	24	3	18	54	1.59
92229349--92229383	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
92229475--92229507	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
92229602--92229644	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
92229748--92229779	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
92229874--92229938	3	22.0	3	93	3	114	33	1	0	64	1.03
92230007--92230067	22	2.8	22	80	2	61	18	6	6	68	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92241725--92242513	204	3.9	206	92	1	1268	29	18	22	29	1.97
92241725--92242513	409	1.9	409	92	0	1328	29	18	22	29	1.97
92242567--92242652	44	2.0	43	84	6	111	29	16	29	25	1.97
92242817--92242856	1	40.0	1	87	0	53	92	2	2	2	0.50
92243047--92243128	30	2.7	31	92	1	139	24	4	18	52	1.65
92243047--92243128	31	2.7	30	90	1	128	24	4	18	52	1.65
92243579--92243620	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
92243714--92243743	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
92243838--92243880	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
92243984--92244015	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
92244113--92244154	3	14.0	3	94	0	75	33	2	0	64	1.07
92244223--92244283	22	2.8	22	80	2	61	18	6	6	68	1.33
92247031--92247078	20	2.4	20	78	0	51	10	29	20	39	1.86
92247031--92247128	49	2.0	49	80	4	108	11	31	20	36	1.88
92248644--92248682	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
92249143--92249233	28	3.2	28	89	4	130	31	21	24	21	1.98
92249339--92249403	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
92252532--92252740	98	2.1	99	82	6	244	32	13	22	31	1.93
92253020--92253052	17	2.0	17	88	5	50	48	0	18	33	1.48
92255499--92255704	43	4.9	41	82	8	143	29	25	16	28	1.97
92255540--92255696	85	1.8	86	85	6	221	27	26	18	28	1.98
92261729--92261766	16	2.3	17	90	4	60	23	18	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92262054--92262117	29	2.2	29	100	0	128	7	14	6	71	1.28
92265966--92266129	43	3.8	43	75	12	131	30	25	19	25	1.98
92275285--92275460	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
92275282--92275452	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
92278373--92278460	30	3.0	30	84	1	106	10	14	15	59	1.61
92278377--92278461	15	5.8	14	77	9	80	9	14	16	60	1.59
92280839--92281013	46	3.8	46	78	6	201	21	20	29	28	1.98
92280836--92281005	92	1.8	93	92	1	288	21	21	29	27	1.99
92284857--92285018	43	3.8	42	73	11	123	32	24	17	25	1.97
92287077--92287118	21	2.0	21	90	0	66	40	11	11	35	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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