genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21782839--21783048	43	4.8	43	85	4	242	29	27	16	27	1.97
21782839--21783048	88	2.4	86	82	4	242	29	27	16	27	1.97
21783660--21783685	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
21794988--21795052	26	2.5	26	80	12	78	72	4	4	18	1.20
21795003--21795048	12	3.7	12	82	8	56	71	4	6	17	1.24
21795103--21795129	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
21795134--21795361	3	77.0	3	75	10	193	61	1	5	31	1.29
21798045--21798115	27	2.6	28	80	8	92	38	5	0	56	1.23
21798041--21798117	29	2.6	29	77	6	84	37	5	0	57	1.21
21798625--21798671	18	2.5	20	76	13	55	51	10	0	38	1.37
21800769--21800813	16	2.8	16	80	12	56	37	2	2	57	1.23
21804007--21804043	18	2.1	18	100	0	74	51	5	0	43	1.24
21809460--21809501	21	1.9	23	90	9	70	38	16	9	35	1.81
21812595--21812704	38	2.8	38	84	4	130	43	24	18	13	1.86
21814272--21814342	35	2.0	35	88	0	106	16	8	15	59	1.60
21817164--21817226	30	2.1	30	88	5	92	60	15	3	20	1.49
21820781--21820817	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
21821059--21821205	43	3.4	43	75	6	147	26	15	22	35	1.94
21822215--21822263	15	3.3	15	73	21	57	20	28	28	22	1.98
21822206--21822273	30	2.3	30	100	0	136	14	26	33	25	1.94
21828801--21828915	43	2.7	44	84	2	144	22	14	27	34	1.94
21829017--21829082	33	2.0	32	88	2	96	37	6	30	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21833475--21833689	40	5.4	40	88	3	303	24	22	28	24	2.00
21838589--21838671	39	2.2	39	88	2	123	25	26	8	39	1.84
21840418--21840477	30	2.0	30	96	0	111	21	16	26	35	1.95
21862178--21862316	58	2.4	58	88	0	206	27	17	18	36	1.93
21862672--21862725	21	2.6	21	80	8	58	20	18	20	40	1.91
21867932--21868032	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
21875390--21875490	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
21882391--21882443	26	2.0	26	100	0	106	47	11	11	30	1.74
21884002--21884104	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
21887466--21887499	17	2.0	17	100	0	68	58	17	5	17	1.57
21890309--21890369	24	2.5	25	81	7	72	65	0	0	34	0.93
21890329--21890363	16	2.2	16	90	5	54	71	0	0	28	0.86
21890606--21890645	13	3.3	13	76	20	50	37	7	0	55	1.29
21890604--21890654	23	2.2	23	85	0	66	35	9	1	52	1.46
21892782--21892819	15	2.5	15	91	4	58	28	0	2	68	1.03
21892756--21892823	9	8.1	8	72	16	50	33	0	1	64	1.02
21894820--21894879	28	2.1	28	87	6	86	46	0	0	53	1.00
21895389--21895440	14	3.8	14	78	14	63	55	3	0	40	1.18
21899381--21899406	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
21907789--21907903	18	6.1	18	67	19	56	41	13	7	37	1.73
21907795--21907919	38	3.3	38	74	4	126	42	14	8	35	1.75
21914448--21914802	46	7.5	46	77	9	279	29	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21914448--21914659	94	2.3	94	86	0	280	30	18	27	23	1.98
21914537--21914804	49	5.6	49	74	11	184	28	20	27	22	1.99
21922264--21922326	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
21925348--21925434	43	2.0	43	86	8	124	24	16	29	29	1.96
21929704--21929760	20	2.8	20	86	0	78	24	26	0	49	1.51
21934586--21934639	27	2.0	27	96	0	99	29	35	11	24	1.90
21935070--21935102	16	2.0	17	88	5	50	51	18	3	27	1.60
21936390--21936424	17	2.0	18	94	5	63	57	5	2	34	1.37
21937930--21937966	15	2.4	16	86	9	58	45	2	45	5	1.40
21946554--21946589	17	2.1	18	94	5	65	50	5	5	38	1.49
21950044--21950087	19	2.3	19	88	0	61	9	34	0	56	1.31
21959687--21959798	43	2.6	43	92	0	188	33	19	14	32	1.92
21960339--21960383	21	2.1	21	83	0	54	35	22	0	42	1.54
21963885--21963964	27	2.9	27	85	5	99	40	16	10	33	1.82
21963894--21963983	27	3.3	27	84	3	110	40	16	10	33	1.82
21963978--21964038	27	2.3	27	82	0	68	32	27	8	31	1.86
21963989--21964199	27	7.8	27	88	2	280	27	24	9	39	1.85
21964070--21964345	27	10.2	27	81	4	101	34	22	9	34	1.85
21964192--21964430	54	4.4	53	76	9	205	39	19	9	31	1.83
21964193--21964347	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
21964187--21964407	27	8.1	27	76	7	153	39	18	8	33	1.81
21964448--21964525	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21965680--21965727	25	2.0	24	83	4	60	31	25	18	25	1.98
21965766--21965842	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
21965775--21965846	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
21965764--21965846	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
21965900--21966065	24	7.0	24	88	4	230	29	22	21	26	1.99
21965900--21966066	47	3.5	48	89	4	241	29	22	20	26	1.99
21965900--21966065	71	2.3	71	90	3	253	29	22	21	26	1.99
21966259--21966322	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
21974624--21974773	39	3.8	39	95	0	264	24	32	20	22	1.98
21982508--21982654	39	3.7	39	94	0	249	25	31	19	23	1.98
21985526--21985605	40	2.0	40	100	0	160	27	27	5	40	1.77
21988224--21988328	52	2.0	52	96	0	192	28	21	9	40	1.85
21988232--21988312	25	3.2	25	65	13	65	32	19	9	38	1.85
21996867--21996999	42	3.2	42	79	2	142	27	12	27	32	1.93
21997213--21997269	30	1.9	30	100	0	114	31	19	17	31	1.95
22007483--22007604	48	2.5	49	82	5	133	27	15	27	30	1.96
22007815--22007855	21	1.9	22	90	5	66	41	0	29	29	1.56
22018346--22018528	40	4.6	40	89	1	269	25	27	24	22	2.00
22020208--22020325	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22020176--22020339	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
22027027--22027144	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22026995--22027158	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22033198--22033373	46	3.8	46	75	10	178	21	20	28	29	1.98
22033194--22033366	93	1.9	93	90	0	274	21	20	28	28	1.98
22035174--22035240	26	2.6	27	90	4	111	5	2	25	65	1.29
22036095--22036719	72	8.6	72	88	3	903	31	20	16	31	1.95
22036095--22036734	147	4.4	148	87	4	901	31	20	16	31	1.95
22036100--22036727	221	2.8	220	92	3	1046	31	20	16	31	1.95
22045013--22045043	12	2.6	12	94	0	53	41	9	22	25	1.84
22047904--22048122	79	2.8	80	86	4	313	27	24	26	21	1.99
22047904--22048122	118	1.9	118	86	3	316	27	24	26	21	1.99
22047904--22048094	39	4.8	40	90	3	307	26	23	27	22	2.00
22055660--22055853	40	4.9	40	92	0	318	26	22	28	23	1.99
22055660--22055880	80	2.8	80	87	2	322	27	23	27	22	1.99
22057684--22057780	38	2.5	39	77	6	101	53	2	6	38	1.38
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22058275--22058349	26	2.9	27	90	4	109	5	2	26	65	1.27
22065032--22065155	39	3.2	39	91	1	185	23	19	33	24	1.97
22065049--22065191	39	3.6	40	84	0	119	22	22	32	22	1.98
22065850--22065956	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	23	1.93
22065965--22066034	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
22068261--22068337	39	2.0	37	85	9	102	18	19	11	50	1.77
22074754--22074961	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
22074754--22074959	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22082740--22082947	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
22082740--22082945	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
22091213--22091379	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
22098427--22098574	38	3.8	39	83	8	169	27	22	26	23	1.99
22098464--22098576	40	2.9	39	88	7	158	26	22	27	23	1.99
22101630--22101730	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
22101630--22101811	40	4.6	40	82	4	181	28	22	26	23	1.99
22109651--22109821	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
22112943--22113073	40	3.3	39	81	8	165	26	27	21	24	1.99
22112959--22113109	80	1.9	79	83	6	198	24	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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