genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  108  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31656781--31656847	17	3.7	17	70	25	57	28	1	23	46	1.61
31656752--31656894	39	3.7	39	91	0	216	30	3	21	44	1.69
31659928--31660022	43	2.2	43	88	3	138	29	28	21	21	1.98
31661074--31661149	39	1.9	39	100	0	152	30	18	7	43	1.78
31661189--31661217	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
31663726--31663903	81	2.2	81	81	4	198	39	20	8	32	1.82
31663726--31663931	27	7.6	27	75	8	118	38	20	10	30	1.86
31663889--31664352	27	17.3	27	82	1	493	37	18	19	25	1.94
31663896--31664336	81	5.5	81	86	1	582	37	18	19	25	1.94
31664747--31664826	31	2.6	31	87	0	115	18	18	15	47	1.83
31664747--31664825	6	12.8	6	74	15	72	17	18	15	48	1.82
31664747--31664825	19	4.3	18	73	17	72	17	18	15	48	1.82
31677726--31677828	29	3.6	29	82	2	91	28	30	16	25	1.97
31677814--31677913	43	2.3	43	98	0	191	23	36	13	28	1.92
31685859--31685961	29	3.6	27	81	5	98	28	31	16	24	1.96
31685944--31686046	43	2.4	43	96	0	188	21	36	13	28	1.91
31688260--31688340	34	2.3	34	81	8	92	29	25	24	19	1.99
31691920--31691951	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
31692031--31692463	50	8.6	50	75	5	329	30	24	18	26	1.98
31692231--31692412	101	1.8	101	91	2	303	30	23	19	26	1.98
31692023--31692417	151	2.6	150	86	2	533	30	24	19	26	1.98
31692820--31692856	19	1.9	19	88	0	56	51	21	0	27	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31695431--31695474	15	2.9	15	86	10	63	50	13	22	13	1.77
31695416--31695474	30	2.0	30	82	0	73	50	13	22	13	1.76
31698285--31698613	180	1.8	180	84	2	446	32	19	9	38	1.83
31698938--31698969	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
31699172--31699554	50	7.6	50	76	6	299	31	24	17	26	1.97
31699229--31699511	101	2.8	101	87	1	379	30	24	17	26	1.97
31699172--31699515	151	2.3	150	83	3	413	30	24	17	27	1.97
31699914--31699960	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
31710264--31710393	40	3.2	40	83	2	172	23	23	28	25	1.99
31713114--31713243	40	3.3	39	82	4	163	23	27	24	23	2.00
31717451--31717539	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
31717451--31717530	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
31717462--31717539	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
31726373--31726502	40	3.3	39	82	4	163	23	27	24	23	2.00
31729845--31729950	40	2.7	40	92	0	185	24	27	23	24	2.00
31740765--31740790	13	2.0	13	100	0	52	23	30	46	0	1.53
31745824--31745986	39	4.2	39	91	0	245	24	31	20	23	1.98
31759310--31759373	28	2.3	28	89	5	94	31	26	7	34	1.85
31759480--31759570	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
31767121--31767178	27	2.1	27	87	6	82	31	24	8	36	1.85
31767282--31767375	28	3.3	28	89	4	136	19	23	24	32	1.97
31767283--31767400	56	2.1	55	80	9	123	19	23	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31771490--31771697	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
31771492--31771697	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
31773186--31773406	80	2.8	80	91	4	342	25	22	27	24	2.00
31773186--31773373	40	4.7	40	92	3	317	24	22	27	25	2.00
31781226--31781445	80	2.8	79	89	4	311	26	22	25	25	2.00
31781226--31781413	40	4.7	40	88	3	290	25	22	26	25	2.00
31788035--31788112	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
31795887--31795964	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
31800521--31800700	40	4.6	40	77	12	153	22	27	25	24	2.00
31808015--31808089	28	2.6	28	87	6	98	28	12	26	33	1.92
31811428--31811484	30	1.9	30	88	0	87	42	7	24	26	1.80
31820678--31820882	40	5.2	40	82	3	200	25	22	26	25	2.00
31820680--31820882	77	2.6	80	82	4	234	25	22	26	25	2.00
31826314--31826355	22	1.9	22	100	0	84	47	9	4	38	1.57
31828982--31829189	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
31828984--31829189	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
31837839--31838046	40	5.2	39	80	3	184	25	25	23	25	2.00
31837839--31838045	80	2.6	80	80	3	220	25	25	23	25	2.00
31840205--31840314	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
31840205--31840354	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
31846187--31846311	50	2.5	50	81	3	146	25	16	27	31	1.96
31849106--31849311	46	4.4	46	73	15	156	30	19	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31858419--31858532	42	2.7	42	83	4	140	30	14	21	33	1.93
31859757--31859810	27	2.0	27	100	0	108	37	11	18	33	1.86
31862828--31862930	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
31863071--31863405	48	7.0	48	95	1	586	31	28	5	34	1.81
31863092--31863394	142	2.1	143	96	1	563	31	29	6	33	1.83
31866676--31866731	27	2.1	27	100	0	112	17	7	19	55	1.65
31868928--31868980	27	2.0	27	84	0	70	39	7	13	39	1.73
31869230--31869462	49	4.7	50	82	2	290	25	18	27	28	1.98
31872181--31872240	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
31872662--31872837	46	3.8	46	75	15	164	22	19	29	28	1.98
31872660--31872829	93	1.8	93	88	2	261	22	20	29	27	1.98
31877434--31877547	27	4.2	28	78	4	101	37	19	21	21	1.94
31880584--31880686	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
31886257--31886358	29	3.5	29	86	5	136	23	15	33	27	1.95
31894060--31894161	29	3.5	29	86	5	136	23	15	33	27	1.95
31899700--31899802	29	3.6	28	85	5	127	29	27	15	28	1.96
31914452--31914530	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
31920824--31921006	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
31928704--31928876	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
31928712--31928881	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
31931244--31931332	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
31931244--31931323	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31931255--31931332	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
31934266--31934438	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
31934274--31934443	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
31936803--31936891	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
31936803--31936882	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
31936814--31936891	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
31939828--31940000	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
31939836--31940005	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
31942843--31942983	39	3.6	39	92	0	210	24	30	19	26	1.98
31945128--31945230	43	2.4	44	90	3	156	29	20	18	32	1.96
31952317--31952367	20	2.5	20	90	0	75	33	7	17	41	1.79
31954419--31954636	23	9.5	23	81	5	253	23	19	25	31	1.98
31954408--31954639	46	5.0	46	92	2	351	22	20	25	31	1.98
31957466--31957535	35	2.0	35	100	0	140	25	28	8	37	1.85
31961699--31961887	38	4.9	38	88	1	252	31	27	21	19	1.98
31969408--31969558	38	3.9	38	89	1	212	31	27	20	20	1.97
31971113--31971294	40	4.6	40	89	4	253	21	28	22	28	1.99
31982373--31982550	39	4.6	40	88	6	251	20	28	23	27	1.99
31982373--31982550	79	2.3	78	86	8	247	20	28	23	27	1.99
31984663--31984870	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
31984665--31984870	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
31992709--31992916	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31992711--31992916	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
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32002467--32002632	80	2.1	80	86	4	228	26	22	27	24	2.00
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32013862--32013892	11	2.8	11	95	0	53	45	25	3	25	1.69
32015470--32015644	24	7.0	24	77	13	165	40	13	20	26	1.89
32015493--32015653	52	3.1	52	89	3	227	38	14	21	25	1.91
32015470--32015633	76	2.2	75	81	10	183	40	12	20	26	1.88
32015680--32015879	51	3.9	51	88	5	289	31	13	25	30	1.94
32018833--32018899	32	2.1	32	97	0	125	46	10	8	34	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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