genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  260  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79937682--79937722	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
79940225--79940314	42	2.1	43	85	2	119	34	27	11	26	1.90
79942142--79942355	27	7.9	27	90	2	331	29	22	7	39	1.83
79942358--79942535	27	6.6	27	84	2	178	41	21	8	28	1.82
79942358--79942647	54	5.4	54	79	6	227	39	21	11	27	1.87
79942358--79942535	81	2.2	81	85	4	234	41	21	8	28	1.82
79942358--79942649	81	3.6	80	77	9	229	39	21	11	27	1.87
79942468--79942724	107	2.4	107	80	10	251	37	20	15	26	1.93
79942556--79942714	80	2.0	81	90	3	250	36	19	19	24	1.95
79942554--79942724	27	6.4	27	86	1	236	35	20	20	23	1.96
79942556--79942740	80	2.3	81	85	6	225	36	18	20	24	1.95
79942947--79943041	25	3.8	25	95	0	163	25	25	23	26	2.00
79942947--79943054	25	4.4	25	88	8	118	27	23	23	25	2.00
79946003--79946076	38	1.9	38	81	10	89	64	2	13	18	1.39
79947674--79947787	57	2.0	57	100	0	228	38	35	7	19	1.79
79967639--79967668	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
79974213--79974244	16	2.0	16	100	0	64	50	18	0	31	1.48
79974537--79974591	27	2.0	27	82	6	67	43	18	1	36	1.61
79978726--79978770	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
79982119--79982303	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
79982120--79982311	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
79982119--79982336	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79985593--79985779	40	4.7	40	85	3	225	25	21	26	26	2.00
79985595--79985779	80	2.3	81	85	3	250	24	22	26	26	2.00
79985595--79985812	79	2.7	79	81	4	199	26	21	26	26	2.00
79992128--79992196	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
79993824--79993861	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
80003181--80003364	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
80003221--80003409	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
80024543--80024670	48	2.7	48	90	0	193	36	7	25	30	1.84
80024554--80024697	48	3.0	47	84	6	182	35	8	26	29	1.86
80024830--80024907	37	2.1	37	90	0	120	21	19	33	25	1.97
80030292--80030362	27	2.6	27	82	6	81	39	15	9	35	1.81
80030342--80030608	27	9.9	27	84	3	232	27	23	9	39	1.85
80030342--80030590	81	3.1	81	83	5	333	27	24	8	39	1.83
80030342--80030590	54	4.6	54	82	4	286	27	24	8	39	1.83
80031909--80031969	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
80032019--80032185	24	7.0	24	88	3	230	29	23	20	26	1.99
80032379--80032442	31	2.1	31	90	0	101	42	15	18	23	1.89
80040648--80040685	5	7.6	5	93	0	58	18	5	0	76	0.97
80042724--80042868	40	3.6	40	89	5	213	23	23	28	24	2.00
80042717--80042908	80	2.4	79	81	6	201	22	23	28	25	2.00
80050857--80050996	45	3.1	45	77	7	151	29	15	12	42	1.83
80059784--80059888	36	2.9	36	100	0	210	21	8	20	49	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80062080--80062204	46	2.7	46	82	6	155	26	18	31	24	1.98
80066411--80066495	42	2.0	42	95	0	152	18	20	29	31	1.96
80077496--80077792	142	2.1	143	97	1	569	21	10	28	38	1.87
80078434--80078565	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
80084417--80084600	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
80084457--80084645	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
80098376--80098524	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
80098417--80098524	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80101543--80101569	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
80109442--80109550	49	2.3	47	76	9	112	23	31	19	25	1.98
80110825--80110940	46	2.5	46	86	6	146	27	19	30	22	1.98
80110825--80110971	46	3.2	47	80	8	142	28	18	29	23	1.98
80112325--80112639	48	6.7	48	75	11	235	23	28	19	28	1.98
80112367--80112639	96	2.9	96	88	3	412	22	28	19	29	1.98
80115074--80115199	51	2.5	51	82	0	171	42	13	5	38	1.68
80120199--80120327	51	2.5	51	83	0	177	42	13	5	38	1.67
80130001--80130070	21	3.2	21	69	25	63	35	25	15	22	1.94
80138136--80138314	75	2.3	79	82	12	219	25	20	27	26	1.99
80138135--80138314	40	4.6	39	83	11	219	25	20	27	27	1.99
80138169--80138347	79	2.3	75	80	13	197	27	20	25	26	1.99
80145886--80146061	40	4.4	40	87	5	214	25	20	26	27	1.99
80147689--80147800	51	2.2	51	79	7	138	35	26	12	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80147766--80147846	42	1.9	43	84	2	110	33	28	16	22	1.95
80147771--80147872	43	2.4	43	81	1	116	31	29	16	22	1.96
80149932--80149974	21	2.0	21	82	8	52	34	27	0	37	1.57
80153930--80153976	20	2.3	20	100	0	94	21	29	36	12	1.91
80158318--80158382	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92
80158839--80158946	48	2.2	48	83	0	135	28	15	26	28	1.96
80165683--80165905	40	5.6	40	86	6	163	25	21	26	26	1.99
80165683--80165904	79	2.8	78	83	8	245	25	21	27	26	2.00
80170597--80171433	177	4.7	177	86	1	1070	27	23	19	30	1.98
80171231--80171327	44	2.2	45	80	10	110	28	25	17	27	1.98
80170597--80171436	354	2.4	353	85	3	1200	27	23	19	30	1.98
80171443--80171547	44	2.4	44	82	3	122	24	23	23	27	2.00
80171755--80171943	64	3.0	64	88	1	299	37	14	17	30	1.90
80173052--80173099	11	4.4	11	86	5	53	10	2	2	85	0.77
80173055--80173099	19	2.3	20	92	3	74	11	2	2	84	0.80
80184334--80184776	131	3.4	131	78	5	326	33	18	20	27	1.96
80185985--80186011	11	2.5	11	100	0	54	51	7	0	40	1.30
80187253--80187537	44	6.5	44	89	0	401	27	30	14	27	1.95
80196209--80196283	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
80202135--80202577	131	3.4	131	79	5	353	34	18	21	26	1.96
80203556--80203586	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
80212772--80212831	23	2.7	24	82	12	67	30	1	13	55	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80213343--80213397	19	2.9	19	72	17	53	58	0	3	38	1.16
80213625--80213656	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
80214019--80214069	24	2.1	24	100	0	102	43	7	5	43	1.57
80214842--80215007	38	4.3	38	82	4	172	31	27	20	20	1.97
80214842--80215007	78	2.1	78	82	6	194	31	27	20	20	1.97
80244332--80244396	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
80252361--80252425	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
80252526--80252560	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
80255460--80255644	40	4.6	40	82	2	228	26	23	25	24	2.00
80257501--80257566	34	1.9	34	84	6	89	31	9	10	48	1.69
80259441--80259486	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
80260606--80260658	16	3.3	16	76	10	54	62	1	15	20	1.42
80262080--80262187	51	2.1	51	91	1	171	48	20	4	26	1.69
80270105--80270272	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
80278170--80278337	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
80281744--80281777	16	2.1	16	100	0	68	11	14	29	44	1.81
80284094--80284119	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
80291183--80291430	37	6.7	37	94	0	433	25	31	17	25	1.97
80291606--80292125	48	10.6	48	92	4	826	29	27	7	35	1.85
80291695--80292096	203	2.0	203	97	0	759	29	27	7	35	1.84
80291606--80292125	251	2.1	250	92	4	882	29	27	7	35	1.85
80293480--80293504	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80295608--80295657	21	2.4	21	96	3	93	42	20	0	38	1.52
80295608--80295663	21	2.7	21	91	5	78	44	19	0	35	1.51
80305986--80306021	18	1.9	19	88	5	56	36	16	0	47	1.47
80306251--80306441	56	3.4	56	90	1	285	33	24	13	28	1.93
80307339--80307372	18	1.9	17	88	5	50	50	5	0	44	1.26
80312540--80312569	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
80312819--80312881	27	2.3	28	91	2	101	33	28	7	30	1.86
80312999--80313076	27	2.8	28	80	5	95	21	25	20	32	1.98
80312997--80313087	27	3.2	28	78	4	85	21	26	19	31	1.98
80312987--80313101	55	2.1	56	80	8	128	19	24	21	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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