genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  213  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65119593--65119621	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
65121306--65121492	6	30.8	6	74	16	154	49	13	16	20	1.79
65121306--65121492	30	6.4	30	83	12	246	49	13	16	20	1.79
65121306--65121492	85	2.2	85	93	0	311	49	13	16	20	1.79
65121599--65121664	27	2.5	26	82	7	78	37	21	22	18	1.94
65121618--65121672	27	2.0	27	86	6	76	36	20	25	18	1.94
65121623--65121680	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
65121983--65122065	27	3.1	26	82	5	103	38	20	20	20	1.94
65122264--65122451	27	7.0	27	83	0	214	24	18	20	36	1.95
65122309--65122460	81	1.9	81	90	2	243	25	15	19	40	1.90
65122464--65123059	27	22.1	27	86	4	755	39	9	23	27	1.86
65125070--65125212	6	23.8	6	76	16	136	49	13	16	20	1.79
65125049--65125237	30	6.1	30	77	12	159	48	13	16	21	1.80
65125093--65125212	37	3.5	35	85	13	146	49	13	16	20	1.79
65125093--65125237	66	2.2	67	93	1	247	48	13	15	22	1.80
65125355--65125420	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
65125355--65125428	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
65125379--65125436	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
65125739--65125821	27	3.1	26	82	5	103	38	20	20	20	1.94
65126020--65126207	27	7.0	27	81	0	214	25	20	18	36	1.95
65126220--65126872	27	24.2	27	85	5	842	40	9	22	26	1.86
65128876--65128901	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65132009--65132130	47	2.6	47	96	0	217	36	13	24	26	1.92
65132117--65132329	55	3.9	54	78	4	196	36	16	26	20	1.94
65132112--65132316	53	3.8	53	76	8	173	34	17	25	22	1.95
65132419--65132451	16	2.0	17	88	5	50	42	3	15	39	1.62
65134498--65134564	33	2.0	33	100	0	134	14	20	23	40	1.90
65137676--65137826	40	3.8	40	78	8	130	23	23	27	25	2.00
65141381--65141501	47	2.6	47	86	0	179	37	14	22	26	1.92
65141480--65141675	54	3.6	54	77	6	200	36	16	24	21	1.94
65141503--65141711	108	1.9	109	81	8	257	37	16	24	21	1.93
65146105--65146225	39	3.1	39	95	0	206	23	24	29	22	1.99
65155606--65155634	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
65171680--65171720	8	5.4	8	91	8	68	80	9	9	0	0.91
65171967--65172000	17	2.0	17	94	0	59	67	17	2	11	1.34
65172543--65172629	41	2.1	41	91	4	140	26	12	33	27	1.93
65178095--65178174	41	2.0	41	85	5	108	26	13	28	31	1.94
65197524--65197591	25	2.7	25	84	6	84	25	23	26	25	2.00
65197524--65197590	26	2.6	25	86	4	98	25	23	25	25	2.00
65197721--65197768	25	1.9	25	86	0	69	29	14	20	35	1.93
65199996--65200217	46	4.8	46	82	7	270	29	27	20	22	1.98
65204127--65204172	16	2.8	17	83	6	58	19	8	2	69	1.25
65204954--65205522	284	2.0	283	98	0	1111	34	13	22	30	1.92
65205543--65205650	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65207271--65207448	54	3.3	54	91	0	284	17	22	24	35	1.95
65207271--65207465	27	7.2	27	81	9	211	18	21	23	36	1.95
65209589--65209615	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
65213723--65213884	43	3.8	42	75	8	157	26	19	23	30	1.98
65219612--65219741	40	3.3	39	83	4	163	23	28	24	23	2.00
65236898--65236927	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
65238208--65238234	6	4.5	6	100	0	54	51	14	14	18	1.76
65239306--65239686	27	14.2	27	85	2	471	40	7	21	30	1.80
65247404--65247567	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65247404--65247601	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
65249536--65249588	18	2.9	18	94	0	88	35	11	11	41	1.77
65250012--65250248	72	3.3	72	90	4	363	24	6	14	54	1.64
65252300--65252363	13	4.9	13	86	0	83	35	23	7	32	1.84
65266867--65266900	15	2.3	15	94	0	59	17	35	26	20	1.95
65266823--65266944	59	2.1	59	98	0	235	23	26	20	29	1.99
65271111--65271180	27	2.5	28	93	2	115	28	15	27	28	1.96
65273836--65273888	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
65280035--65280102	27	2.5	28	80	9	86	29	13	25	32	1.93
65282662--65282698	17	2.1	19	90	10	60	32	27	10	29	1.90
65291804--65291837	12	2.9	12	91	4	52	41	0	0	58	0.98
65292442--65292500	31	1.9	31	86	6	84	32	0	5	62	1.17
65292709--65292743	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65297440--65297499	20	3.0	20	100	0	120	10	30	40	20	1.85
65311064--65311549	43	10.6	43	79	12	454	32	14	20	32	1.93
65311222--65311628	203	2.0	203	99	0	796	33	12	22	31	1.91
65316371--65316457	42	2.1	42	82	4	104	25	24	31	19	1.98
65328736--65328806	23	3.0	23	81	6	79	28	19	25	26	1.99
65335151--65335282	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
65347136--65347165	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
65349381--65349526	41	3.6	40	84	6	186	23	26	24	26	2.00
65352938--65353014	31	2.5	31	97	0	145	25	24	19	29	1.98
65353038--65353129	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
65353274--65353370	25	3.8	26	90	1	153	25	22	24	26	2.00
65353274--65353370	51	1.9	51	93	4	169	25	22	24	26	2.00
65354178--65354256	27	2.9	27	86	3	115	22	26	20	30	1.98
65354295--65354359	27	2.4	27	81	0	67	32	10	20	36	1.87
65354370--65354635	27	9.9	26	72	15	111	29	8	21	40	1.82
65354397--65354643	54	4.6	54	80	4	257	29	7	22	40	1.82
65354395--65354629	81	2.9	81	91	1	357	29	8	21	40	1.82
65354397--65354790	27	14.6	27	82	3	211	31	7	22	38	1.83
65355916--65356133	46	4.7	46	80	11	189	22	30	19	27	1.98
65355914--65356133	93	2.4	92	79	10	243	22	30	20	27	1.98
65359482--65359589	42	2.5	43	83	4	139	25	19	25	29	1.98
65366031--65366299	48	5.6	48	86	2	353	24	17	30	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65366031--65366347	96	3.3	97	81	6	355	25	17	30	27	1.97
65371956--65372002	12	4.1	12	86	10	71	0	34	2	63	1.06
65371956--65372002	17	2.8	17	86	0	67	0	34	2	63	1.06
65374847--65375021	45	3.8	46	79	13	216	29	29	20	20	1.98
65374854--65375024	93	1.8	92	96	1	315	28	29	21	21	1.98
65382413--65382584	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
65382406--65382581	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
65384404--65384580	51	3.5	51	83	6	261	27	26	19	25	1.99
65384354--65384587	100	2.3	99	92	2	378	27	27	19	25	1.99
65386716--65386808	27	3.4	27	86	5	134	35	17	21	25	1.95
65386944--65387008	27	2.4	27	84	2	78	16	21	21	40	1.92
65392563--65392680	27	4.4	27	90	0	173	34	18	22	24	1.96
65396998--65397161	39	4.2	39	80	7	172	30	24	18	26	1.98
65397024--65397161	39	3.5	39	81	12	176	28	24	18	27	1.98
65397017--65397161	79	1.8	78	91	4	238	29	24	17	28	1.97
65404723--65404860	39	3.5	39	81	8	174	30	23	19	26	1.98
65404716--65404860	79	1.8	78	91	4	238	31	23	18	26	1.98
65409550--65409667	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
65409573--65409667	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
65409859--65410001	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
65409859--65410000	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
65409858--65410001	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65410052--65410111	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
65410052--65410106	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
65410154--65410201	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
65411438--65411782	27	12.8	27	87	4	401	40	8	22	28	1.82
65411706--65412009	27	11.3	27	84	3	249	32	8	20	37	1.84
65411832--65411988	53	2.9	53	88	3	172	32	7	18	41	1.79
65411778--65412009	80	2.9	78	84	5	259	30	8	20	40	1.81
65411860--65412027	53	3.2	53	89	4	232	32	7	18	42	1.77
65411860--65412026	27	6.3	26	86	3	181	31	7	18	42	1.77
65414796--65414913	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425