genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  23  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5888979--5889092	24	4.9	24	73	13	87	34	18	24	22	1.96
5888943--5889078	46	2.9	48	77	10	136	32	18	26	22	1.97
5895522--5895626	53	2.0	51	90	3	165	30	14	10	44	1.78
5897384--5897435	27	1.9	27	88	7	79	46	19	11	23	1.82
5897384--5897427	9	4.9	9	97	0	79	45	18	11	25	1.82
5897732--5897764	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
5902967--5903026	30	2.0	30	100	0	120	46	3	30	20	1.66
5904441--5904478	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
5911471--5911510	20	2.0	20	90	9	64	52	0	0	47	1.00
5915948--5916079	70	1.9	69	83	7	169	28	12	21	37	1.90
5916018--5916388	69	5.3	68	76	8	275	26	15	21	35	1.94
5916069--5916388	69	4.6	69	78	7	295	27	15	21	34	1.94
5918843--5919018	46	3.8	45	78	11	196	21	21	29	27	1.98
5918839--5919010	93	1.8	93	92	2	292	21	21	30	26	1.98
5921101--5921203	44	2.4	44	80	7	113	36	28	13	21	1.91
5921037--5921203	43	3.9	43	73	13	137	34	26	16	22	1.95
5921778--5921816	19	2.1	19	100	0	78	35	30	10	23	1.88
5925751--5925868	46	2.6	46	86	2	157	25	22	15	36	1.93
5948748--5948812	32	2.0	32	96	0	121	24	23	12	40	1.89
5952969--5953021	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
5955900--5955987	35	2.5	35	78	5	106	32	22	19	25	1.97
5961371--5961397	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5961752--5961803	21	2.5	20	81	6	59	46	11	13	28	1.78
5966709--5966752	20	2.2	20	91	0	70	31	22	15	29	1.95
5969983--5970059	40	1.9	40	84	5	102	37	32	15	14	1.88
5975036--5975133	18	5.5	18	87	4	146	39	11	12	36	1.78
5975027--5975131	35	2.9	35	92	4	165	39	10	12	38	1.77
5975617--5975676	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
5975618--5975676	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
5975653--5975702	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
5978952--5978990	16	2.4	17	87	12	64	35	0	2	61	1.10
5978952--5978991	15	2.5	17	76	23	50	35	0	2	62	1.09
5979101--5979144	15	2.9	15	86	3	52	34	2	2	61	1.21
5980368--5980408	21	1.9	22	85	5	57	26	21	7	43	1.79
5984438--5984470	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
5985162--5985222	30	2.0	30	87	0	86	21	37	18	22	1.94
5986579--5986713	26	5.2	26	94	1	227	33	5	25	36	1.78
5986579--5986713	51	2.6	52	96	1	245	33	5	25	36	1.78
5988197--5988248	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
5992389--5992518	26	5.2	26	83	14	166	32	5	25	36	1.79
5993993--5994044	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
5997754--5997790	2	19.0	2	88	5	58	51	2	0	45	1.15
5997837--5997862	9	2.9	9	100	0	52	57	0	7	34	1.27
5997958--5998038	22	3.8	22	71	19	57	54	4	4	35	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5998344--5998408	25	2.5	26	78	14	80	52	10	1	35	1.46
5999917--6000055	40	3.2	40	70	23	129	12	4	41	42	1.62
6000996--6001270	136	2.0	137	96	0	507	32	24	18	25	1.97
6003056--6003243	26	7.2	26	95	0	322	36	24	5	33	1.78
6005825--6005859	14	2.5	14	95	0	61	54	5	22	17	1.64
6005768--6006178	89	4.6	89	78	6	413	34	18	17	29	1.94
6005787--6006178	179	2.2	177	84	4	486	34	17	17	29	1.93
6006098--6006126	15	1.9	15	100	0	58	62	6	6	24	1.45
6006933--6007058	42	3.0	42	76	4	130	16	19	13	50	1.78
6011567--6011674	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
6018610--6018717	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
6028410--6028435	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6028493--6028518	9	2.9	9	100	0	52	57	0	7	34	1.27
6029643--6029979	130	2.6	130	84	3	410	35	18	18	27	1.94
6029500--6030013	131	3.9	130	77	6	425	35	18	17	28	1.94
6030607--6030631	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6032032--6032076	19	2.4	19	100	0	90	13	11	42	33	1.79
6033773--6033911	40	3.2	40	68	23	120	12	4	41	42	1.62
6034988--6035089	48	2.1	48	96	0	186	25	15	24	34	1.95
6046214--6046270	28	2.0	29	96	3	107	21	17	3	57	1.54
6046425--6046449	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6049696--6049733	13	2.7	14	80	15	51	44	0	5	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6052007--6052082	23	3.0	24	83	13	82	73	2	21	2	1.07
6052012--6052085	24	3.0	24	80	13	78	72	2	21	2	1.09
6053011--6053051	21	2.0	21	95	0	73	31	24	17	26	1.97
6054334--6054386	26	2.0	26	96	0	97	16	15	24	43	1.87
6057356--6057381	13	2.0	13	100	0	52	76	0	15	7	0.99
6059283--6059322	17	2.3	18	86	4	55	20	2	25	52	1.59
6059599--6059688	33	2.7	33	91	0	135	33	18	18	28	1.95
6064097--6064143	7	6.6	7	87	7	51	36	36	2	25	1.68
6064100--6064143	13	3.1	14	83	6	54	34	36	2	27	1.70
6064100--6064192	14	6.6	15	71	11	63	36	34	4	24	1.75
6064095--6064164	28	2.5	29	81	9	76	38	38	2	20	1.67
6073425--6073453	11	2.5	12	94	5	51	17	24	0	58	1.38
6075245--6075280	18	1.9	19	88	5	56	69	0	0	30	0.89
6075572--6075662	19	4.9	19	89	8	152	35	16	10	37	1.84
6075572--6075662	35	2.5	37	89	8	141	35	16	10	37	1.84
6075781--6075819	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
6080072--6080469	40	10.0	40	92	0	645	22	20	29	27	1.98
6080071--6080471	199	2.0	200	92	1	662	22	20	29	27	1.98
6080633--6080683	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
6085406--6085606	45	4.5	45	87	1	251	23	27	15	33	1.95
6085406--6085676	45	6.0	45	76	9	248	24	26	16	32	1.97
6085406--6085587	89	2.0	91	87	2	260	24	28	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6085620--6086065	78	5.8	78	86	2	632	25	23	19	32	1.98
6085623--6086065	154	2.9	156	90	2	671	25	23	19	32	1.98
6085620--6086040	232	1.8	232	90	2	675	24	23	19	32	1.97
6092973--6093394	70	6.2	69	75	13	396	24	14	22	38	1.91
6093115--6093360	121	2.0	123	89	3	381	24	13	22	39	1.91
6092806--6093397	262	2.3	257	95	2	1058	25	14	22	36	1.93
6093235--6093400	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
6093625--6093769	74	1.9	76	88	5	224	31	18	22	28	1.97
6093465--6093943	165	2.9	166	89	3	698	29	18	20	31	1.96
6093800--6094306	72	6.5	73	75	12	406	29	16	19	34	1.94
6093799--6094516	88	9.0	76	73	14	427	28	16	19	35	1.94
6094158--6094193	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
6093460--6094306	399	2.1	392	80	9	940	29	17	19	33	1.95
6094288--6094349	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
6093939--6094517	254	2.3	248	85	6	762	27	16	18	36	1.93
6095164--6095199	17	2.2	17	90	5	56	88	2	8	0	0.59
6095166--6095199	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
6095195--6095231	17	2.3	17	90	9	60	59	35	0	5	1.20
6096040--6096069	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
6098586--6098610	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
6099140--6099291	44	3.5	43	72	6	135	19	21	22	36	1.95
6099314--6099431	43	2.7	44	80	2	130	26	22	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6099477--6099656	45	4.1	45	69	10	147	21	22	21	35	1.96
6100870--6100922	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
6102407--6102514	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
6114378--6114402	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6114758--6114818	13	4.8	12	75	13	59	54	3	3	39	1.33
6114866--6114900	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
6115047--6115101	22	2.5	21	82	8	74	43	0	12	43	1.42
6116494--6116528	13	2.6	14	90	4	54	14	5	40	40	1.69
6124461--6124600	27	5.2	28	88	5	175	35	22	23	17	1.95
6126220--6126329	26	4.2	26	92	2	168	36	23	4	35	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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