Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  400  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122308591--122308737
68
2.2
68
80
9
160
24
0
17
57
1.45
122308765--122309099
115
2.9
114
87
7
473
32
0
15
50
1.50
122309154--122309184
15
2.1
15
100
0
62
38
0
6
54
1.26
122310947--122311015
33
2.1
33
86
0
93
14
46
15
23
1.83
122313197--122313368
75
2.4
74
84
11
216
31
11
23
33
1.90
122313202--122313366
35
4.6
35
84
9
174
31
11
23
33
1.90
122320692--122320862
75
2.4
75
84
7
212
32
11
23
33
1.90
122320695--122320860
35
4.6
35
84
8
174
31
11
23
33
1.90
122321995--122322347
182
1.9
182
93
0
607
41
10
6
41
1.65
122322164--122322741
216
2.7
217
94
2
992
41
10
6
41
1.67
122326484--122326516
17
2.0
17
88
5
50
36
0
0
63
0.95
122330102--122330189
43
2.0
43
91
0
140
23
23
21
30
1.99
122330543--122330576
11
3.1
11
84
16
52
73
0
5
20
1.04
122333945--122334022
29
2.7
28
74
7
66
35
3
2
57
1.30
122335560--122335603
22
1.9
22
86
9
61
47
2
9
40
1.48
122337045--122337088
19
2.3
19
84
7
54
50
4
2
43
1.35
122339694--122339735
21
1.9
21
85
9
57
52
2
9
35
1.47
122340008--122340056
26
1.9
25
84
12
64
55
2
6
36
1.37
122340525--122340557
14
2.3
15
94
5
59
45
0
54
0
0.99
122340497--122340608
54
2.1
55
98
1
217
60
0
39
0
0.97
122340579--122340606
14
2.0
14
100
0
56
42
0
57
0
0.99
122341807--122341983
65
2.6
68
85
8
236
40
18
15
26
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122341952--122342122
72
2.4
72
85
3
229
32
22
15
29
1.95
122342156--122342289
71
1.9
70
87
1
196
29
22
16
32
1.96
122341999--122342538
159
3.4
158
96
2
987
31
21
17
30
1.96
122342317--122342448
71
1.9
70
90
1
210
28
23
16
31
1.96
122355672--122355699
14
2.0
14
100
0
56
42
0
57
0
0.99
122358374--122358405
6
5.5
6
92
7
57
0
0
15
84
0.63
122360088--122360176
31
3.0
29
77
8
88
42
13
10
33
1.78
122361246--122361349
49
2.1
49
83
3
129
28
24
21
25
1.99
122362284--122362340
30
1.9
30
89
7
89
68
7
12
12
1.39
122374793--122374928
69
2.0
69
86
0
191
38
9
19
33
1.84
122375874--122375912
21
1.9
20
84
5
51
53
2
5
38
1.37
122378166--122378235
29
2.3
30
83
9
81
34
4
14
47
1.64
122379426--122379467
20
2.1
20
91
8
68
54
0
4
40
1.21
122385563--122385691
44
2.8
45
82
4
152
34
13
24
27
1.93
122392945--122393073
44
2.8
45
82
4
152
34
13
24
27
1.93
122397552--122397589
20
1.9
20
89
10
60
52
2
5
39
1.38
122397838--122397881
2
22.0
2
100
0
88
50
0
0
50
1.00
122406206--122406248
15
2.7
15
85
7
50
0
37
0
62
0.95
122406211--122406248
15
2.4
16
86
8
51
0
36
0
63
0.95
122407443--122407621
95
1.9
91
88
4
268
28
24
20
26
1.99
122409205--122409257
6
8.5
6
75
8
52
37
3
1
56
1.28
122409206--122409234
12
2.4
12
100
0
58
34
6
0
58
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122411600--122411642
20
2.2
20
100
0
86
44
18
4
32
1.71
122412863--122412929
31
2.2
30
81
5
82
38
10
13
37
1.79
122422600--122422642
19
2.3
19
95
0
77
44
4
18
32
1.71
122424599--122424801
33
6.2
33
95
0
370
13
18
52
15
1.74
122427441--122427538
21
5.0
21
67
18
66
41
23
21
13
1.88
122427423--122427562
39
3.6
39
87
1
201
39
23
23
13
1.90
122427575--122427646
21
3.4
21
90
5
119
44
20
18
16
1.87
122427575--122427660
21
4.1
21
89
4
95
43
19
17
19
1.89
122432363--122432439
31
2.6
29
72
13
66
35
14
11
38
1.82
122436435--122436514
29
2.6
30
82
9
83
48
12
3
35
1.59
122443984--122444086
50
2.1
50
83
0
125
19
10
33
36
1.86
122451787--122451818
2
16.5
2
93
6
57
50
0
0
50
1.00
122457387--122457424
13
2.8
13
88
4
58
42
0
13
44
1.43
122457438--122457489
10
5.1
10
83
2
68
23
3
1
71
1.13
122460026--122460083
29
2.0
29
83
3
73
36
8
13
41
1.76
122460612--122460652
20
2.2
19
87
12
59
56
0
0
43
0.99
122466528--122466609
41
2.0
41
100
0
164
34
9
7
48
1.64
122470458--122470685
46
5.0
46
91
1
341
39
14
23
21
1.91
122471988--122472038
21
2.4
22
83
3
59
54
1
35
7
1.40
122472026--122472080
19
2.7
21
76
20
55
69
0
16
14
1.20
122477355--122477383
2
14.5
2
100
0
58
0
51
0
48
1.00
122480112--122480168
27
2.1
27
96
0
105
61
5
7
26
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122485017--122485074
25
2.3
25
79
8
64
43
0
1
55
1.10
122485023--122485067
9
5.2
9
89
2
58
33
0
2
64
1.06
122485893--122485917
7
3.6
7
100
0
50
40
0
0
60
0.97
122486566--122486606
17
2.4
17
83
0
55
56
0
0
43
0.99
122486964--122487004
17
2.4
17
87
0
55
24
0
21
53
1.46
122488480--122488568
33
2.7
33
83
10
110
64
11
7
16
1.49
122490502--122490543
21
2.0
21
85
4
57
30
30
28
9
1.89
122491705--122491769
25
2.5
26
80
14
71
33
20
26
20
1.96
122492411--122492451
21
2.0
21
90
0
64
41
19
0
39
1.52
122494839--122494974
40
3.4
40
80
2
155
32
22
19
26
1.97
122496701--122496806
28
3.8
28
92
1
167
29
16
13
40
1.87
122504147--122504206
21
2.8
20
76
18
59
70
3
5
21
1.22
122504789--122504840
18
2.8
18
80
13
61
25
1
1
71
1.07
122504784--122504828
18
2.7
17
83
12
58
24
2
0
73
0.95
122508840--122508877
11
3.6
11
79
13
53
47
0
0
52
1.00
122508839--122508877
20
2.0
20
95
5
71
48
0
0
51
1.00
122508821--122508883
18
3.3
20
80
12
71
41
0
1
57
1.08
122513159--122513214
25
2.2
24
93
6
94
64
30
1
3
1.21
122516024--122516110
21
4.0
23
75
15
85
39
22
21
16
1.92
122516482--122516539
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
122517551--122517581
4
7.5
4
92
7
53
0
29
0
70
0.87
122517642--122517697
5
10.6
5
81
11
67
57
3
0
39
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122517641--122517694
12
4.3
12
80
17
65
55
3
0
40
1.17
122517790--122517840
21
2.4
22
80
6
61
58
3
0
37
1.16
122518181--122518347
46
3.6
46
85
1
219
20
23
12
43
1.86
122520640--122520693
26
2.1
26
100
0
108
20
22
7
50
1.73
122522130--122522222
49
1.9
49
89
6
145
25
16
18
39
1.91
122522130--122522233
49
2.1
48
85
5
138
28
15
18
37
1.91
122526752--122526807
21
2.8
20
86
5
85
50
5
7
37
1.53
122537194--122537260
29
2.3
30
84
2
91
25
25
23
25
2.00
122547224--122547261
18
2.1
18
100
0
76
39
5
21
34
1.76
122548369--122548527
77
2.1
77
97
0
300
27
19
8
44
1.79
122557164--122557401
112
2.1
113
91
2
381
32
15
18
32
1.93
122557827--122557880
26
2.0
26
82
10
65
64
0
0
35
0.94
122557966--122558012
10
4.7
10
84
7
60
36
2
2
59
1.21
122557966--122558012
19
2.3
20
85
7
60
36
2
2
59
1.21
122558022--122558053
3
10.3
3
93
6
55
65
0
0
34
0.93
122562215--122562249
17
2.0
18
88
5
54
65
0
2
31
1.07
122563335--122563406
23
3.2
21
79
11
63
48
1
1
48
1.18
122575090--122575126
13
2.9
13
92
4
58
91
0
8
0
0.41
122578845--122578873
2
14.5
2
100
0
58
51
48
0
0
1.00
122583923--122583983
30
2.0
30
96
0
113
50
4
19
24
1.67
122588109--122588163
27
2.0
27
93
6
94
70
3
0
25
1.03
122588115--122588162
13
3.7
13
78
8
53
70
4
0
25
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
122588829--122588885
26
2.2
26
84
6
71
64
5
0
29
1.15
122592946--122593011
34
2.0
34
96
3
125
31
19
24
24
1.98
122596216--122596483
46
5.8
46
77
15
300
27
29
21
21
1.99
122596224--122596487
93
2.8
93
98
0
501
27
29
21
21
1.99
122600602--122600666
29
2.2
31
88
5
98
47
4
18
29
1.68
122600936--122600976
2
20.5
2
100
0
82
51
0
0
48
1.00
122602809--122603127
46
7.0
46
92
1
462
40
14
23
21
1.90
122603413--122603445
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
122604717--122604749
17
2.0
17
94
5
59
36
15
0
48
1.45
122605030--122605253
91
2.4
92
87
0
306
20
24
15
40
1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425