genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12315486--12315528	22	2.0	22	86	9	61	60	16	6	16	1.56
12317613--12317704	42	2.2	43	88	4	141	31	4	10	53	1.55
12321477--12321516	19	2.2	18	95	4	71	40	2	15	42	1.60
12322813--12322864	22	2.4	22	90	0	77	7	5	19	67	1.36
12322816--12322883	22	3.1	22	85	4	66	13	4	13	69	1.34
12322857--12322889	17	1.9	17	88	11	50	21	0	3	75	0.93
12323297--12323381	29	2.9	30	94	3	154	21	0	9	69	1.16
12323971--12324015	23	2.0	23	86	0	63	33	0	0	66	0.92
12325494--12325603	26	4.2	26	91	0	175	33	5	23	37	1.78
12333377--12333430	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
12333638--12333683	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
12333605--12333671	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
12333630--12333715	15	5.9	14	75	14	59	66	1	6	25	1.24
12334978--12335049	31	2.3	31	82	0	81	47	12	13	26	1.79
12336623--12336663	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
12337190--12337261	24	2.9	26	77	10	78	48	13	0	37	1.43
12338013--12338049	18	2.1	18	89	0	56	54	2	0	43	1.14
12338108--12338141	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
12338534--12338592	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
12339998--12340042	22	2.1	22	83	4	56	57	2	8	31	1.41
12340423--12340663	43	5.7	41	76	7	189	31	26	14	27	1.95
12340464--12340664	87	2.3	85	83	5	235	32	26	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12340392--12340663	129	2.1	128	79	4	298	31	25	15	27	1.95
12340857--12340909	12	4.3	12	76	4	52	69	3	1	24	1.15
12348002--12348074	26	2.8	26	82	0	74	31	19	9	39	1.84
12350929--12351339	46	9.0	46	88	1	538	41	14	22	21	1.89
12353396--12353432	19	1.9	19	100	0	74	32	32	8	27	1.86
12355967--12356018	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
12371260--12371306	23	2.0	23	91	0	76	40	8	17	34	1.79
12371314--12371366	26	2.0	26	100	0	106	33	7	3	54	1.46
12376931--12376991	18	3.6	18	65	17	58	44	14	6	34	1.72
12376936--12377012	32	2.4	32	95	0	136	49	18	3	28	1.65
12378739--12378795	30	1.9	30	88	0	87	61	12	1	24	1.40
12379276--12379338	20	3.0	20	80	13	65	53	1	3	41	1.26
12383923--12383997	25	3.0	24	69	11	60	20	8	41	30	1.81
12385345--12385433	36	2.5	36	77	0	97	43	5	20	30	1.74
12386456--12386686	80	2.9	78	83	7	268	34	24	14	27	1.94
12388795--12388826	16	2.0	16	100	0	64	25	0	6	68	1.12
12389790--12389855	2	33.0	2	100	0	132	0	50	0	50	1.00
12390867--12390892	13	2.0	13	100	0	52	0	0	23	76	0.78
12393444--12393486	22	1.9	23	85	4	61	39	11	2	46	1.53
12395787--12395815	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
12395813--12395837	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
12400858--12400885	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12402023--12402087	25	2.6	25	97	0	121	52	3	1	43	1.26
12406616--12406678	29	2.2	29	82	5	74	36	7	14	41	1.75
12408487--12408528	18	2.3	18	91	0	66	40	16	4	38	1.70
12410071--12410140	29	2.3	29	76	9	70	37	11	12	38	1.80
12410284--12410377	31	3.1	30	74	6	91	44	13	8	32	1.74
12414908--12415009	42	2.4	43	83	8	129	30	20	23	25	1.99
12418349--12418386	18	2.1	18	90	5	58	39	13	15	31	1.86
12419219--12419271	26	1.9	28	82	17	67	41	9	3	45	1.54
12419582--12419616	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
12422922--12422958	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
12431111--12431204	47	2.0	47	100	0	188	27	14	17	40	1.89
12443451--12443480	16	1.9	15	93	6	51	20	0	0	80	0.72
12447224--12447271	24	2.0	24	95	0	87	58	6	4	31	1.42
12451762--12451876	56	2.0	57	91	5	189	38	13	22	26	1.90
12451870--12452049	31	5.8	31	89	2	236	28	17	27	27	1.97
12452075--12452133	30	2.0	30	96	0	109	30	15	23	30	1.95
12452108--12452265	42	3.7	42	83	5	165	31	13	25	29	1.94
12454388--12454463	30	2.5	30	80	4	82	39	0	2	57	1.12
12457804--12457845	20	2.1	20	86	8	59	38	0	9	52	1.34
12462977--12463116	70	2.0	70	97	0	262	32	21	17	28	1.96
12463378--12463432	22	2.4	24	79	8	62	52	5	3	38	1.42
12464605--12464646	6	7.0	6	100	0	84	16	50	0	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12469113--12469153	5	8.0	5	89	5	64	80	0	2	17	0.82
12469113--12469153	16	2.6	16	92	3	66	80	0	2	17	0.82
12474289--12474386	49	2.0	49	100	0	196	51	8	12	28	1.68
12475818--12476014	97	2.0	97	100	0	394	37	20	10	31	1.87
12476879--12476977	23	4.3	23	86	0	126	41	22	18	18	1.90
12480001--12480040	5	7.6	5	94	5	62	37	0	0	62	0.95
12480003--12480043	3	15.0	3	80	19	54	36	0	0	63	0.95
12480003--12480043	13	3.0	15	80	20	54	36	0	0	63	0.95
12487659--12487715	30	1.9	30	92	0	96	57	17	1	22	1.49
12490039--12490083	20	2.3	20	92	3	74	68	8	2	20	1.27
12500704--12500735	10	3.4	10	87	12	50	71	0	15	12	1.14
12505664--12505711	9	4.8	10	80	14	55	2	22	0	75	0.91
12505664--12505712	22	2.2	21	86	13	64	2	24	0	73	0.94
12507610--12507650	5	8.2	5	100	0	82	60	0	0	39	0.96
12507800--12507852	16	3.3	16	76	10	63	35	24	5	33	1.79
12509739--12509848	57	1.9	57	81	3	132	27	29	14	29	1.95
12509763--12509861	28	3.5	29	80	4	103	29	27	14	29	1.95
12510069--12510115	24	2.0	23	83	4	58	12	19	17	51	1.77
12510079--12510133	8	6.9	8	78	0	56	10	21	21	45	1.82
12511919--12511972	20	2.6	21	82	11	67	37	0	5	57	1.22
12511962--12511989	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
12514139--12514291	23	6.5	23	78	10	141	15	24	24	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12514135--12514291	46	3.3	46	74	11	156	15	23	24	36	1.94
12515742--12515797	28	1.9	30	85	7	80	39	21	1	37	1.64
12516009--12516049	17	2.3	18	83	8	57	4	29	0	65	1.13
12516082--12516128	21	2.2	21	85	11	60	23	8	2	65	1.31
12516130--12516181	5	10.6	5	93	4	88	57	0	0	42	0.98
12516132--12516190	10	5.4	12	88	8	51	55	1	0	42	1.09
12519910--12519958	23	2.1	23	92	0	80	16	14	34	34	1.89
12522226--12522261	17	2.1	17	94	0	63	36	27	27	8	1.86
12532070--12532267	53	3.7	53	76	6	175	36	18	24	21	1.95
12543074--12543221	5	29.2	5	86	2	179	53	0	6	39	1.32
12543378--12543462	32	2.7	32	88	0	134	37	17	4	40	1.71
12544632--12544678	21	2.2	21	85	11	60	23	8	2	65	1.31
12544686--12544761	37	1.9	39	82	15	95	44	3	1	50	1.29
12546960--12547137	40	4.5	40	87	3	227	24	29	24	21	1.99
12554968--12555126	38	4.1	38	84	9	155	25	30	23	20	1.99
12558022--12558220	38	5.4	38	87	11	251	25	28	23	23	2.00
12558022--12558222	73	2.8	74	84	13	258	24	27	24	22	2.00
12565712--12565882	39	4.5	40	90	8	243	25	28	23	22	1.99
12568161--12568320	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
12576249--12576408	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
12582589--12582641	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
12584126--12584181	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12590344--12590369	7	3.7	7	100	0	52	15	26	57	0	1.38
12590988--12591079	12	7.5	12	73	20	75	31	3	2	63	1.23
12591020--12591104	3	27.3	3	74	19	68	32	4	1	61	1.24
12591157--12591379	108	2.1	109	97	1	423	43	7	4	45	1.50
12591350--12591395	22	2.1	23	84	8	60	39	6	2	52	1.40
12594784--12594922	12	11.0	12	68	18	59	30	2	3	62	1.27
12594830--12594923	27	3.8	24	71	21	77	31	3	2	62	1.22
12594862--12594948	3	28.3	3	73	21	65	33	4	1	60	1.24
12594830--12594890	15	4.4	14	80	12	81	32	1	1	63	1.13
12594830--12594923	12	7.5	12	74	19	77	31	3	2	62	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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