genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  212  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64813274--64813596	156	2.1	151	90	4	495	59	7	5	27	1.47
64813678--64813702	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
64828747--64828780	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
64828956--64828989	13	2.8	12	86	8	50	52	2	5	38	1.41
64829661--64829697	13	2.8	13	95	4	65	37	0	8	54	1.30
64832817--64832856	21	1.9	21	89	0	62	25	20	40	15	1.90
64832816--64832862	21	2.2	21	80	0	58	27	23	36	12	1.91
64839897--64839929	13	2.5	13	100	0	66	48	12	0	39	1.40
64840986--64841137	42	3.6	42	83	7	182	31	13	23	31	1.93
64843465--64843508	21	2.1	21	82	0	52	31	18	0	50	1.47
64843801--64843851	25	2.0	25	100	0	102	43	23	0	33	1.54
64844919--64844944	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
64852011--64852074	30	2.1	29	83	11	76	15	17	12	54	1.71
64858107--64858223	28	4.2	28	85	0	153	31	30	10	27	1.90
64858207--64858307	40	2.5	40	81	0	121	33	25	15	24	1.95
64860136--64860180	19	2.4	18	85	7	54	46	0	8	44	1.34
64861196--64861281	5	16.2	5	74	13	57	2	30	0	67	1.03
64861219--64861301	20	4.2	20	73	10	53	4	32	0	62	1.16
64864782--64864827	19	2.5	19	86	6	60	47	0	8	43	1.34
64865771--64865810	16	2.5	16	95	0	71	22	22	27	27	1.99
64866639--64866814	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
64866636--64866807	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64874176--64874350	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
64876130--64876247	10	10.5	11	70	20	75	3	30	0	66	1.08
64892276--64892312	19	1.9	19	88	0	56	32	16	35	16	1.91
64892391--64892508	28	4.2	29	80	8	136	28	13	29	27	1.94
64897126--64897218	38	2.4	40	87	8	147	33	27	18	20	1.96
64899005--64899067	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
64905044--64905171	66	1.9	65	84	6	168	32	17	30	20	1.95
64906276--64906306	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
64909977--64910036	30	2.0	29	83	3	75	33	23	6	36	1.81
64914365--64914397	16	2.1	16	100	0	66	51	18	18	12	1.76
64914365--64914406	16	2.8	16	89	7	52	57	16	14	11	1.66
64920072--64920183	27	4.1	27	84	7	129	38	22	23	16	1.93
64923143--64923202	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
64927607--64927734	64	2.0	64	96	0	238	25	25	13	35	1.93
64931457--64931489	16	2.1	16	100	0	66	48	18	6	27	1.71
64932327--64932396	35	2.0	35	97	0	131	25	11	21	41	1.86
64939808--64939886	28	2.8	28	84	0	104	34	11	24	30	1.90
64948840--64948962	46	2.7	46	83	2	149	27	17	30	24	1.97
64948844--64949012	92	1.8	92	83	7	227	27	18	30	24	1.98
64956013--64956103	45	2.0	45	100	0	182	30	21	19	27	1.98
64964409--64964966	49	11.4	49	95	0	990	31	30	8	30	1.86
64968752--64968983	40	5.8	40	96	0	401	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64970978--64971534	49	11.4	49	95	0	990	30	30	8	30	1.86
64975287--64975347	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
64978293--64978338	18	2.6	17	89	6	65	45	13	19	21	1.84
64978656--64978811	27	5.8	27	92	0	242	41	17	14	26	1.88
64978653--64978811	81	2.0	80	93	1	273	41	18	13	25	1.88
64983760--64983889	40	3.3	39	82	4	163	23	24	27	23	2.00
64990984--64991113	40	3.3	39	82	4	163	23	24	27	23	2.00
64997256--64997319	28	2.3	28	83	0	74	17	18	39	25	1.92
65000169--65000205	20	1.9	20	88	5	58	29	8	10	51	1.65
65001242--65001344	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
65001485--65001669	48	3.9	48	95	0	334	30	28	6	34	1.82
65008692--65008869	40	4.5	40	82	4	157	22	23	28	25	1.99
65016765--65016940	39	4.5	40	88	5	227	22	25	28	23	1.99
65016765--65016940	79	2.2	79	85	6	225	22	25	28	23	1.99
65020834--65021170	27	12.6	27	88	2	466	27	23	9	39	1.86
65020834--65021170	134	2.5	134	87	3	509	27	23	9	39	1.86
65022405--65022452	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
65022496--65022534	20	2.0	20	94	0	69	35	12	23	28	1.91
65022585--65022703	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
65022585--65022703	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
65022896--65022959	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
65025718--65026053	27	12.6	27	88	3	439	28	22	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65025727--65026053	160	2.0	161	87	2	471	28	23	9	39	1.85
65026046--65026117	27	2.7	27	77	0	81	40	22	8	29	1.83
65025748--65026097	80	4.4	81	83	3	215	28	22	9	39	1.85
65027290--65027337	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
65027381--65027419	20	2.0	20	94	0	69	35	12	23	28	1.91
65027470--65027588	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
65027470--65027588	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
65027780--65027842	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
65030328--65030403	27	2.8	27	82	7	100	44	22	6	26	1.77
65031377--65031421	18	2.7	16	77	12	54	53	6	11	28	1.61
65034938--65035007	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
65034938--65035019	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
65039122--65039233	47	2.4	47	96	0	206	35	13	25	25	1.92
65039249--65039521	55	5.0	54	82	5	345	35	17	24	22	1.95
65039224--65039521	109	2.7	109	92	3	487	35	18	23	22	1.95
65045060--65045434	54	6.9	54	88	2	529	27	22	9	40	1.84
65045057--65045439	27	14.2	27	84	5	470	27	22	9	40	1.84
65045444--65045639	27	7.3	27	86	0	230	35	17	19	27	1.94
65045838--65045920	27	3.1	26	86	5	94	20	21	20	37	1.95
65046233--65046304	27	2.7	27	82	6	76	19	25	19	36	1.95
65046447--65046604	6	26.3	6	77	12	164	19	15	13	50	1.78
65046422--65046604	30	6.1	30	87	4	253	20	16	13	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65046592--65046625	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
65048185--65048232	24	2.0	24	91	0	78	27	29	12	31	1.93
65057615--65057692	38	2.1	38	95	0	138	35	19	5	39	1.74
65063633--65063727	29	3.3	29	83	1	120	30	27	13	28	1.94
65066712--65066741	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
65068017--65068099	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
65068319--65068388	25	2.7	25	84	6	79	27	25	22	24	2.00
65069315--65069412	27	3.6	27	77	13	92	35	8	16	39	1.78
65069402--65069561	27	6.0	26	77	5	149	29	12	20	38	1.89
65069379--65069528	54	2.8	53	83	2	183	29	9	20	41	1.83
65069403--65069561	81	2.0	81	81	7	189	29	11	20	38	1.88
65069560--65069676	27	4.3	27	81	0	117	37	9	23	29	1.86
65069568--65069672	54	1.9	54	82	0	129	38	9	20	31	1.85
65070807--65070860	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
65070862--65071030	27	6.3	27	86	7	220	26	22	17	33	1.96
65070862--65071030	53	3.2	53	89	5	243	26	22	17	33	1.96
65070862--65071030	80	2.1	80	90	4	261	26	22	17	33	1.96
65073477--65073575	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
65081152--65081250	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
65088615--65088668	25	2.2	24	86	3	72	42	20	20	16	1.89
65091963--65092170	40	5.2	39	84	4	222	25	27	21	25	1.99
65091963--65092170	80	2.6	80	82	3	249	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65100536--65100785	47	5.3	47	93	0	419	28	30	8	32	1.87
65104295--65104502	40	5.2	39	82	4	204	25	27	21	25	1.99
65104295--65104502	80	2.6	80	80	3	231	25	27	21	25	1.99
65114858--65114950	46	2.0	47	97	2	179	34	13	25	25	1.94
65114957--65115141	53	3.5	53	76	9	187	35	18	24	21	1.96
65114957--65115166	108	2.0	108	82	4	264	36	17	25	20	1.94
65115255--65115288	16	2.1	16	88	5	50	41	2	20	35	1.68
65118264--65118423	86	1.9	86	86	5	234	28	27	18	25	1.98
65118264--65118434	43	4.0	42	81	7	191	29	27	18	24	1.98
65118620--65118676	28	2.0	28	100	0	114	29	10	10	49	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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