genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  82  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23440967--23441022	11	5.5	11	71	16	57	35	14	19	30	1.91
23440956--23441022	20	3.3	20	89	0	107	34	13	20	31	1.92
23441073--23441192	23	5.1	23	92	4	204	28	20	20	30	1.97
23441072--23441213	24	6.0	24	90	5	218	28	20	21	29	1.98
23441072--23441192	47	2.6	47	95	0	224	28	19	20	30	1.97
23441407--23441470	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
23444638--23444770	51	2.6	51	83	2	180	26	19	25	28	1.99
23453872--23454006	51	2.7	51	86	2	184	25	17	27	30	1.97
23461101--23461135	17	2.1	17	89	10	54	11	28	42	17	1.83
23464288--23464339	9	5.7	9	84	4	68	23	0	30	46	1.53
23464288--23464339	19	2.8	18	85	5	77	23	0	30	46	1.53
23464288--23464346	28	2.1	28	93	0	100	23	0	30	45	1.53
23464503--23464549	13	3.6	13	91	0	76	17	0	42	40	1.49
23469362--23469480	45	2.6	45	89	0	166	26	21	15	36	1.93
23469458--23469575	45	2.6	46	82	4	141	20	15	16	48	1.81
23469636--23469662	13	2.1	13	100	0	54	40	7	7	44	1.60
23475024--23475224	101	2.0	99	86	1	276	25	18	26	29	1.98
23481583--23481729	43	3.4	42	77	10	129	28	15	23	32	1.95
23483686--23483790	39	2.7	39	90	1	174	27	21	28	21	1.99
23494603--23494766	71	2.3	71	96	0	301	34	17	28	18	1.94
23500361--23500519	53	3.0	53	74	12	153	36	16	24	22	1.94
23500312--23500519	55	3.9	54	75	15	198	36	16	25	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23500321--23500519	108	1.8	110	84	4	278	36	16	25	22	1.94
23500635--23500679	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
23502518--23502652	29	4.7	29	89	0	198	31	14	23	29	1.95
23508868--23509051	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
23508908--23509096	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
23521511--23521540	14	2.1	15	93	6	53	40	6	6	46	1.56
23527961--23527985	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
23530172--23530383	49	4.4	49	74	13	183	28	18	27	24	1.98
23530125--23530383	142	1.8	138	82	6	324	29	17	28	24	1.98
23532077--23532113	15	2.5	15	100	0	74	10	24	45	18	1.81
23551054--23551126	29	2.5	29	90	0	92	27	30	16	26	1.97
23555161--23555490	40	8.3	41	86	4	358	27	26	21	24	1.99
23563429--23563774	40	8.6	40	89	2	423	27	25	21	25	1.99
23568020--23568058	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
23578840--23579032	39	4.9	39	93	0	296	24	32	20	22	1.98
23586834--23586957	39	3.2	39	95	1	212	25	33	19	21	1.97
23593820--23593863	20	2.0	23	87	12	67	22	20	11	45	1.83
23594712--23594871	39	4.1	39	90	0	203	25	32	20	21	1.97
23594748--23594871	39	3.2	39	95	1	212	25	33	19	21	1.97
23603576--23603743	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
23606350--23606423	27	2.7	26	81	10	78	40	18	22	17	1.91
23612908--23612947	6	6.5	6	82	5	53	77	2	2	17	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23612967--23613043	9	8.6	9	85	5	102	25	7	18	48	1.75
23616563--23616588	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
23616614--23616704	3	30.7	3	80	12	100	29	4	1	64	1.20
23617410--23617445	18	2.0	18	100	0	72	33	0	5	61	1.19
23621205--23621249	22	2.1	22	84	8	58	53	2	0	44	1.13
23621856--23621894	14	2.8	14	92	0	60	30	15	10	43	1.80
23624742--23624766	7	3.6	7	100	0	50	44	56	0	0	0.99
23634939--23635160	40	5.6	40	92	1	349	27	26	23	22	2.00
23640770--23641080	46	6.6	46	73	14	160	29	18	27	23	1.98
23640773--23641180	48	8.6	48	73	13	212	28	19	27	23	1.98
23643088--23643293	40	5.2	40	93	2	337	28	27	21	23	1.99
23644670--23644695	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
23650595--23650720	40	3.2	40	92	3	193	26	27	22	23	1.99
23660908--23660992	40	2.1	40	95	0	152	28	25	23	22	1.99
23662369--23662394	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
23670850--23671086	118	2.0	118	95	1	431	30	18	17	32	1.95
23674014--23674118	39	2.7	39	90	1	174	21	28	21	27	1.99
23679973--23680040	28	2.5	28	92	2	111	26	13	26	33	1.93
23687681--23687965	40	7.1	40	89	2	362	23	22	27	27	1.99
23691162--23691231	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
23694920--23695065	67	2.2	68	83	7	187	32	15	29	21	1.95
23708415--23708535	37	3.3	37	94	1	208	22	33	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23708637--23708899	49	5.4	49	96	0	447	29	33	9	28	1.88
23711620--23711718	41	2.4	41	80	11	114	25	24	24	26	2.00
23712200--23712478	29	9.7	29	98	0	524	24	31	16	27	1.96
23714567--23714687	37	3.3	37	94	1	208	22	33	19	24	1.97
23714789--23715050	49	5.4	49	96	0	447	29	33	9	28	1.88
23728750--23728803	24	2.2	24	100	0	108	16	24	33	25	1.96
23735440--23735570	46	2.9	45	71	5	120	30	13	29	26	1.94
23737779--23737961	40	4.6	40	82	9	216	26	27	21	24	2.00
23737779--23737962	79	2.3	81	85	6	234	26	27	21	24	1.99
23745951--23746099	40	3.7	40	78	8	169	28	24	20	26	1.99
23749283--23749450	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
23749283--23749450	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
23759619--23759653	16	2.2	16	89	0	52	40	0	8	51	1.33
23766121--23766303	40	4.6	40	91	4	273	26	26	22	24	2.00
23769277--23769315	7	5.6	7	87	0	60	15	12	2	69	1.30
23770897--23770939	12	3.5	13	87	6	54	30	2	0	67	1.03
23770901--23770933	6	5.5	6	96	0	57	30	3	0	66	1.06
23772441--23772611	46	3.7	46	91	0	270	23	21	25	28	1.99
23778986--23779115	58	2.2	58	89	2	190	26	14	32	26	1.95
23778986--23779087	29	3.5	29	94	0	186	29	14	29	26	1.95
23786815--23786944	58	2.2	58	89	2	190	26	14	32	26	1.95
23786815--23786916	29	3.5	29	94	0	186	29	14	29	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23791304--23791403	48	2.1	48	88	3	148	28	25	20	27	1.99
23795518--23795573	4	14.0	4	92	0	94	50	0	23	26	1.50
23809642--23809666	13	1.9	13	100	0	50	52	8	32	8	1.60
23823327--23823389	24	2.6	24	97	0	117	36	26	17	19	1.94
23830751--23830795	23	1.9	23	86	4	63	48	15	4	31	1.65
23833368--23833397	10	3.0	10	100	0	60	30	30	0	40	1.57
23840172--23840226	27	2.0	27	85	0	74	40	7	14	38	1.74
23840462--23840582	49	2.5	49	95	0	215	27	15	30	26	1.96
23847995--23848027	7	4.4	8	92	7	52	69	0	0	30	0.88
23850171--23850210	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
23851397--23851655	131	1.9	134	84	4	346	26	16	11	44	1.82
23851813--23851847	17	2.1	17	100	0	70	28	0	17	54	1.43
23858817--23858860	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
23858808--23858859	10	5.1	10	84	11	52	59	5	0	34	1.21
23860048--23860110	30	2.1	30	96	0	117	39	14	7	38	1.75
23860500--23860544	22	2.0	22	95	0	81	31	22	11	35	1.89
23865396--23865433	18	2.1	18	85	9	51	0	42	2	55	1.14
23865878--23866069	104	1.9	103	82	5	244	24	19	28	27	1.98
23867884--23868110	48	4.8	48	76	5	176	26	22	23	27	1.99
23867884--23868110	91	2.4	92	80	10	232	26	22	23	27	1.99
23869505--23869544	21	1.9	21	89	0	62	30	12	10	47	1.74
23874002--23874049	25	2.0	24	87	4	69	33	16	25	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23876380--23876433	26	2.1	26	100	0	108	18	18	20	42	1.89
23877615--23877677	29	2.2	29	97	0	117	31	9	7	50	1.64
23877837--23877896	29	2.1	29	100	0	120	40	21	13	25	1.89
23879495--23879546	20	2.5	20	81	9	61	23	5	1	69	1.20
23881270--23881305	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
23882226--23882260	12	2.8	12	91	4	52	22	0	0	77	0.78
23884467--23884634	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
23892479--23892646	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
23892495--23892644	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
23897160--23897323	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425