genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  178  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53874952--53875081	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
53884611--53884718	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
53884570--53884718	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
53892746--53892921	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
53892743--53892914	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
53899974--53900039	28	2.4	28	84	5	89	30	28	13	27	1.94
53911525--53911779	55	4.8	55	77	11	232	35	16	26	21	1.95
53911533--53911735	108	1.9	110	86	4	295	32	17	26	23	1.97
53914885--53915014	38	3.4	38	85	8	156	24	21	22	31	1.98
53916028--53916058	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
53917563--53917692	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
53917579--53917730	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
53917579--53917728	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
53925579--53925708	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
53925595--53925746	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
53925595--53925744	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
53931379--53931407	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
53945459--53945739	48	5.9	48	95	0	499	34	6	27	30	1.82
53945880--53945976	36	2.6	37	90	3	160	24	19	30	24	1.98
53947390--53947423	2	18.0	2	88	11	54	47	0	0	52	1.00
53954772--53954806	2	18.0	2	88	5	54	48	2	0	48	1.16
53962263--53962399	46	3.0	46	86	0	184	24	30	9	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53962373--53962824	47	9.6	47	92	0	690	25	28	11	34	1.91
53966643--53966695	25	2.1	25	85	0	70	20	28	13	37	1.90
53966859--53967094	40	5.9	40	97	0	436	24	29	22	23	1.99
53967790--53967829	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
53969068--53969115	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
53969507--53969550	12	3.7	12	93	0	70	77	4	6	11	1.11
53969498--53969551	12	4.7	12	88	4	67	79	3	5	11	1.02
53972562--53972592	15	2.1	15	100	0	62	35	12	12	38	1.82
53976206--53976253	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
53976297--53976355	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
53976406--53976524	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
53976406--53976524	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
53976716--53976816	31	3.1	31	80	15	130	38	15	21	23	1.92
53976733--53976839	37	2.8	38	92	2	180	39	14	22	23	1.91
53984628--53984686	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
53984737--53984855	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
53984737--53984855	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
53985047--53985148	31	3.1	31	78	17	123	39	15	21	23	1.92
53985064--53985171	38	2.8	38	94	1	189	39	14	22	23	1.91
53986218--53986265	21	2.3	21	85	7	62	12	2	54	31	1.49
53989961--53989995	12	2.8	12	91	4	52	60	0	22	17	1.37
53993599--53993635	15	2.3	17	81	13	51	10	5	5	78	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53995740--53995791	25	2.1	25	92	0	86	23	5	3	67	1.29
53995753--53995791	19	2.1	19	90	0	60	25	5	2	66	1.25
53995760--53995800	19	2.2	19	86	0	55	21	2	9	65	1.34
53998620--53998693	30	2.4	31	80	8	89	55	9	14	20	1.67
53999363--53999406	19	2.3	20	84	7	56	63	9	6	20	1.46
54000879--54000987	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
54000879--54000987	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
54003848--54003970	43	2.9	42	78	7	140	24	17	25	32	1.97
54004610--54004675	34	1.9	34	81	6	80	34	3	24	37	1.71
54007285--54007309	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
54008183--54008252	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
54017251--54017380	66	1.9	68	80	10	149	33	15	30	20	1.94
54018625--54018666	20	2.1	20	90	0	66	23	11	35	28	1.91
54020586--54020684	42	2.3	44	83	13	127	26	17	23	33	1.96
54020547--54020703	43	3.7	42	77	7	147	24	17	24	33	1.97
54023346--54023395	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
54023430--54023535	27	3.9	27	80	7	108	19	16	20	42	1.89
54030857--54030896	15	2.7	15	92	0	62	7	2	7	82	0.92
54040089--54040217	56	2.3	56	98	0	249	33	25	14	26	1.95
54041109--54041407	54	5.5	54	83	4	379	27	22	9	40	1.85
54041114--54041407	80	3.6	81	83	2	349	27	22	9	41	1.84
54041080--54041422	109	3.2	107	83	5	388	27	22	10	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54041109--54041412	27	11.3	27	82	6	321	26	22	9	41	1.85
54041226--54041451	107	2.1	107	81	4	260	27	19	12	39	1.88
54041417--54041611	27	7.2	27	84	2	230	36	17	18	26	1.94
54041417--54041611	54	3.6	54	86	2	257	36	17	18	26	1.94
54041954--54042012	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
54042177--54042250	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
54042368--54042444	6	12.8	6	79	15	88	19	14	14	51	1.75
54042368--54042444	30	2.6	30	87	8	120	19	14	14	51	1.75
54050205--54050759	43	13.0	43	83	4	545	31	26	15	26	1.96
54050293--54050759	129	3.6	129	86	1	605	30	27	16	25	1.96
54058942--54059062	40	3.0	40	91	0	179	19	20	30	28	1.97
54059051--54059138	43	2.0	43	91	0	140	9	21	32	36	1.85
54059055--54059150	43	2.2	43	86	0	129	12	20	32	34	1.90
54059269--54059323	25	2.2	25	90	6	85	30	12	30	25	1.93
54059307--54059405	28	3.5	28	73	10	103	23	18	28	30	1.97
54059306--54059431	56	2.3	55	94	1	216	20	18	31	29	1.96
54067822--54067944	43	2.9	42	89	4	176	21	30	21	25	1.99
54069633--54069662	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
54073413--54073539	42	3.0	43	79	12	136	24	17	25	33	1.96
54073412--54073570	43	3.7	43	75	10	155	25	18	25	30	1.98
54075483--54075646	40	4.1	40	83	3	179	27	26	21	24	1.99
54075479--54075646	80	2.1	80	82	5	198	27	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54077861--54078070	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
54085991--54086200	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
54094026--54094156	29	4.6	29	82	3	140	25	32	16	24	1.96
54097995--54098220	49	4.6	49	80	8	210	32	24	16	26	1.96
54098037--54098224	100	1.9	101	88	3	290	30	25	17	26	1.97
54100058--54100105	24	2.0	24	100	0	96	29	33	16	20	1.95
54102764--54102838	34	2.2	34	97	2	143	42	16	20	21	1.89
54104402--54104443	21	2.0	21	100	0	84	71	4	4	19	1.22
54108132--54108231	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
54109079--54109103	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
54126809--54126944	44	3.0	46	82	4	186	34	24	14	26	1.94
54135830--54135890	30	2.0	30	83	0	77	44	4	21	29	1.73
54136755--54136830	25	3.1	24	63	26	59	30	14	25	30	1.95
54136702--54136895	99	1.9	101	85	4	268	29	18	22	29	1.97
54138710--54138916	78	2.7	78	90	1	308	31	13	21	33	1.91
54139076--54139122	23	2.0	23	83	4	58	55	4	14	25	1.58
54143500--54143636	40	3.5	38	81	11	145	27	27	20	24	1.99
54150131--54150183	26	2.0	26	100	0	106	54	7	7	30	1.56
54150764--54150805	22	1.9	22	85	9	59	45	7	4	42	1.52
54153251--54153278	14	2.0	14	100	0	56	42	28	21	7	1.79
54154635--54154668	15	2.2	16	89	5	52	44	0	0	55	0.99
54155170--54155224	18	3.1	17	84	5	65	50	0	1	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54158435--54158490	27	2.1	27	100	0	112	44	16	14	25	1.84
54169001--54169037	15	2.5	15	91	8	58	59	2	37	0	1.12
54173243--54173268	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
54174994--54175169	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
54174991--54175162	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
54184917--54184975	30	2.0	30	82	0	73	40	10	22	27	1.85
54185442--54185569	47	2.7	48	81	10	158	29	21	26	22	1.99
54185446--54185567	46	2.6	45	82	8	140	31	20	26	22	1.98
54189977--54190033	29	1.9	30	82	3	71	19	3	21	56	1.57
54196504--54196669	24	7.0	24	88	4	230	25	21	23	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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