genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23168856--23169031	46	3.8	46	78	15	191	30	28	19	21	1.98
23171627--23171791	23	7.1	23	91	3	251	27	20	23	28	1.99
23171627--23171793	47	3.6	47	91	4	268	27	20	23	28	1.99
23171838--23171908	20	3.5	20	92	0	115	30	21	12	35	1.91
23178789--23178821	17	1.9	17	100	0	66	42	24	12	21	1.86
23180691--23181029	49	6.8	49	81	3	408	29	26	19	24	1.98
23180691--23181027	100	3.4	99	90	2	480	29	25	19	24	1.98
23180691--23181022	150	2.2	149	86	1	468	30	25	18	25	1.98
23188962--23189133	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
23188955--23189130	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
23195433--23195604	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
23195426--23195601	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
23200045--23200204	29	5.5	30	86	8	213	33	13	25	27	1.93
23210152--23210269	29	4.1	28	80	8	123	26	30	14	28	1.95
23216431--23216469	16	2.4	16	91	0	60	7	20	23	48	1.75
23233942--23234029	28	3.3	28	84	12	107	36	13	23	26	1.92
23234053--23234187	51	2.6	51	92	0	225	32	14	24	28	1.94
23234166--23234210	23	2.0	23	86	8	65	20	17	28	33	1.95
23237830--23237992	39	4.2	39	90	0	245	24	32	19	23	1.98
23239508--23239601	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
23239504--23239638	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
23244146--23244311	40	4.2	40	85	3	192	27	26	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23244146--23244311	80	2.1	80	86	2	226	27	26	21	24	1.99
23249672--23249802	28	4.7	28	93	1	192	35	12	25	25	1.91
23249826--23250126	51	5.9	51	89	0	469	31	13	25	29	1.93
23255740--23255800	31	2.0	31	100	0	122	47	9	16	26	1.77
23256232--23256362	39	3.3	39	80	5	147	32	18	25	23	1.97
23264035--23264064	14	2.1	14	100	0	60	40	23	6	30	1.80
23266898--23267061	43	3.8	43	82	3	204	32	25	14	27	1.94
23269365--23269492	47	2.7	47	86	4	150	26	28	17	27	1.98
23269367--23269680	138	2.2	144	82	7	367	25	29	16	27	1.97
23272490--23272525	17	2.2	16	90	5	54	44	13	2	38	1.59
23273581--23273987	204	2.0	203	83	5	509	34	22	16	26	1.95
23275800--23276019	47	4.7	46	78	10	189	29	18	28	23	1.98
23287853--23288043	43	4.4	43	78	2	161	35	23	12	28	1.91
23292684--23292834	40	3.8	40	77	11	148	21	27	24	26	2.00
23292684--23292833	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
23300678--23300828	40	3.8	40	77	11	148	21	27	24	26	2.00
23300678--23300827	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
23304991--23305060	30	2.3	31	82	2	88	31	18	4	45	1.69
23306978--23307028	24	2.2	24	83	16	72	49	31	5	13	1.66
23307014--23307070	28	1.9	29	82	10	71	40	31	8	19	1.82
23307498--23307722	46	4.9	46	91	1	326	22	24	13	39	1.90
23312811--23312969	39	4.1	38	90	0	174	27	21	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23312811--23312969	78	2.0	78	87	0	228	27	21	21	29	1.98
23314820--23314888	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
23316512--23316549	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
23323337--23323485	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
23323378--23323485	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
23325306--23325373	28	2.5	28	92	2	111	20	10	25	44	1.83
23327001--23327038	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
23330672--23330879	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
23330672--23330877	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
23337722--23337879	39	4.1	39	91	1	246	29	23	20	26	1.99
23337722--23337879	77	2.0	78	90	1	246	29	23	20	26	1.99
23339642--23339962	47	6.9	48	73	13	224	28	18	28	24	1.98
23339635--23339813	94	1.9	93	94	1	313	29	17	27	25	1.97
23339651--23339906	46	5.5	46	74	10	141	27	18	28	25	1.98
23341109--23341186	30	2.5	31	87	4	122	26	25	16	30	1.97
23341210--23341301	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
23341446--23341543	26	3.8	26	91	1	162	26	23	23	26	2.00
23342343--23342426	27	3.1	27	89	3	125	20	25	22	32	1.98
23342343--23342443	27	3.7	27	85	5	116	20	22	22	33	1.97
23342465--23342699	27	8.8	27	78	6	201	31	9	19	39	1.84
23342464--23342699	80	2.9	80	72	13	196	31	9	19	39	1.84
23342573--23342713	53	2.6	53	85	5	194	30	9	21	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23342465--23342737	27	10.2	27	78	6	153	32	9	19	37	1.84
23342693--23342869	26	6.8	27	83	7	197	41	8	20	29	1.82
23342692--23342869	78	2.3	78	85	5	227	41	8	21	29	1.82
23342875--23342938	27	2.5	24	87	7	83	34	9	15	40	1.80
23342875--23342960	26	3.3	27	80	11	92	32	8	17	41	1.79
23345192--23345266	31	2.4	31	93	0	123	28	25	16	30	1.96
23345290--23345383	42	2.2	43	86	3	127	36	20	13	29	1.91
23345528--23345625	26	3.8	26	90	1	153	26	22	23	27	1.99
23345528--23345625	52	1.9	51	93	2	169	26	22	23	27	1.99
23346401--23346478	27	2.9	27	73	17	72	21	21	20	35	1.96
23346496--23346733	27	8.8	27	79	2	199	31	9	19	39	1.84
23346609--23346747	54	2.6	54	86	5	201	30	7	21	39	1.82
23346496--23346732	81	2.9	81	76	9	221	31	9	19	39	1.84
23346609--23346774	54	3.1	54	82	4	131	33	7	21	37	1.81
23346726--23346909	27	6.8	27	82	4	192	40	7	23	28	1.82
23346726--23346909	81	2.3	81	84	3	237	40	7	23	28	1.82
23346726--23346909	54	3.4	54	84	0	224	40	7	23	28	1.82
23346915--23347004	27	3.3	27	78	9	94	34	8	16	40	1.80
23348717--23348756	21	1.9	21	84	0	53	15	40	22	22	1.91
23354091--23354152	33	1.9	32	83	3	79	20	20	20	37	1.95
23359578--23359680	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
23367695--23367797	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23374477--23374663	40	4.7	40	85	5	252	25	23	26	25	2.00
23382115--23382356	40	6.1	40	90	2	323	26	27	22	23	1.99
23387246--23387330	42	2.0	42	81	4	100	32	23	3	40	1.72
23392430--23392477	23	2.1	23	100	0	96	25	27	12	35	1.92
23393797--23393849	25	2.1	25	92	0	88	45	24	1	28	1.64
23395044--23395128	42	2.0	42	81	4	100	32	23	3	40	1.72
23397719--23398113	48	8.2	48	95	0	673	31	26	6	35	1.81
23402352--23402461	49	2.2	49	85	3	141	23	25	20	30	1.98
23404426--23404579	39	3.9	40	91	0	222	22	20	32	25	1.98
23404426--23404579	79	1.9	79	86	2	220	22	20	32	25	1.98
23412345--23412498	39	3.9	40	91	0	222	22	20	32	25	1.98
23412345--23412498	79	1.9	79	86	2	220	22	20	32	25	1.98
23421103--23421265	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
23421103--23421299	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
23428545--23428708	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
23428545--23428742	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
23430191--23430357	6	27.0	6	68	17	92	47	13	17	20	1.81
23430172--23430357	25	7.5	25	79	7	118	47	12	17	21	1.81
23430191--23430267	37	2.1	37	92	0	127	46	14	19	19	1.83
23430172--23430356	62	3.0	62	92	0	307	48	12	17	21	1.81
23430253--23430329	37	2.1	37	85	0	100	49	15	15	19	1.80
23430197--23430351	19	7.6	19	68	23	93	47	13	17	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23430476--23430535	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
23430574--23430633	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
23430461--23430675	98	2.2	98	96	0	403	31	21	26	20	1.98
23430901--23431258	27	13.3	27	87	0	455	24	20	18	36	1.95
23431239--23431664	27	15.8	26	80	5	350	31	9	20	38	1.84
23431378--23431664	108	2.7	108	94	0	493	30	8	20	40	1.83
23431298--23431664	27	13.6	27	85	0	419	30	9	20	39	1.84
23433772--23433841	34	2.1	34	94	0	122	21	24	24	30	1.99
23434397--23434436	20	2.0	20	90	0	62	22	42	17	17	1.89
23435966--23436006	9	4.6	9	96	0	64	46	14	9	29	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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