genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.387.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  387  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118960847--118960893	20	2.3	21	88	3	69	63	8	2	25	1.34
118960867--118960934	25	2.7	25	84	6	75	66	4	2	26	1.25
118960890--118960980	19	4.9	19	72	21	77	62	1	2	34	1.14
118961472--118961529	2	29.5	2	82	3	73	48	1	3	46	1.29
118963905--118963938	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
118965816--118965863	26	1.9	24	87	8	69	41	2	2	54	1.24
118967179--118967213	18	1.9	18	88	11	54	25	2	0	71	1.00
118972745--118972813	30	2.4	28	75	7	66	44	2	0	52	1.16
118972925--118972960	9	3.9	9	88	3	54	55	0	0	44	0.99
118972926--118972990	29	2.3	27	75	15	67	52	0	0	47	1.00
118973767--118973805	2	19.0	2	94	5	69	48	0	2	48	1.15
118975329--118975362	10	3.5	10	88	4	52	88	0	11	0	0.52
118975329--118975372	20	2.2	20	84	4	54	81	4	11	2	0.92
118977904--118977932	11	2.6	11	100	0	58	37	31	6	24	1.82
118979954--118979995	6	7.0	6	88	0	57	21	0	76	2	0.90
118982814--118982867	18	3.3	18	66	28	57	35	14	7	42	1.74
118982812--118982871	30	2.0	30	100	0	120	36	13	6	43	1.70
118983094--118983132	19	2.1	19	100	0	78	61	0	15	23	1.33
118984808--118984864	28	2.0	28	100	0	114	50	10	14	24	1.73
118993063--118993095	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
118998453--118998522	11	6.9	10	72	25	58	20	4	0	75	0.96
118998453--118998522	5	13.8	5	75	21	58	20	4	0	75	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118998452--118998502	6	8.5	6	77	16	52	17	3	0	78	0.90
119001307--119001339	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
119003301--119003334	16	2.1	16	100	0	68	29	26	11	32	1.92
119011406--119011539	45	3.0	45	81	5	153	41	11	20	26	1.85
119012975--119013022	25	2.0	25	84	12	64	47	25	10	16	1.78
119012936--119013095	66	2.4	67	79	6	148	45	23	14	16	1.84
119025385--119025438	23	2.4	22	81	9	65	27	7	1	62	1.32
119027124--119027163	19	2.2	18	86	4	53	60	0	0	40	0.97
119028231--119028309	31	2.5	31	97	0	149	26	25	18	29	1.98
119028517--119028575	25	2.4	25	88	11	86	27	23	18	30	1.98
119028623--119028691	20	3.5	20	90	4	104	31	17	10	40	1.83
119029515--119029682	27	6.1	27	78	5	106	33	10	17	39	1.83
119029603--119029701	27	3.7	27	78	4	119	28	8	23	40	1.83
119029733--119029876	27	5.3	27	88	4	184	40	9	23	27	1.84
119029721--119029863	53	2.7	52	85	3	178	40	9	20	28	1.85
119030548--119030709	26	6.2	26	95	0	279	33	4	24	37	1.77
119030548--119030709	78	2.1	78	98	0	315	33	4	24	37	1.77
119032328--119032468	27	5.2	27	84	8	171	17	23	23	35	1.95
119032328--119032486	54	3.0	53	87	2	221	18	23	22	35	1.96
119032328--119032486	27	5.9	27	79	16	145	18	23	22	35	1.96
119034818--119034964	42	3.1	49	64	25	127	33	3	12	51	1.56
119034851--119034994	49	3.1	48	63	25	119	30	2	10	56	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119034816--119034998	90	2.0	90	97	0	348	31	2	11	54	1.50
119038015--119038058	2	21.5	2	90	4	70	50	2	0	47	1.13
119041954--119042007	20	2.7	20	79	0	72	37	24	27	11	1.89
119043867--119043903	18	2.0	19	85	15	51	32	16	8	43	1.77
119055427--119055884	90	5.1	89	81	6	466	53	11	6	28	1.62
119056165--119056241	33	2.3	33	93	0	127	31	24	12	31	1.93
119057695--119057722	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
119057918--119057973	12	4.2	13	76	17	53	60	5	0	33	1.19
119058048--119058127	3	26.3	3	72	20	53	65	1	3	30	1.18
119058048--119058128	12	6.8	12	75	12	78	65	1	3	29	1.17
119058044--119058123	18	4.4	18	74	16	67	63	1	3	31	1.20
119058612--119058693	30	2.7	30	94	0	146	25	7	50	17	1.71
119060007--119060045	21	1.9	20	89	5	60	48	0	0	51	1.00
119060015--119060054	21	1.9	21	84	0	53	47	5	0	47	1.24
119061321--119061364	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
119064985--119065065	40	2.0	40	100	0	162	33	14	14	37	1.88
119067508--119067593	24	3.8	24	77	14	69	46	0	1	52	1.08
119067748--119067841	44	2.1	46	88	4	138	34	28	6	30	1.82
119067823--119067877	16	3.4	16	87	0	83	30	29	5	34	1.80
119070896--119070981	41	2.1	41	84	2	111	37	23	23	16	1.94
119070910--119071030	41	3.0	41	85	2	154	36	23	22	18	1.95
119071016--119071118	41	2.5	42	92	4	174	23	18	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119071433--119071482	18	2.7	18	84	9	66	46	4	2	48	1.32
119071885--119071919	15	2.3	15	95	0	61	57	0	8	34	1.29
119071891--119071958	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
119074808--119075722	373	2.5	373	98	0	1769	35	14	10	38	1.81
119075810--119075877	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
119076054--119076109	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
119076214--119076403	18	10.3	18	75	9	141	47	13	1	38	1.50
119076214--119076386	9	18.6	9	78	8	123	46	13	1	38	1.51
119078919--119078998	31	2.5	33	77	8	92	15	2	18	63	1.41
119079075--119079322	43	5.8	43	91	0	379	25	31	18	24	1.98
119079079--119079314	129	1.8	129	94	0	418	26	30	18	23	1.98
119082541--119082606	32	2.1	32	94	0	114	31	7	22	37	1.82
119084016--119084048	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
119084329--119084646	46	7.0	46	90	2	410	20	23	15	41	1.90
119084334--119084643	136	2.3	138	87	1	453	20	23	15	41	1.89
119087650--119087676	8	3.4	8	100	0	54	40	0	0	59	0.98
119094922--119094965	21	2.1	21	100	0	88	47	9	0	43	1.35
119097138--119097288	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
119104129--119104279	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
119106153--119106177	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
119114751--119114808	25	2.4	25	88	2	91	34	12	27	25	1.91
119115558--119115625	24	2.9	23	75	12	59	44	1	2	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119115513--119115681	63	2.7	62	86	8	204	42	1	2	53	1.26
119115859--119115913	16	3.4	16	89	0	83	29	30	7	32	1.84
119120791--119120879	19	4.9	19	76	19	91	47	3	6	42	1.46
119120791--119120892	52	2.0	52	86	7	145	45	3	6	44	1.49
119120863--119120900	14	2.7	14	92	8	60	36	5	5	52	1.47
119124577--119124601	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
119128087--119128129	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
119128766--119128837	3	23.7	3	88	2	81	37	0	1	61	1.05
119129117--119129366	132	1.9	133	86	2	360	26	16	21	35	1.94
119130879--119130920	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
119133025--119133153	30	4.3	29	80	2	96	24	25	34	14	1.94
119133023--119133153	59	2.2	60	81	2	156	24	25	35	15	1.94
119135425--119135514	42	2.2	42	93	2	155	33	21	18	26	1.96
119143862--119144037	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
119143858--119144029	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
119146988--119147056	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
119146979--119147066	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
119149449--119149624	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
119149445--119149616	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
119160112--119160136	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
119161317--119161440	33	3.8	32	77	11	99	33	11	23	31	1.90
119165243--119165350	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119171786--119171937	32	4.7	33	74	11	98	34	11	24	28	1.91
119182424--119182473	19	2.7	18	78	9	55	58	2	0	40	1.10
119182635--119182684	20	2.5	19	81	12	57	44	28	0	28	1.55
119191112--119191177	32	2.1	32	100	0	132	19	21	28	30	1.98
119197052--119197086	13	2.7	13	91	8	54	22	0	5	71	1.07
119198566--119198637	33	2.2	31	80	11	74	18	9	1	70	1.21
119198584--119198667	32	2.6	33	78	16	86	20	13	1	65	1.33
119207662--119207762	31	3.3	30	71	8	87	54	4	1	38	1.33
119207693--119207788	30	3.2	30	75	8	113	51	7	1	40	1.37
119207655--119207788	61	2.2	61	93	0	223	51	5	1	41	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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