genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  100  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28276305--28276346	16	2.6	16	84	3	57	45	19	2	33	1.63
28276530--28276853	116	2.8	116	88	1	470	25	9	20	44	1.81
28277354--28277422	33	2.1	33	89	5	104	23	1	50	24	1.57
28277362--28277450	33	2.7	33	81	6	83	29	3	41	25	1.71
28277391--28277486	33	2.9	35	69	23	80	35	5	36	22	1.77
28281501--28281641	40	3.5	40	86	2	187	24	30	21	22	1.99
28289489--28289709	40	5.6	40	92	1	347	25	30	21	22	1.99
28290987--28291044	29	2.0	29	100	0	116	6	27	6	58	1.50
28310815--28310954	51	2.7	51	83	6	151	29	27	16	26	1.97
28317713--28317926	48	4.5	48	79	3	216	25	23	20	29	1.99
28317741--28317931	96	2.0	97	83	1	240	25	24	19	30	1.98
28318046--28318093	6	8.0	6	100	0	96	50	16	0	33	1.46
28318787--28318895	50	2.2	50	98	0	209	35	9	8	46	1.66
28319090--28319115	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
28326652--28326755	40	2.6	40	83	6	129	20	31	14	33	1.92
28329928--28330030	38	2.7	38	89	0	143	23	23	25	28	2.00
28330028--28330451	43	9.6	43	77	14	336	11	24	32	31	1.91
28330135--28330201	27	2.5	27	90	2	109	10	25	32	31	1.89
28330096--28330244	70	2.1	70	94	0	262	10	24	32	32	1.89
28330026--28330451	156	2.7	153	84	6	579	11	24	32	31	1.91
28330057--28330400	113	3.0	113	96	0	607	11	23	32	31	1.91
28330248--28330314	27	2.5	27	90	2	109	10	25	32	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28330217--28330357	70	2.0	70	92	0	237	11	24	32	31	1.90
28334737--28334805	31	2.2	31	97	0	129	18	2	18	59	1.50
28338228--28338450	120	1.9	120	82	1	286	19	26	17	36	1.93
28338228--28338450	40	5.6	40	82	2	250	19	26	17	36	1.93
28349546--28349575	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
28352123--28352169	20	2.2	22	88	7	71	46	10	0	42	1.38
28357882--28357964	29	2.9	29	74	0	103	24	15	31	28	1.96
28360006--28360047	21	2.0	20	82	13	50	7	28	4	59	1.44
28366645--28367203	136	4.0	137	86	6	761	45	5	7	41	1.55
28366645--28367203	281	2.0	274	86	5	786	45	5	7	41	1.55
28367179--28367325	75	2.0	75	87	0	213	31	12	9	46	1.73
28372165--28372363	30	6.7	30	78	6	172	19	27	12	40	1.88
28372150--28372367	119	1.8	120	90	4	352	20	27	13	38	1.90
28372350--28372419	31	2.3	31	80	2	79	24	20	11	44	1.84
28373939--28373969	6	5.2	6	92	0	53	0	64	0	35	0.94
28377075--28377116	19	2.2	20	95	4	77	50	14	9	26	1.73
28377100--28377137	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
28386802--28386977	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
28386799--28386969	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
28389751--28389792	20	2.1	20	95	0	75	33	16	9	40	1.81
28390094--28390157	28	2.3	26	75	19	67	29	25	20	25	1.99
28390562--28390638	24	3.2	24	96	0	136	33	3	41	20	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28392049--28392156	27	4.0	26	80	10	110	15	21	24	38	1.92
28393726--28393772	20	2.3	21	85	10	71	23	40	23	12	1.89
28398263--28398287	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
28409944--28409993	22	2.3	22	82	6	57	38	12	30	20	1.88
28414819--28414980	54	3.0	54	96	0	288	38	10	16	34	1.83
28425421--28425457	20	1.9	18	89	10	56	43	2	5	48	1.40
28434000--28434035	18	2.0	18	100	0	72	22	22	16	38	1.93
28435332--28435503	46	3.7	45	75	10	168	23	20	27	28	1.99
28438236--28438496	40	6.5	40	85	6	280	24	26	23	26	2.00
28438264--28438493	80	2.9	79	84	3	318	24	26	22	25	2.00
28438236--28438494	120	2.1	121	85	3	353	24	26	23	25	2.00
28446361--28446568	40	5.2	39	86	5	222	24	25	23	26	2.00
28446389--28446613	120	1.9	121	86	2	328	25	26	21	26	1.99
28446389--28446621	40	5.8	40	88	0	295	25	26	21	26	2.00
28449867--28449946	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
28449858--28449945	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
28454093--28454236	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
28454094--28454276	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
28460521--28460664	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
28460558--28460687	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
28468545--28468688	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
28468582--28468711	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28473217--28473341	47	2.8	44	90	7	214	28	28	20	23	1.98
28475267--28475355	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
28475267--28475346	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
28475278--28475355	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
28478349--28478475	47	2.7	47	97	0	245	28	29	19	22	1.98
28486869--28486926	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
28489399--28489462	20	3.2	20	93	2	103	26	17	29	26	1.97
28491296--28491333	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
28493807--28493844	20	1.9	20	94	0	67	28	18	21	31	1.97
28496325--28496350	13	2.0	13	100	0	52	38	38	15	7	1.76
28498007--28498067	24	2.5	24	83	0	77	47	29	13	9	1.74
28499353--28499562	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
28506571--28506780	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
28518012--28518273	40	6.6	40	93	1	420	25	26	22	25	2.00
28521359--28521543	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
28521352--28521543	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
28529407--28529591	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
28529400--28529591	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
28546968--28547035	33	2.1	33	97	0	127	42	8	20	27	1.82
28547917--28547961	15	2.9	15	83	3	54	15	15	15	53	1.74
28550498--28550536	14	2.6	16	88	8	55	41	2	23	33	1.68
28553837--28553895	29	2.0	29	100	0	118	37	20	6	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28556817--28556866	26	1.9	26	84	8	66	72	2	12	14	1.22
28557939--28558038	27	3.5	28	86	5	103	28	13	26	33	1.93
28557969--28558038	27	2.5	28	93	2	115	28	12	25	32	1.93
28557994--28558050	27	2.1	27	83	6	71	29	15	22	31	1.95
28560908--28561040	29	4.6	29	81	3	97	24	32	17	26	1.97
28560907--28561042	58	2.4	57	82	2	146	24	31	16	27	1.97
28560966--28561043	29	2.7	29	93	0	138	25	29	14	30	1.94
28568697--28568769	28	2.6	28	93	2	128	26	31	15	27	1.95
28568639--28568769	29	4.6	29	81	2	131	24	32	17	25	1.97
28571808--28571937	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
28571808--28571973	40	4.2	40	77	7	133	23	27	23	25	2.00
28579818--28579985	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
28579834--28579983	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
28583335--28583401	30	2.2	30	83	0	80	11	23	0	64	1.27
28583359--28583410	18	2.9	18	82	0	59	13	19	1	65	1.36
28583377--28583401	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
28583470--28583527	5	12.0	5	78	14	52	0	15	1	82	0.74
28583472--28583527	6	10.3	6	73	19	52	0	14	1	83	0.72
28583472--28583534	9	7.8	8	77	15	51	0	14	3	82	0.79
28583472--28583523	21	2.4	22	81	12	63	0	13	1	84	0.70
28594862--28594898	13	2.5	15	83	16	51	70	0	2	27	1.01
28594863--28594888	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28598878--28598991	43	2.7	42	79	8	106	25	15	24	34	1.95
28603921--28603961	18	2.3	18	83	8	57	9	24	41	24	1.85
28604065--28604194	54	2.4	54	82	0	152	33	16	16	34	1.91
28604065--28604220	27	5.7	27	77	5	136	33	17	15	33	1.91
28604198--28604328	27	4.9	27	78	7	149	41	21	18	19	1.91
28604198--28604328	54	2.4	54	90	0	199	41	21	18	19	1.91
28604751--28604825	34	2.2	34	83	4	98	29	21	22	26	1.99
28608380--28608433	27	2.0	27	85	7	74	31	20	18	29	1.96
28608697--28608828	20	6.6	20	87	0	192	14	22	24	38	1.91
28612734--28612890	43	3.7	43	73	7	149	26	19	24	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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