genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22952032--22952096	34	2.0	34	84	6	89	30	24	16	27	1.97
22953941--22954048	26	4.2	26	93	0	180	35	25	7	32	1.84
22966762--22966937	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
22966759--22966930	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
22974343--22974518	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
22974340--22974511	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
22981030--22981059	12	2.4	13	94	5	53	10	13	0	76	1.01
22981991--22982119	40	3.2	40	97	2	251	21	20	30	27	1.98
22981991--22982147	79	2.0	79	87	2	226	22	21	28	28	1.99
22990020--22990114	40	2.4	40	98	0	181	20	20	30	29	1.97
22994561--22994595	18	1.9	18	94	0	61	88	0	8	2	0.61
22995487--22996693	44	27.1	44	70	13	627	30	18	24	27	1.97
22995487--22996146	132	5.0	132	95	0	1176	29	18	25	26	1.98
22996108--22996688	132	4.3	131	83	8	716	31	17	23	27	1.97
22995487--22996282	264	3.0	261	87	4	1012	30	18	25	26	1.98
22998325--22998398	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
23005764--23005803	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
23006443--23006516	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
23009247--23009315	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
23009238--23009325	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
23011691--23011866	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
23011687--23011858	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23018438--23018605	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
23018438--23018605	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
23026438--23026605	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
23026438--23026605	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
23028906--23028936	16	1.9	16	100	0	62	51	16	0	32	1.44
23028908--23028970	33	1.9	32	81	15	76	47	15	3	33	1.62
23029453--23029491	6	6.3	6	91	5	60	82	0	2	15	0.79
23029439--23029491	18	2.8	19	82	8	63	77	0	3	18	0.92
23034927--23034955	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
23039746--23039783	13	2.9	13	100	0	76	31	21	15	31	1.94
23049411--23049657	47	5.3	45	71	13	126	26	27	18	27	1.98
23049483--23049702	96	2.3	96	82	5	261	25	28	18	27	1.98
23049489--23049656	48	3.5	46	73	12	144	25	28	18	27	1.98
23062898--23062968	27	2.7	26	76	6	81	36	21	22	19	1.95
23063124--23063376	27	9.4	27	88	1	330	24	21	20	33	1.97
23066094--23066244	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
23066131--23066260	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
23066093--23066260	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
23074081--23074231	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
23074118--23074247	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
23074081--23074247	80	2.1	79	82	7	205	26	23	27	22	2.00
23087408--23087533	35	3.6	35	80	5	137	19	10	28	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23088316--23088388	31	2.4	31	95	0	128	21	31	30	16	1.95
23090732--23090816	41	2.1	41	97	0	161	30	18	11	38	1.87
23094549--23094591	20	2.2	20	100	0	86	20	4	32	41	1.73
23098869--23098899	16	1.9	16	93	0	53	70	3	9	16	1.26
23099631--23099710	42	2.0	42	86	11	116	26	22	2	48	1.63
23104434--23104565	66	2.0	66	96	0	246	40	8	20	31	1.82
23105020--23105323	49	5.8	53	83	5	286	35	17	24	22	1.95
23105020--23105323	108	2.9	100	80	8	315	35	17	24	22	1.95
23105515--23105545	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
23117489--23117554	20	3.2	20	78	6	60	24	0	24	51	1.48
23117542--23117582	21	2.0	21	85	0	55	14	0	29	56	1.39
23117638--23117680	22	1.9	23	90	4	70	20	2	41	34	1.65
23117775--23117856	7	11.7	7	78	0	74	19	4	37	37	1.73
23117775--23117853	21	3.8	20	84	3	95	20	5	35	39	1.74
23120881--23120972	43	2.1	43	83	0	112	29	21	19	29	1.98
23120937--23121016	42	1.9	42	81	0	97	27	20	25	27	1.99
23120892--23121178	43	6.7	43	74	5	197	28	19	23	28	1.98
23123339--23123457	42	2.7	45	83	7	149	25	19	24	31	1.98
23127267--23127335	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
23131037--23131105	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
23136998--23137035	20	1.9	20	88	0	58	26	7	21	44	1.79
23142081--23142191	58	1.9	58	87	1	161	28	27	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23142090--23142204	29	4.0	28	80	6	124	29	26	15	27	1.96
23144900--23145000	29	3.5	29	87	2	141	27	14	33	23	1.94
23152920--23153021	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
23157068--23157230	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
23163203--23163252	20	2.5	20	93	0	82	24	32	30	14	1.94
23165892--23166150	93	2.8	91	78	11	235	26	18	30	23	1.98
23165887--23166150	139	1.9	138	82	7	329	26	18	30	24	1.98
23165892--23166255	46	7.8	48	73	14	239	26	19	29	23	1.98
23170018--23170087	28	2.5	28	85	0	86	27	15	27	30	1.96
23170999--23171028	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23177116--23177257	40	3.5	40	83	0	158	22	28	23	26	1.99
23185236--23185346	39	2.8	39	84	4	134	21	27	23	27	1.99
23185806--23185872	30	2.2	30	100	0	134	40	17	10	31	1.84
23186646--23186816	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
23186638--23186818	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
23189178--23189266	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
23189178--23189257	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
23189189--23189266	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
23192183--23192354	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
23192175--23192350	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
23196169--23196207	20	2.0	20	84	0	51	41	15	17	25	1.89
23198679--23198901	40	5.6	40	84	2	288	24	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23198679--23198937	80	3.3	79	84	4	308	25	23	27	23	2.00
23198679--23198937	119	2.2	119	83	8	316	25	23	27	23	2.00
23203636--23203818	80	2.3	80	85	7	246	27	22	25	24	2.00
23203635--23203820	40	4.7	40	86	5	218	27	22	25	24	2.00
23209213--23209471	40	6.6	40	81	7	280	25	23	27	23	2.00
23209213--23209471	79	3.3	78	84	4	292	25	23	27	23	2.00
23211264--23211310	5	9.4	5	100	0	94	19	0	0	80	0.70
23212288--23212330	18	2.5	17	85	7	59	27	4	2	65	1.25
23212290--23212343	21	2.6	21	80	11	58	25	5	3	64	1.32
23212404--23212473	3	23.3	3	94	5	124	31	1	0	67	1.00
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23225176--23225277	32	3.3	32	72	13	104	24	13	25	36	1.92
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23237546--23237574	14	2.0	15	93	6	51	20	6	6	65	1.40
23243357--23243405	16	2.7	20	69	24	61	48	6	4	40	1.47
23246063--23246136	29	2.6	29	91	0	121	28	13	31	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23246120--23246195	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
23253793--23253897	29	3.8	28	82	7	115	25	16	33	24	1.96
23253797--23253867	27	2.6	27	93	4	115	26	15	30	26	1.96
23253852--23253927	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
23261970--23262199	79	2.9	77	82	7	266	26	20	27	25	1.99
23261970--23262193	40	5.7	40	85	5	269	26	20	28	24	1.99
23264072--23264134	31	2.0	31	100	0	126	15	19	30	34	1.93
23264359--23264401	10	4.3	10	82	11	61	69	2	6	20	1.23
23266327--23266367	21	1.9	22	90	5	66	78	0	2	19	0.87
23269291--23269324	18	1.9	18	88	5	52	55	2	11	29	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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