genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  102  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28975387--28975448	25	2.4	26	82	15	76	25	30	6	37	1.81
28978115--28978266	27	5.7	27	87	0	207	37	21	9	31	1.86
28978120--28978277	81	2.0	80	89	1	244	39	19	8	32	1.83
28978259--28978337	27	2.9	27	92	0	122	39	16	11	32	1.84
28978125--28978304	54	3.3	53	78	9	143	40	20	8	31	1.82
28978125--28978331	81	2.6	81	81	5	215	39	19	9	31	1.83
28981216--28981329	27	4.2	27	77	6	99	21	22	19	35	1.96
28985571--28985604	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28996441--28996512	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
28997551--28997582	16	2.0	16	100	0	64	37	31	6	25	1.81
29004215--29004286	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
29011946--29012017	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
29011945--29012046	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
29034850--29035023	94	1.9	93	82	8	219	23	28	18	29	1.98
29036420--29036455	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
29037753--29037884	59	2.3	58	95	1	237	37	13	24	25	1.92
29037723--29037884	88	1.8	89	89	1	254	35	13	24	25	1.92
29037753--29037884	29	4.5	29	96	1	237	37	13	24	25	1.92
29043090--29043291	27	7.5	27	84	4	203	38	19	9	32	1.84
29043083--29043274	54	3.6	54	82	4	226	38	21	9	30	1.86
29043089--29043291	81	2.5	81	84	5	250	38	19	9	32	1.84
29045391--29045423	15	2.1	17	88	11	52	60	0	24	15	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29049309--29049379	27	2.6	28	95	2	126	29	14	26	29	1.95
29049333--29049390	27	2.1	27	87	0	80	32	15	20	31	1.94
29051096--29051196	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
29051125--29051196	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
29060512--29060581	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
29060512--29060593	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
29072155--29072286	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
29076644--29076837	39	4.9	39	87	0	253	23	31	21	23	1.98
29079110--29079137	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29079170--29079221	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
29082824--29082882	26	2.3	26	82	11	77	32	27	22	18	1.97
29090044--29090103	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
29090100--29090129	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
29090162--29090213	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
29095054--29095220	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	26	2.00
29097178--29097275	50	1.9	51	85	6	137	42	11	14	31	1.80
29098799--29098974	46	3.8	46	74	15	164	22	21	27	28	1.99
29098795--29098965	93	1.8	93	87	2	254	22	21	28	28	1.99
29102415--29102471	24	2.2	25	78	9	62	38	7	31	22	1.81
29103829--29103921	19	5.1	19	74	12	95	30	11	12	45	1.78
29103803--29103931	54	2.4	54	90	0	213	32	10	14	41	1.81
29106312--29106368	18	3.2	18	75	5	62	70	0	19	10	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29107395--29107423	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
29108535--29108705	43	4.0	43	77	4	159	26	15	26	30	1.96
29110138--29110214	37	2.1	37	100	0	154	48	5	19	27	1.70
29112103--29112278	46	3.8	46	74	12	153	22	21	27	29	1.99
29112100--29112271	93	1.8	93	88	0	263	22	21	27	28	1.99
29123168--29123318	40	3.8	40	78	6	128	23	26	23	26	2.00
29123168--29123317	80	1.9	80	82	8	189	23	26	23	26	2.00
29137490--29137584	47	2.0	47	83	0	118	38	7	29	24	1.82
29137721--29137774	27	2.0	27	100	0	108	44	14	7	33	1.73
29139000--29139030	16	1.9	16	93	0	53	67	12	6	12	1.40
29139334--29139444	41	2.6	43	82	4	136	26	17	28	27	1.97
29139541--29139644	51	2.0	51	100	0	208	37	7	22	32	1.82
29142406--29142449	9	4.7	9	86	8	61	22	0	22	54	1.45
29142406--29142449	19	2.3	19	88	7	63	22	0	22	54	1.45
29143522--29143584	17	3.7	17	71	14	58	23	14	33	28	1.94
29143516--29143580	33	2.0	33	93	0	112	24	15	32	27	1.95
29143516--29143563	16	2.9	17	70	17	55	27	14	33	25	1.94
29144666--29144726	30	2.0	30	87	6	88	36	8	26	29	1.85
29145372--29145618	49	5.0	50	80	2	282	25	18	27	29	1.98
29151103--29151341	49	4.8	49	80	2	262	26	18	25	29	1.98
29160569--29160698	49	2.7	48	85	8	167	24	26	19	29	1.98
29167990--29168254	139	1.9	141	82	9	337	24	30	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29170024--29170100	39	2.0	39	94	0	136	45	12	9	32	1.74
29172768--29172935	46	3.6	44	79	12	176	28	20	27	23	1.99
29173815--29173933	55	2.2	55	89	0	175	15	27	32	23	1.95
29178159--29178331	46	3.7	45	78	6	177	28	19	27	24	1.99
29184771--29185099	96	3.4	97	84	2	396	25	29	18	26	1.98
29184771--29185086	143	2.2	144	85	4	415	25	29	18	27	1.98
29184771--29185099	48	6.9	48	80	4	351	25	29	18	26	1.98
29186303--29186618	48	6.6	47	86	3	371	25	17	29	28	1.98
29186346--29186618	144	1.9	144	88	3	415	24	18	28	27	1.98
29189702--29189810	38	2.8	40	84	8	143	22	23	29	23	1.99
29189662--29189826	40	4.2	40	78	9	162	26	22	27	24	2.00
29196119--29196267	78	1.9	76	94	5	264	38	8	26	26	1.85
29197777--29197886	39	2.8	40	82	10	136	22	23	29	24	1.99
29197736--29197902	40	4.2	40	78	7	171	25	22	26	24	2.00
29201675--29201717	17	2.5	17	77	7	52	67	0	2	30	1.03
29208755--29208897	43	3.3	42	71	14	114	25	15	25	33	1.95
29216126--29216309	50	3.7	50	82	1	217	25	18	27	28	1.98
29219735--29219834	29	3.5	29	81	1	112	26	18	28	28	1.98
29231313--29231409	50	1.9	50	100	0	194	34	26	11	27	1.91
29231565--29231603	19	2.1	19	95	0	69	48	12	10	28	1.74
29235555--29235738	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
29235555--29235738	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29236001--29236044	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
29238501--29238657	43	3.7	43	78	9	142	24	16	25	33	1.96
29238501--29238645	44	3.4	42	79	10	125	24	16	24	33	1.96
29244193--29244247	11	5.5	10	77	12	51	38	10	18	32	1.85
29244294--29244364	25	2.9	24	89	6	106	23	25	25	25	2.00
29244294--29244391	25	4.0	23	84	9	97	26	23	24	25	2.00
29246941--29247165	40	5.7	41	86	5	261	26	25	20	26	1.99
29255006--29255223	38	5.5	39	76	18	211	24	27	22	25	2.00
29255006--29255223	79	2.8	76	78	14	228	24	27	22	25	2.00
29257874--29257976	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
29265900--29266002	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
29273932--29274034	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
29276449--29276508	27	2.3	26	82	2	66	38	20	20	21	1.94
29277240--29277410	27	6.4	26	83	6	175	27	20	17	34	1.95
29277267--29277410	54	2.7	54	86	2	209	27	20	16	35	1.94
29282182--29282268	37	2.3	36	90	5	129	27	33	17	21	1.96
29282337--29282685	49	7.1	49	95	0	617	29	27	8	34	1.87
29284965--29285016	22	2.2	24	80	6	63	40	26	3	28	1.74
29288561--29288729	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
29295850--29296018	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
29301062--29301205	46	3.1	44	72	15	114	29	28	19	22	1.98
29305960--29306124	43	3.9	42	79	10	156	31	25	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29307701--29307748	24	2.0	24	95	0	87	39	0	20	39	1.53
29314521--29314745	40	5.7	40	91	4	323	27	27	21	24	1.99
29322080--29322154	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
29322190--29322220	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
29336416--29336469	24	2.2	24	78	12	58	29	16	20	33	1.95
29340080--29340150	29	2.6	26	78	10	79	28	16	33	21	1.95
29340080--29340141	29	2.2	29	83	8	85	32	17	29	20	1.96
29347900--29347977	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
29354016--29354074	29	2.0	29	90	0	91	23	10	30	35	1.88
29355393--29355444	24	2.2	24	85	0	68	23	21	30	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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