genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  281  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88017710--88017876	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
88017710--88017876	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
88018699--88018744	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
88025706--88025872	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
88025706--88025872	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
88026697--88026742	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
88028128--88028253	39	3.2	39	91	0	180	29	28	19	23	1.98
88030876--88030908	14	2.4	14	100	0	66	15	30	21	33	1.94
88031436--88031591	40	3.9	40	85	6	226	24	28	22	24	1.99
88031436--88031586	80	1.9	80	91	2	250	23	29	23	23	1.99
88037323--88037386	31	2.1	31	90	0	101	25	23	17	34	1.96
88037599--88037863	24	11.2	24	88	2	367	27	21	21	29	1.99
88037601--88037863	71	3.7	71	91	2	388	27	20	22	29	1.99
88037599--88037863	95	2.8	95	92	0	424	27	21	21	29	1.99
88037913--88037968	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
88037913--88037970	20	2.9	20	97	0	107	32	20	12	34	1.90
88044985--88045048	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
88045242--88045406	23	7.0	24	88	6	239	26	21	23	28	1.99
88045242--88045406	71	2.3	70	91	4	260	26	21	23	28	1.99
88045455--88045521	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
88045455--88045510	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
88045558--88045605	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88048575--88048700	39	3.2	39	91	0	189	28	29	19	22	1.98
88048537--88048700	78	2.1	78	80	5	181	27	29	21	21	1.98
88052287--88052530	49	4.9	49	80	5	240	27	16	25	30	1.97
88052289--88052517	100	2.3	97	85	7	293	27	17	25	30	1.97
88056996--88057125	40	3.2	40	81	4	156	24	29	23	22	1.99
88064896--88064920	12	2.1	12	100	0	50	40	24	8	28	1.83
88066608--88066698	37	2.4	37	87	8	139	26	31	18	23	1.97
88066747--88067655	49	18.7	49	92	2	1377	29	30	8	30	1.88
88076005--88076050	20	2.3	20	96	0	83	10	23	43	21	1.84
88077651--88077789	50	2.8	48	79	8	138	30	22	18	28	1.97
88086590--88086690	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
88094361--88094461	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
88103416--88103849	48	9.4	48	81	10	510	28	26	19	25	1.98
88103416--88108024	144	33.5	140	68	15	1434	30	25	17	26	1.98
88103416--88108022	96	49.8	96	68	15	1359	30	25	17	26	1.98
88103846--88104128	48	5.9	48	82	0	332	31	25	16	26	1.96
88104196--88104669	48	9.9	48	85	0	606	29	27	18	24	1.98
88104741--88104975	48	4.9	48	83	2	292	29	24	17	28	1.97
88105048--88108024	48	63.9	48	73	11	1693	30	25	18	26	1.98
88105479--88105631	76	2.0	77	84	1	200	32	26	16	24	1.96
88105431--88105671	124	1.9	124	83	0	311	31	25	16	25	1.96
88105383--88105721	172	2.0	172	84	0	444	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88105335--88106201	220	3.8	220	76	9	601	30	24	18	25	1.98
88105905--88106160	133	1.9	133	87	0	377	29	26	17	26	1.98
88105857--88106210	181	2.0	181	82	3	444	30	25	18	25	1.98
88107520--88107581	29	2.2	28	85	2	79	35	30	9	24	1.87
88107473--88107618	77	1.9	77	81	2	177	32	26	14	26	1.94
88107377--88107718	173	2.0	173	84	2	445	30	24	17	27	1.98
88107329--88108013	221	3.0	220	78	9	601	29	24	18	27	1.98
88109656--88109689	10	3.4	10	100	0	68	50	20	8	20	1.75
88111620--88111766	64	2.2	66	81	8	163	31	17	29	21	1.96
88111644--88111766	64	1.9	66	84	5	169	28	17	30	22	1.97
88116008--88116179	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
88116032--88116215	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
88117290--88117320	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
88123389--88123452	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
88123665--88123811	24	6.2	24	86	3	208	27	19	21	31	1.98
88123667--88123810	47	3.1	47	85	6	202	27	19	22	30	1.98
88123661--88123812	71	2.1	71	90	2	232	26	20	21	31	1.98
88123861--88123927	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
88123861--88123916	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
88123964--88124011	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
88127924--88128090	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
88127924--88128090	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88128916--88128961	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
88131312--88131433	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
88131535--88131798	49	5.4	49	96	0	456	29	33	9	28	1.88
88135096--88135433	29	11.7	29	98	0	631	23	31	17	27	1.97
88137525--88137646	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
88137747--88138009	49	5.4	49	96	0	456	29	32	9	28	1.88
88141734--88141943	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
88149879--88150088	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
88154126--88154195	33	2.1	33	100	0	140	45	17	12	24	1.83
88156924--88156961	15	2.5	15	95	0	67	55	18	5	21	1.62
88158758--88158792	15	2.3	15	90	0	52	37	0	0	62	0.95
88164758--88164805	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
88164849--88164907	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
88164958--88165052	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
88164959--88165052	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
88165244--88165406	38	4.4	38	85	11	241	38	16	22	22	1.93
88165268--88165383	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
88165244--88165383	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
88172497--88172597	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
88180450--88180550	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
88184282--88184382	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
88188048--88188095	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88188138--88188197	20	3.0	20	87	0	93	38	11	18	31	1.87
88188248--88188342	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
88188249--88188342	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
88188534--88188694	38	4.4	38	85	11	237	38	16	22	22	1.93
88188558--88188673	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
88188534--88188673	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
88190996--88191095	29	3.5	29	86	1	130	26	18	29	27	1.98
88192851--88192882	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
88194209--88194308	29	3.5	29	79	6	114	25	18	30	27	1.98
88195992--88196093	29	3.6	29	84	4	118	26	29	18	25	1.98
88196996--88197085	33	2.7	33	92	0	153	31	10	23	35	1.88
88200480--88200565	29	3.0	28	83	3	109	27	26	16	29	1.97
88200623--88200658	17	2.1	18	89	5	56	19	36	22	22	1.95
88202068--88202101	15	2.2	16	89	5	52	11	5	32	50	1.63
88206883--88206972	42	2.1	42	82	8	103	30	24	16	28	1.97
88206923--88207422	48	10.6	48	84	6	635	28	25	19	27	1.98
88209527--88209652	49	2.6	49	87	3	164	23	27	20	28	1.99
88209693--88209840	48	3.1	46	78	7	163	25	27	18	29	1.98
88209709--88209849	48	3.0	48	80	2	169	25	29	18	26	1.98
88210176--88210250	30	2.5	29	89	6	114	34	24	10	30	1.89
88215466--88215540	37	2.0	37	100	0	150	34	18	16	30	1.93
88223011--88223095	40	2.1	40	86	4	118	25	21	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88229516--88229665	40	3.8	40	85	3	194	27	22	26	24	1.99
88242354--88242436	37	2.2	37	91	0	130	20	32	22	24	1.98
88242541--88243295	47	15.3	47	79	13	682	27	30	10	31	1.89
88242591--88242669	25	3.3	25	64	16	67	29	30	7	32	1.85
88242797--88242834	18	2.1	18	100	0	76	28	39	10	21	1.86
88242750--88242881	65	2.0	65	95	0	237	28	32	10	28	1.90
88242703--88243274	112	5.0	112	71	17	435	28	30	10	31	1.90
88242656--88243274	159	4.0	157	81	11	746	28	30	10	31	1.90
88242609--88243227	206	3.0	206	84	9	756	27	30	10	31	1.90
88243072--88243199	65	2.0	65	93	0	220	28	28	10	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438