Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  35  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8539381--8539405
8
3.1
8
100
0
50
24
0
0
76
0.80
8539408--8539443
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
8541274--8541597
46
7.0
46
90
2
445
41
13
23
22
1.89
8541878--8541910
17
2.0
17
94
5
59
51
0
12
36
1.39
8542631--8542743
54
2.1
54
83
0
136
18
30
21
30
1.97
8550178--8550282
54
1.9
54
86
0
147
19
30
20
29
1.97
8550296--8550366
20
3.5
20
73
22
67
49
1
7
42
1.38
8553044--8553072
8
3.8
8
95
4
51
55
0
0
44
0.99
8555370--8555396
3
9.0
3
100
0
54
66
0
33
0
0.92
8558418--8558452
3
11.7
3
100
0
70
34
0
0
65
0.93
8561107--8561173
34
2.0
34
90
0
107
19
32
13
34
1.91
8577704--8577912
45
4.7
45
79
6
201
22
22
15
40
1.91
8577704--8577912
89
2.3
88
80
10
212
22
22
15
40
1.91
8579917--8579968
3
17.3
3
100
0
104
32
0
0
67
0.91
8580735--8580773
20
2.0
19
90
5
60
30
5
0
64
1.15
8589050--8589097
21
2.2
23
81
7
55
39
4
2
54
1.32
8589599--8589667
34
2.0
34
97
0
129
49
4
2
43
1.37
8595602--8595750
33
4.5
32
72
12
104
27
24
16
30
1.97
8595908--8595948
19
2.1
20
86
4
57
48
4
0
46
1.23
8599653--8600014
46
7.8
46
74
15
325
21
20
29
27
1.98
8599654--8600006
93
3.8
93
93
0
609
21
20
29
27
1.98
8603311--8603373
31
2.0
31
100
0
126
31
4
12
50
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8603444--8603472
14
2.0
15
93
6
51
20
6
17
55
1.65
8603642--8603759
31
3.8
31
93
0
191
27
20
27
24
1.99
8603784--8603948
47
3.7
46
84
6
169
28
15
26
29
1.96
8603878--8603992
42
2.7
43
87
4
162
31
14
26
27
1.95
8610652--8610695
16
2.8
16
96
0
79
68
0
2
29
1.02
8610904--8611010
41
2.7
40
82
5
126
34
22
20
22
1.97
8614173--8614201
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
8614939--8614996
22
2.8
21
82
10
66
56
10
17
15
1.66
8614956--8615009
21
2.5
22
81
3
65
57
14
16
11
1.65
8615282--8615319
17
2.2
17
100
0
76
50
5
23
21
1.69
8616462--8616511
17
2.9
17
70
18
50
44
0
16
40
1.47
8616462--8616527
31
2.0
34
82
11
84
40
0
19
39
1.52
8621714--8621746
13
2.6
13
90
4
50
63
3
21
12
1.41
8623884--8623917
11
3.0
11
91
4
50
61
0
0
38
0.96
8624617--8624647
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
8625350--8625438
9
9.7
9
70
9
63
37
1
1
60
1.11
8631709--8631761
22
2.5
23
79
14
60
11
11
1
75
1.13
8632727--8632755
11
2.7
11
94
5
51
37
17
13
31
1.89
8633138--8633180
17
2.6
17
82
10
54
69
2
0
27
1.00
8636894--8636920
12
2.2
12
100
0
54
7
14
29
48
1.71
8636974--8637535
114
4.9
113
81
2
473
32
19
20
27
1.97
8636986--8637443
227
2.0
227
80
1
515
32
19
20
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8638104--8638146
15
2.9
14
82
3
50
20
0
37
41
1.53
8638111--8638178
14
4.8
14
76
8
57
20
0
32
47
1.51
8638134--8638192
28
2.1
28
80
0
64
25
0
23
50
1.49
8638218--8638244
7
3.9
7
100
0
54
14
0
44
40
1.46
8638549--8638606
7
8.4
7
78
3
55
15
0
36
48
1.45
8638868--8638911
7
6.3
7
83
0
52
9
0
50
40
1.34
8638877--8638916
21
1.9
21
89
0
62
12
0
45
42
1.42
8639865--8639932
35
1.9
35
96
0
127
22
16
20
41
1.90
8643423--8643527
53
2.1
49
83
7
129
44
5
3
45
1.45
8649064--8649110
20
2.3
21
88
7
78
21
21
57
0
1.41
8652858--8652896
5
7.6
5
83
16
53
41
0
0
58
0.98
8655421--8655503
26
3.2
25
93
5
139
33
4
25
36
1.77
8660232--8660317
46
1.9
45
88
4
129
30
29
19
20
1.97
8662627--8662794
46
3.6
44
79
16
155
29
18
27
24
1.98
8667260--8667598
3
114.0
3
71
13
157
29
7
2
60
1.37
8667482--8667541
29
2.0
31
83
6
79
33
6
0
60
1.23
8667489--8667553
29
2.2
29
80
0
76
33
7
1
56
1.37
8667569--8667610
20
2.2
19
86
4
57
26
16
4
52
1.63
8667871--8667898
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
8670236--8670273
2
19.0
2
88
0
58
44
0
5
50
1.24
8670587--8670629
2
21.5
2
100
0
86
48
0
0
51
1.00
8673927--8673954
6
4.7
6
100
0
56
32
0
17
50
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8675356--8675477
59
2.0
60
82
4
149
50
9
15
25
1.73
8675896--8675924
12
2.5
12
94
5
51
68
0
0
31
0.89
8676465--8676492
14
2.0
14
100
0
56
28
14
14
42
1.84
8676639--8676663
6
4.2
6
100
0
50
0
64
0
36
0.94
8678642--8678686
23
2.0
23
82
8
56
44
11
6
37
1.66
8682957--8682999
18
2.6
16
79
13
50
48
0
0
51
1.00
8682962--8683004
18
2.4
18
92
0
68
48
0
2
48
1.14
8684267--8684343
36
2.2
35
83
6
93
29
10
12
46
1.76
8684830--8684898
20
3.5
20
74
20
56
50
1
2
44
1.25
8684849--8684882
17
1.9
18
88
5
52
50
0
2
47
1.16
8684847--8684898
22
2.2
24
83
6
63
51
1
1
44
1.23
8685419--8685467
25
2.0
25
88
8
73
46
2
2
48
1.25
8686584--8686623
3
13.0
3
84
5
53
32
5
0
62
1.17
8686655--8686714
26
2.3
27
80
13
72
35
0
3
61
1.12
8686669--8686724
26
2.0
26
83
10
67
33
1
1
62
1.16
8686804--8686849
23
2.0
24
83
12
60
28
13
4
54
1.57
8686835--8686887
21
2.4
21
84
15
63
28
11
0
60
1.31
8699473--8699606
71
1.9
71
87
3
198
32
16
21
29
1.95
8699382--8699757
160
2.4
157
95
1
662
28
17
22
32
1.96
8699786--8700154
203
1.8
201
86
7
541
26
16
18
37
1.93
8699909--8700065
58
2.8
56
89
6
246
29
15
17
37
1.90
8700119--8700321
73
2.8
72
82
4
248
26
15
24
33
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8700255--8700655
138
2.9
138
93
1
648
26
17
20
35
1.94
8702315--8702376
26
2.3
27
81
13
74
35
0
3
61
1.12
8702324--8702424
37
2.7
37
76
4
105
31
2
3
61
1.29
8702467--8702512
23
2.0
24
83
12
60
28
13
4
54
1.57
8702498--8702550
21
2.4
21
84
15
63
28
11
0
60
1.31
8708970--8709042
34
2.1
34
82
5
85
38
21
19
20
1.94
8714919--8714954
17
2.1
17
89
0
54
88
0
11
0
0.50
8714919--8714951
7
5.0
7
96
3
52
90
0
9
0
0.44
8718577--8718619
19
2.3
19
88
4
61
32
0
6
60
1.23
8721331--8721368
17
2.1
19
90
9
62
60
10
2
26
1.43
8721673--8721716
23
2.0
23
86
13
65
45
4
6
43
1.51
8722978--8723043
33
2.0
33
93
0
114
31
4
18
45
1.69
8723211--8723249
16
2.4
16
100
0
78
30
5
23
41
1.76
8726273--8726383
27
4.1
26
87
5
123
37
23
21
17
1.93
8726277--8726387
54
2.1
54
86
3
152
37
22
22
17
1.94
8727999--8728100
26
3.9
26
94
0
177
37
24
4
33
1.77
8730075--8730127
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
8731610--8731717
26
4.2
26
93
0
189
36
24
7
32
1.83
8737395--8737447
26
2.0
26
85
7
72
26
13
22
37
1.91
8738932--8739089
26
6.1
26
90
0
253
34
22
7
34
1.83
8738932--8739089
52
3.0
52
95
0
280
34
22
7
34
1.83
8745056--8745227
93
1.8
93
90
2
274
27
28
20
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8745049--8745222
46
3.8
45
80
10
190
28
27
20
22
1.99
8745099--8745242
46
3.1
45
71
17
125
29
27
20
22
1.98
8748710--8748884
46
3.8
46
75
13
187
30
29
19
20
1.97
8748717--8748889
93
1.9
93
95
0
310
29
30
19
20
1.97
8750552--8750590
18
2.2
18
100
0
78
28
20
10
41
1.85
8752571--8752662
46
2.0
46
95
0
166
29
29
3
38
1.73
8753286--8753400
33
3.5
33
84
1
124
28
23
14
33
1.94
8753317--8753456
65
2.1
66
82
3
167
30
21
12
35
1.90
8753317--8753456
33
4.3
33
84
1
165
30
21
12
35
1.90
8753928--8754246
126
2.5
124
82
5
401
36
19
18
26
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438