genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  176  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54268561--54268820	130	2.0	130	100	0	520	22	18	23	36	1.95
54279242--54279311	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
54287165--54287234	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
54294077--54294133	20	2.9	19	74	12	53	45	15	1	36	1.57
54306370--54306395	10	2.6	10	100	0	52	34	0	23	42	1.54
54306570--54306608	19	2.1	18	85	4	51	12	20	2	64	1.40
54307326--54307382	8	7.1	8	79	0	69	50	10	26	12	1.72
54307322--54307390	24	2.9	24	83	12	97	53	10	24	11	1.68
54307439--54307657	73	3.0	73	93	1	350	29	22	28	19	1.98
54307927--54307980	27	2.0	27	85	0	72	37	18	18	25	1.94
54307969--54308078	27	4.1	27	81	6	125	28	15	17	39	1.90
54315216--54315399	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
54315256--54315444	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
54322506--54322689	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
54322546--54322734	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
54331677--54331747	34	2.1	34	92	5	117	36	0	23	39	1.55
54331687--54331744	15	3.6	15	79	20	64	32	0	25	41	1.56
54331711--54332007	48	6.2	48	90	0	434	36	6	26	31	1.82
54332052--54332159	37	2.9	37	91	0	162	23	18	31	26	1.97
54334711--54334741	16	1.9	16	93	0	53	51	16	16	16	1.77
54334964--54335024	29	2.1	28	88	8	88	31	13	26	29	1.93
54334981--54335049	28	2.4	29	85	2	86	28	14	28	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54338137--54338344	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
54338137--54338342	80	2.6	81	82	4	231	25	25	23	25	2.00
54340898--54340944	17	2.8	17	80	3	51	55	12	10	21	1.67
54344669--54344844	46	3.8	45	78	12	187	21	20	28	30	1.98
54346191--54346312	47	2.6	48	80	7	135	27	28	18	26	1.98
54346191--54346400	46	4.5	46	78	9	160	25	30	18	25	1.98
54356707--54356920	47	4.6	47	75	15	142	24	30	18	26	1.98
54356701--54356924	46	4.8	46	77	11	172	24	30	18	26	1.98
54359328--54359365	18	2.2	17	90	4	58	71	2	0	26	1.00
54374529--54374695	40	4.2	40	79	2	167	25	27	21	25	1.99
54377373--54377537	87	1.9	85	85	2	222	29	24	17	27	1.97
54377886--54377952	35	1.9	35	93	0	116	50	13	1	34	1.51
54377898--54377955	19	3.2	19	68	22	61	51	10	1	36	1.46
54380254--54380285	15	2.1	16	94	5	57	59	15	12	12	1.61
54390938--54391039	40	2.5	40	87	3	134	19	28	25	26	1.99
54393172--54393327	30	5.5	29	88	8	214	33	14	26	26	1.94
54393172--54393327	58	2.8	54	87	7	206	33	14	26	26	1.94
54401063--54401223	59	2.7	58	92	1	250	35	14	24	25	1.93
54401063--54401223	88	1.8	88	91	0	268	35	14	24	25	1.93
54401063--54401223	29	5.5	29	92	2	250	35	14	24	25	1.93
54407176--54407346	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
54409565--54409602	20	1.9	20	88	0	58	34	7	5	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54417655--54417879	95	2.3	98	84	6	289	22	30	20	27	1.98
54417655--54417890	50	4.8	49	79	10	259	23	29	19	27	1.98
54419616--54419782	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
54427612--54427779	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
54427628--54427777	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
54431743--54431811	34	2.0	34	100	0	138	36	11	26	26	1.90
54433621--54433646	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
54435685--54435717	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
54436559--54436597	17	2.2	18	86	13	55	38	2	12	46	1.56
54438753--54438784	17	1.9	16	93	6	55	62	0	9	28	1.26
54442629--54442703	27	2.8	28	82	8	75	17	24	22	36	1.95
54448309--54448346	16	2.3	17	86	4	51	2	13	7	76	1.11
54449642--54449707	28	2.4	28	87	5	100	21	21	22	34	1.96
54450082--54450153	36	2.0	36	97	0	135	33	9	8	48	1.66
54453973--54454045	3	24.7	3	83	8	96	35	0	2	61	1.10
54456306--54456364	20	3.0	20	94	0	100	35	11	0	52	1.38
54462349--54462411	28	2.2	28	97	0	117	17	23	36	22	1.95
54463945--54463977	16	2.1	16	100	0	66	42	0	15	42	1.46
54471416--54471483	26	2.6	26	80	0	82	25	30	17	26	1.97
54478511--54478561	25	2.1	24	88	3	75	19	23	19	37	1.94
54490528--54490556	9	3.2	9	100	0	58	44	20	10	24	1.82
54499043--54499202	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54499043--54499202	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
54506813--54506972	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
54506813--54506972	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
54509039--54509084	20	2.2	20	84	3	56	45	13	4	36	1.63
54514337--54514385	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
54515207--54515357	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
54518521--54518662	40	3.6	39	81	4	117	28	21	27	22	1.99
54518556--54518685	40	3.3	40	80	5	149	24	21	26	26	1.99
54525581--54525629	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
54526449--54526599	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
54526485--54526615	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
54528543--54528710	40	4.2	40	77	1	149	22	27	23	26	1.99
54528559--54528708	80	1.9	80	83	8	198	20	27	24	27	1.99
54541801--54541932	47	2.8	48	87	1	185	31	29	17	21	1.96
54548877--54549098	40	5.6	40	90	1	331	24	25	22	27	2.00
54554910--54555072	43	3.7	43	75	8	143	26	21	19	33	1.97
54556244--54556276	15	2.3	15	89	5	50	30	6	3	60	1.36
54559044--54559069	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
54560530--54560701	40	4.3	40	83	5	215	26	26	22	25	2.00
54560530--54560701	80	2.2	79	87	5	240	26	26	22	25	2.00
54562940--54563149	40	5.4	39	89	7	313	25	27	23	23	2.00
54570937--54571113	40	4.5	40	92	4	272	24	28	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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54582306--54582433	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
54583247--54583296	23	2.2	23	96	0	91	32	16	16	36	1.90
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54587953--54588139	50	3.7	50	80	7	175	25	17	28	28	1.98
54589608--54589649	12	3.8	11	82	17	52	45	11	0	42	1.41
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54589879--54589921	22	2.0	22	86	9	61	30	2	20	46	1.63
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54601369--54601539	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
54603757--54603794	20	1.9	20	88	0	58	34	7	5	52	1.53
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54610876--54611187	80	3.9	80	87	5	386	24	30	23	21	1.99
54610872--54611187	120	2.7	120	85	6	403	25	30	22	21	1.99
54613630--54613757	48	2.7	48	88	2	186	29	25	8	36	1.86
54617338--54617649	40	7.8	40	84	4	341	24	30	23	21	1.99
54617338--54617649	80	3.9	80	87	5	386	24	30	23	21	1.99
54617334--54617649	120	2.7	120	85	6	403	25	30	22	21	1.99
54620088--54620215	48	2.7	48	88	2	186	29	25	8	36	1.86
54623797--54624065	40	6.8	39	87	4	328	23	30	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54623794--54624065	80	3.4	80	91	2	399	23	30	23	21	1.99
54623790--54624065	120	2.3	118	88	3	392	24	30	23	21	1.99
54623849--54624103	40	6.5	38	82	9	193	23	30	23	22	1.99
54626541--54626668	48	2.7	48	88	2	186	29	25	8	36	1.86
54631095--54631432	48	7.0	48	97	0	622	31	26	6	36	1.81
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54639027--54639370	47	7.3	47	93	0	589	33	9	29	27	1.88
54644605--54644658	23	2.3	23	100	0	108	24	7	48	20	1.75
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54653297--54653362	3	21.7	3	90	3	69	65	9	0	25	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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