genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23746789--23747065	27	10.3	27	77	9	210	39	17	8	33	1.81
23746797--23747104	81	3.8	81	80	8	220	38	19	8	33	1.82
23746864--23747102	27	8.9	27	76	8	94	39	18	8	33	1.82
23747085--23747146	27	2.3	27	80	5	72	37	17	19	25	1.94
23747465--23747527	32	2.0	32	90	0	99	22	23	19	34	1.96
23747667--23747739	31	2.4	31	88	0	101	17	19	13	49	1.80
23747723--23747809	6	14.3	6	81	11	106	17	18	16	48	1.82
23747705--23747777	19	3.6	19	72	16	65	16	20	13	49	1.79
23747689--23747800	43	2.6	43	89	0	161	16	20	15	47	1.83
23752760--23752805	19	2.4	19	96	0	83	8	30	36	23	1.85
23760406--23760463	27	2.1	28	96	3	109	27	22	6	43	1.79
23761707--23761745	19	2.1	19	100	0	78	30	30	10	28	1.90
23772590--23772646	27	2.1	27	100	0	114	35	3	17	43	1.66
23774162--23774200	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
23779910--23779952	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
23784980--23785017	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
23791752--23791811	31	2.0	31	84	12	81	30	21	1	46	1.61
23793332--23793407	37	2.1	37	100	0	152	42	23	10	23	1.85
23806498--23806700	40	5.1	40	87	2	266	22	21	28	27	1.99
23812939--23813051	53	2.1	53	98	0	217	24	8	18	47	1.77
23814657--23814860	40	5.1	39	85	4	255	23	21	28	26	1.99
23828098--23828314	45	4.9	45	85	5	291	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23832427--23832485	30	2.0	30	93	0	100	25	22	16	35	1.95
23832677--23832819	24	6.0	24	88	8	213	28	21	20	29	1.98
23832851--23832896	20	2.3	20	96	3	85	34	19	10	34	1.87
23840422--23840480	30	1.9	31	89	3	93	25	22	15	37	1.93
23840549--23840621	24	3.0	24	92	6	112	27	21	20	30	1.98
23840670--23840716	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
23846270--23846299	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
23847441--23847470	16	1.9	15	93	6	51	63	3	0	33	1.11
23856856--23857053	40	4.9	40	90	3	267	27	21	25	25	1.99
23856856--23857081	40	5.7	40	87	4	264	26	21	26	25	1.99
23864938--23865090	39	4.0	38	89	7	213	25	21	26	26	2.00
23864938--23865090	77	2.0	77	87	10	224	25	21	26	26	2.00
23872999--23873196	40	4.9	40	90	3	267	26	21	26	26	1.99
23872999--23873224	80	2.8	80	83	9	250	25	21	26	26	1.99
23872999--23873257	80	3.2	80	82	10	239	26	21	26	25	1.99
23872999--23873231	120	1.9	120	80	8	269	26	21	26	26	1.99
23877527--23877595	21	3.3	21	89	0	102	17	30	31	20	1.95
23883001--23883262	40	6.6	40	90	1	384	26	25	21	26	1.99
23903486--23903677	40	4.8	40	89	1	285	26	26	22	24	2.00
23903488--23903677	81	2.3	81	91	0	299	25	26	23	24	2.00
23907144--23907172	13	2.1	14	93	6	51	13	0	10	75	1.04
23920852--23920928	37	2.1	37	92	0	127	22	33	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23921046--23922000	47	20.3	47	94	0	1617	28	29	9	32	1.88
23921096--23921174	25	3.3	25	66	10	65	30	29	6	34	1.82
23926464--23926635	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
23926456--23926631	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
23929014--23929101	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
23929014--23929092	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
23929025--23929101	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
23932044--23932215	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
23932036--23932211	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
23934140--23934298	84	1.9	84	84	5	214	32	28	16	23	1.96
23934145--23934311	43	3.9	44	82	9	188	32	28	16	22	1.96
23939074--23939216	27	5.3	27	81	3	153	44	18	17	19	1.88
23939206--23939332	27	4.8	26	77	12	116	25	15	22	36	1.94
23939206--23939333	53	2.4	55	78	11	140	25	16	21	35	1.94
23944030--23944054	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23945979--23946141	39	4.2	39	90	3	247	23	31	20	23	1.98
23953284--23953446	39	4.2	39	93	0	272	24	32	20	22	1.98
23961249--23961437	39	4.8	40	87	2	208	24	32	21	22	1.98
23961284--23961445	39	4.2	39	90	2	254	24	33	19	22	1.97
23961292--23961444	77	2.0	79	92	2	256	22	33	20	24	1.97
23966010--23966038	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
23967964--23968126	39	4.2	39	88	0	245	26	30	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23970826--23970978	43	3.6	43	80	7	161	30	27	18	24	1.98
23970860--23970993	43	3.2	43	77	11	141	32	26	16	24	1.96
23972465--23972609	37	3.9	37	93	0	245	24	32	19	23	1.97
23972654--23973036	48	8.0	48	90	0	595	31	25	7	35	1.84
23973015--23973059	15	3.1	14	87	6	54	48	24	0	26	1.51
23973014--23973059	23	2.0	23	100	0	92	47	26	0	26	1.52
23972918--23973154	119	2.0	119	99	0	465	33	25	5	35	1.80
23973037--23973154	48	2.5	48	84	0	164	33	25	5	35	1.80
23972968--23973107	71	2.0	71	85	0	190	35	25	5	35	1.78
23977526--23977708	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
23985534--23985716	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
23993549--23993731	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
23996718--23996888	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
23996710--23996890	46	3.9	46	80	9	224	28	29	20	20	1.98
24001858--24001923	24	2.8	24	81	2	80	56	6	3	34	1.40
24008052--24008179	37	3.4	37	97	1	238	25	32	18	23	1.97
24008218--24008417	48	4.2	48	96	0	364	32	28	6	33	1.81
24008389--24008625	49	4.1	59	71	15	192	32	27	8	32	1.87
24008330--24008575	123	2.0	123	98	0	474	32	27	8	32	1.87
24008532--24008820	49	5.9	49	93	3	501	29	26	8	34	1.87
24008532--24008822	96	3.0	96	93	3	501	29	27	8	34	1.87
24008532--24008820	145	2.0	146	93	2	499	29	26	8	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24012642--24012896	55	4.8	53	79	8	252	36	17	24	21	1.95
24012649--24012849	108	1.8	110	89	4	318	33	17	25	22	1.96
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24046184--24046237	10	5.7	10	80	12	60	25	35	1	37	1.67
24046184--24046237	9	5.8	9	84	4	54	25	35	1	37	1.67
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24068027--24068090	32	2.0	32	96	0	119	48	14	12	25	1.78
24071514--24071588	25	3.0	24	77	9	62	22	8	4	65	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24074617--24074674	16	3.4	16	69	17	53	58	6	1	32	1.35
24074601--24074674	36	2.1	36	100	0	148	59	5	2	32	1.34
24074601--24074661	20	3.2	20	68	17	67	59	3	3	34	1.30
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24087412--24087487	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
24087056--24087523	94	5.0	94	92	0	765	32	11	29	26	1.92
24087686--24087837	37	4.1	37	91	0	232	22	19	31	26	1.98
24092514--24093270	47	16.3	47	91	2	1201	33	9	29	28	1.88
24092823--24092901	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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