genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  111  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32194789--32194828	20	2.0	20	90	9	64	55	2	0	42	1.13
32194813--32194860	18	2.8	16	81	12	51	60	2	2	35	1.20
32194839--32194888	21	2.4	22	84	15	63	56	2	0	42	1.11
32195323--32195364	20	2.1	20	86	8	59	66	0	0	33	0.92
32204227--32204353	46	2.7	48	87	6	170	23	29	20	26	1.99
32206158--32206235	41	1.9	41	94	0	138	21	21	30	25	1.98
32213472--32213594	61	2.0	61	96	0	228	21	22	14	40	1.90
32217625--32217792	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
32217641--32217790	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
32219554--32219849	50	5.9	50	80	2	290	26	17	27	29	1.98
32219605--32219786	101	1.8	101	95	0	328	25	19	26	28	1.99
32223011--32223039	7	4.1	7	100	0	58	82	0	17	0	0.66
32227576--32227739	40	4.1	40	78	6	170	25	22	28	24	2.00
32235564--32235661	40	2.5	40	89	3	144	25	22	28	23	1.99
32235599--32235706	40	2.8	40	83	5	114	28	25	25	20	1.99
32240217--32240380	40	4.1	40	78	6	170	25	22	28	24	2.00
32244945--32245154	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
32253293--32253372	28	2.8	28	73	17	83	27	22	26	23	2.00
32259570--32259622	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
32261085--32261220	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
32265371--32265423	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
32266887--32267022	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32267229--32267266	18	2.1	18	100	0	76	55	10	10	23	1.65
32268479--32268512	15	2.2	16	89	5	52	67	0	11	20	1.21
32268991--32269021	16	1.9	16	93	0	53	70	0	12	16	1.16
32273451--32273507	8	7.1	8	79	15	55	36	24	10	28	1.88
32277935--32278052	43	2.8	41	79	14	123	30	23	19	26	1.98
32279352--32279387	12	3.0	12	95	0	63	2	50	22	25	1.63
32282513--32282663	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
32282550--32282679	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
32290511--32290661	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
32290548--32290677	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
32295718--32295750	12	2.8	12	90	0	57	0	36	27	36	1.57
32308339--32308386	20	2.3	22	82	13	57	45	2	0	52	1.12
32309875--32309985	33	3.4	33	87	2	152	17	8	31	43	1.78
32309873--32310025	66	2.3	67	79	7	168	16	7	33	41	1.78
32309888--32310008	33	3.7	33	85	2	100	19	9	30	40	1.83
32310172--32310212	20	2.0	20	85	0	55	24	4	14	56	1.58
32316879--32316980	40	2.5	40	85	0	123	23	25	28	22	1.99
32326062--32326245	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
32326102--32326290	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
32329378--32329403	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
32329917--32329951	13	2.7	13	86	0	52	31	22	37	8	1.85
32330416--32330525	43	2.6	42	82	4	132	33	22	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32330417--32330565	43	3.5	42	80	6	124	31	24	17	26	1.97
32333150--32333220	34	2.1	34	94	0	124	39	11	15	33	1.83
32335826--32335898	32	2.2	34	86	13	100	28	28	0	42	1.56
32338741--32338810	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
32346605--32346674	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
32350859--32350918	26	2.3	26	97	0	111	31	26	13	28	1.94
32350906--32350982	27	2.9	27	82	0	91	27	18	18	36	1.94
32350953--32351269	27	11.5	27	78	8	291	34	9	17	38	1.82
32350975--32351189	115	1.9	116	84	2	290	35	7	18	38	1.80
32351092--32351269	53	3.3	54	80	2	189	34	9	18	37	1.83
32351086--32351270	80	2.3	80	85	0	244	35	9	17	37	1.83
32351580--32351651	28	2.6	28	97	0	135	23	40	16	19	1.91
32357109--32357431	48	6.7	48	78	3	319	28	20	27	23	1.99
32357099--32357431	96	3.4	96	91	0	513	28	19	27	24	1.99
32357099--32357433	144	2.3	145	81	6	383	28	19	27	24	1.99
32365811--32365847	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
32375030--32375733	352	2.0	352	93	0	1212	36	21	12	29	1.90
32379976--32380160	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
32379977--32380168	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
32391782--32391932	40	3.8	40	83	6	139	23	27	24	25	2.00
32391801--32391983	79	2.3	81	83	7	223	23	27	24	24	2.00
32393806--32393989	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32393846--32394034	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
32401892--32402075	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
32401932--32402120	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
32417348--32417377	16	1.9	15	93	6	51	50	0	3	46	1.18
32417443--32417489	24	2.0	24	100	0	94	34	21	21	23	1.97
32419925--32419959	13	2.7	13	100	0	70	45	28	0	25	1.54
32422253--32422428	46	3.8	45	77	11	178	21	19	28	31	1.97
32422249--32422420	93	1.8	93	90	2	274	20	19	29	30	1.97
32430971--32431117	29	5.1	29	78	6	122	26	29	14	29	1.95
32430970--32431105	58	2.4	57	80	8	152	25	31	15	27	1.96
32431962--32432016	26	2.1	26	100	0	110	61	3	20	14	1.47
32432049--32432093	23	2.0	23	82	4	56	26	8	35	28	1.87
32436223--32436306	44	1.9	44	90	0	132	39	21	11	27	1.88
32444496--32444658	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
32452024--32452186	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
32469232--32469391	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
32469232--32469391	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
32478680--32478889	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
32486815--32487024	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
32495598--32495623	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
32498747--32498869	42	2.9	43	85	2	160	21	29	21	27	1.99
32505879--32506034	43	3.7	42	80	6	154	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32505879--32506034	85	1.8	85	84	10	212	26	18	24	30	1.98
32515397--32515481	24	3.5	24	96	0	161	21	17	24	36	1.94
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32523660--32523684	9	2.8	9	100	0	50	24	24	0	52	1.48
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32534441--32534690	54	4.6	54	89	2	376	28	22	8	40	1.83
32534590--32534777	27	7.0	27	78	2	72	35	21	7	34	1.83
32534441--32534691	81	3.1	80	83	6	344	29	22	8	39	1.83
32534684--32534807	54	2.3	54	88	0	176	42	19	7	30	1.78
32534677--32534838	81	2.0	81	84	4	211	40	18	10	30	1.84
32534677--32534807	27	4.9	27	80	1	138	41	19	7	31	1.79
32534790--32534849	27	2.3	27	88	5	88	41	16	15	26	1.88
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32538665--32538915	27	9.3	27	83	8	287	28	22	8	40	1.84
32538665--32538914	54	4.6	54	88	2	376	28	22	8	40	1.84
32538676--32539004	27	12.2	27	77	2	77	31	22	8	37	1.84
32538665--32538915	81	3.1	80	84	6	353	28	22	8	40	1.84
32538703--32538950	81	3.1	81	81	5	189	30	22	8	38	1.85
32538908--32539031	54	2.3	54	91	0	194	42	20	7	29	1.79
32538901--32539031	27	4.9	27	83	1	156	41	20	7	29	1.80
32539014--32539075	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
32538908--32539058	54	2.8	52	81	9	151	41	20	9	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32538901--32539061	81	2.0	81	86	4	227	40	19	9	29	1.84
32539704--32539772	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
32542347--32542455	47	2.3	47	88	0	164	32	8	32	27	1.86
32545963--32546096	66	2.0	68	97	2	254	30	5	8	54	1.55
32556206--32556270	26	2.7	24	79	11	69	50	6	9	33	1.59
32556290--32556380	25	3.8	24	76	15	89	61	4	3	30	1.31
32556292--32556394	25	4.3	23	77	18	86	60	3	3	32	1.33
32556487--32556527	3	14.0	3	80	14	50	65	0	0	34	0.93
32556583--32556644	14	4.2	14	76	14	54	61	3	4	30	1.33
32556564--32556645	39	2.0	42	82	15	102	59	4	4	30	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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