genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  279  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87244742--87244915	91	1.9	93	83	7	228	26	19	30	23	1.98
87248952--87249119	40	4.2	40	80	3	194	24	21	27	26	1.99
87251088--87251291	80	2.5	80	87	6	288	21	24	28	25	1.99
87251088--87251270	40	4.6	40	93	1	296	21	24	28	25	1.99
87258896--87258926	13	2.3	14	94	5	55	32	12	22	32	1.92
87259205--87259414	40	5.4	40	86	7	265	23	22	28	25	1.99
87259205--87259401	76	2.5	77	84	9	258	22	22	28	26	1.99
87264859--87265107	27	9.2	27	85	6	326	27	22	9	40	1.85
87264870--87265198	27	12.2	27	81	1	102	31	23	8	36	1.85
87264859--87265108	54	4.6	54	93	0	419	27	23	9	40	1.85
87264978--87265144	81	2.1	81	81	2	192	31	24	8	35	1.85
87265102--87265255	27	5.7	27	83	0	209	39	20	7	31	1.81
87265095--87265255	81	2.0	81	87	0	232	39	20	8	32	1.82
87265102--87265252	54	2.8	54	92	0	248	40	21	7	31	1.80
87267944--87268062	22	5.1	22	63	25	66	33	13	28	24	1.93
87267962--87268087	25	5.3	25	66	24	92	34	11	26	26	1.91
87267919--87268112	47	4.1	47	94	0	316	34	10	28	26	1.90
87277797--87277827	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
87278971--87279294	132	2.5	131	77	10	302	31	17	16	34	1.92
87280359--87280389	15	2.1	15	100	0	62	45	12	0	41	1.42
87281951--87281996	21	2.1	22	84	4	58	50	2	19	28	1.60
87282932--87282961	9	3.3	9	100	0	60	20	0	10	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87282932--87282969	18	2.1	18	90	0	58	26	0	7	65	1.19
87284346--87284387	3	14.0	3	94	0	75	66	2	0	30	1.04
87284489--87284533	22	2.2	20	84	8	54	55	2	26	15	1.52
87291612--87291651	20	2.0	20	85	9	55	60	0	20	20	1.37
87295716--87295763	26	1.9	25	83	8	62	50	4	16	29	1.64
87309318--87309367	18	2.8	17	90	6	64	42	16	4	38	1.66
87310516--87310544	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
87313536--87313568	15	2.2	15	94	0	57	24	15	24	36	1.93
87315247--87315421	48	3.6	48	88	0	251	24	15	31	28	1.95
87315247--87315506	96	2.8	96	81	4	291	26	16	28	28	1.97
87315248--87315506	48	5.5	47	75	11	219	26	16	28	28	1.97
87317488--87317534	20	2.3	20	88	0	76	46	10	8	34	1.69
87317887--87317919	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
87321016--87321085	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
87329228--87329304	23	3.1	26	70	12	81	44	2	0	53	1.14
87329247--87329304	11	5.4	11	75	21	52	43	3	0	53	1.17
87330999--87331067	3	23.0	3	100	0	138	33	0	0	66	0.92
87337292--87337345	24	2.3	24	84	9	67	37	0	3	59	1.15
87352116--87352215	40	2.5	38	83	12	121	25	27	28	20	1.99
87352157--87352238	36	2.2	38	82	12	98	21	28	28	21	1.99
87360998--87361060	20	3.2	20	90	0	72	30	11	12	46	1.77
87361012--87361060	20	2.5	20	100	0	98	32	10	12	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87364648--87364699	20	2.6	20	93	0	86	23	32	32	11	1.90
87368526--87368550	12	2.1	12	100	0	50	16	12	24	48	1.79
87369256--87369437	80	2.3	80	82	0	211	21	25	23	28	1.99
87369242--87369437	40	4.9	40	81	1	178	21	26	23	29	1.99
87372600--87372631	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
87382080--87382145	23	2.7	24	82	17	91	39	21	7	31	1.81
87386569--87386846	48	5.9	48	78	8	237	27	26	20	26	1.99
87394676--87394747	21	3.5	21	75	3	74	40	0	2	56	1.13
87399353--87399406	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
87399582--87399615	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
87401065--87401186	62	2.0	62	98	0	235	46	7	13	31	1.71
87404979--87405003	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
87408813--87409518	111	6.4	111	76	11	532	38	15	20	26	1.92
87408815--87409518	38	19.2	37	78	9	549	38	15	20	26	1.92
87408813--87409485	149	4.6	147	77	10	394	37	15	20	26	1.92
87409430--87409530	35	2.9	35	88	2	141	44	15	18	20	1.87
87421866--87421929	23	2.9	23	90	9	98	21	20	43	14	1.87
87422911--87422991	7	11.6	7	79	0	81	45	37	0	17	1.48
87423403--87424370	140	7.0	140	88	5	1148	31	23	18	25	1.97
87423277--87424367	266	4.0	270	86	4	1229	31	23	18	26	1.97
87423649--87424370	140	5.1	140	94	0	1149	31	23	19	25	1.98
87423649--87424370	281	2.6	279	92	1	1149	31	23	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87424608--87424632	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
87427334--87427421	28	3.1	28	62	18	65	29	7	22	39	1.83
87427311--87427426	56	2.1	56	96	0	214	30	7	21	40	1.81
87430282--87430424	39	3.7	39	88	2	225	26	20	30	22	1.99
87430283--87430438	77	2.0	79	91	2	253	25	20	30	24	1.99
87432993--87433159	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
87433009--87433157	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
87440948--87441077	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
87440964--87441115	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
87440964--87441113	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
87445537--87445603	28	2.4	28	87	7	93	29	25	23	20	1.99
87445724--87445775	26	2.0	26	88	0	77	36	23	23	17	1.95
87446074--87446296	27	8.3	27	73	17	110	30	8	21	39	1.83
87446074--87446296	54	4.1	53	80	10	238	30	8	21	39	1.83
87446074--87446296	81	2.8	81	80	5	272	30	8	21	39	1.83
87453520--87453580	24	2.5	24	81	0	68	24	16	29	29	1.96
87457552--87457705	43	3.6	43	80	10	140	24	16	25	33	1.96
87466282--87466382	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
87474350--87474388	20	2.0	20	89	0	60	35	12	2	48	1.55
87479330--87479362	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
87488849--87488932	24	3.5	24	95	0	141	34	1	38	26	1.64
87488845--87488945	24	4.2	24	90	0	139	34	1	38	24	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87490126--87490205	27	3.0	27	80	7	99	21	25	20	33	1.97
87490838--87490903	27	2.4	27	75	9	71	24	25	15	34	1.94
87489499--87491264	701	2.5	707	94	1	3197	28	15	26	29	1.96
87491262--87491368	54	2.0	53	90	1	169	18	24	21	35	1.96
87491268--87491368	27	3.8	26	87	6	139	18	24	20	35	1.95
87497764--87497981	40	5.5	40	92	2	343	24	28	23	23	2.00
87498934--87499005	35	2.0	35	89	5	108	31	38	6	22	1.81
87505173--87505234	31	2.0	30	93	3	106	30	30	9	29	1.89
87506084--87506300	40	5.5	40	91	3	334	24	28	23	23	1.99
87506084--87506304	79	2.8	79	89	4	331	24	28	22	24	2.00
87509360--87509460	24	4.2	24	89	0	139	33	2	38	24	1.71
87510644--87510749	54	2.0	53	88	1	158	20	23	19	35	1.96
87510641--87510751	27	4.2	26	81	7	125	19	23	21	35	1.96
87520137--87520176	10	3.4	12	80	19	57	52	0	47	0	1.00
87520137--87520178	12	3.5	13	78	21	56	52	0	47	0	1.00
87530717--87530819	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
87538733--87538835	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
87554677--87554902	48	4.8	48	75	10	207	27	23	20	27	1.99
87555072--87555127	28	2.0	28	100	0	112	35	25	7	32	1.83
87556398--87556481	29	2.9	29	82	7	91	38	11	22	27	1.89
87559033--87559089	30	1.9	30	89	7	89	42	7	26	24	1.80
87559559--87559716	43	3.7	43	81	1	165	22	17	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87559686--87559785	51	2.0	51	87	0	146	23	19	27	31	1.98
87569221--87569352	31	4.3	31	92	0	194	29	13	25	31	1.94
87577554--87577759	40	5.2	40	94	0	333	28	25	23	22	1.99
87579138--87579163	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
87580909--87581094	40	4.7	40	84	5	209	25	23	26	24	2.00
87586042--87586089	24	2.0	24	95	0	87	33	31	4	31	1.77
87590711--87590767	29	2.0	29	96	0	105	42	17	15	24	1.88
87592924--87593053	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
87592924--87593087	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
87599036--87599219	40	4.7	40	79	9	200	27	27	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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