genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  195  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60559705--60559750	20	2.3	20	84	0	56	47	4	13	34	1.62
60563176--60563213	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
60568969--60568993	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
60572557--60572625	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
60572802--60573083	141	2.0	141	100	0	564	15	14	36	33	1.89
60576449--60576495	19	2.6	18	80	19	53	10	17	42	29	1.82
60576713--60576764	27	1.9	27	96	0	95	44	21	5	28	1.75
60578082--60578253	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
60578074--60578249	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
60580631--60580719	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
60580631--60580710	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
60580642--60580719	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
60583663--60583834	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
60583655--60583830	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
60586525--60586557	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
60590515--60590631	44	2.6	44	85	5	146	27	19	30	22	1.98
60590508--60590631	46	2.8	45	83	4	153	26	20	30	22	1.98
60590556--60590668	44	2.5	43	83	9	129	24	17	31	25	1.97
60592861--60592961	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
60592861--60593043	40	4.6	40	81	3	172	27	21	26	24	1.99
60598788--60598890	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
60606580--60606682	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60611988--60612051	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
60612243--60612409	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
60612242--60612409	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
60612459--60612519	20	3.0	20	90	0	95	32	21	9	36	1.86
60617052--60617077	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60617783--60617935	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
60624580--60624731	40	3.8	40	78	5	146	21	26	24	27	1.99
60624580--60624729	80	1.9	80	83	5	196	21	26	24	27	1.99
60629004--60629156	40	3.8	40	77	9	134	23	24	27	24	2.00
60636733--60636855	49	2.5	49	80	5	142	23	26	20	29	1.99
60646969--60647353	49	7.9	49	96	0	702	32	8	29	29	1.86
60647448--60647530	37	2.2	37	97	0	157	24	18	34	22	1.96
60649353--60649504	40	3.8	40	95	0	259	26	20	27	25	1.99
60653325--60653438	35	3.1	36	91	8	176	28	10	28	31	1.90
60653403--60653641	49	4.9	49	96	1	437	33	8	28	29	1.86
60653356--60653657	98	3.2	97	86	9	426	32	7	28	31	1.86
60653736--60653818	37	2.2	37	97	0	157	24	18	34	22	1.96
60655643--60655794	40	3.8	40	95	0	259	26	20	27	25	1.99
60659570--60659906	49	6.9	49	97	0	631	32	8	29	29	1.87
60660001--60660083	37	2.2	37	97	0	157	24	18	34	22	1.96
60667294--60667416	46	2.6	46	82	7	133	22	28	19	29	1.98
60669970--60670031	26	2.3	26	83	2	70	37	27	9	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60670135--60670221	27	3.3	26	87	4	93	19	22	21	35	1.96
60677757--60677818	26	2.3	27	81	10	74	35	25	12	25	1.92
60677922--60678008	27	3.3	26	83	4	111	19	21	21	36	1.95
60679843--60679924	42	2.0	42	85	9	114	71	0	23	4	1.04
60679837--60679912	23	3.5	23	66	23	56	72	0	22	5	1.04
60682077--60682224	80	1.8	79	87	5	217	25	22	25	25	2.00
60682077--60682244	40	4.2	39	84	6	187	23	22	27	26	2.00
60682077--60682244	80	2.1	79	84	4	212	23	22	27	26	2.00
60687947--60688103	47	3.3	47	86	0	215	36	22	12	28	1.91
60688148--60688187	20	2.0	20	90	0	62	40	17	0	42	1.49
60689888--60690101	48	4.7	48	73	13	202	29	18	24	27	1.98
60689935--60690005	36	2.0	36	91	0	115	32	19	23	23	1.98
60689888--60690042	84	1.8	84	92	0	265	31	20	23	24	1.98
60697301--60697365	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
60697471--60697560	28	3.2	27	86	10	112	18	24	23	33	1.97
60697481--60697571	27	3.2	28	83	10	89	20	26	19	32	1.97
60697471--60697585	55	2.1	56	81	14	132	18	24	21	35	1.95
60698648--60698681	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
60715387--60715451	28	2.3	28	89	5	96	33	27	7	30	1.85
60715577--60715671	27	3.5	28	80	5	97	17	24	20	37	1.93
60715557--60715671	55	2.1	56	82	11	139	19	24	20	35	1.95
60718788--60719019	49	4.7	49	79	6	243	29	27	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60720462--60720497	17	2.1	17	100	0	72	11	0	22	66	1.22
60723384--60723409	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60725358--60725440	43	1.9	43	82	2	103	25	30	16	27	1.97
60730665--60730832	40	4.2	39	80	5	160	25	26	22	25	2.00
60730665--60730832	80	2.1	80	83	5	207	25	26	22	25	2.00
60733371--60733667	47	6.3	47	94	0	477	28	30	9	31	1.88
60734989--60735034	24	1.9	24	82	8	58	36	23	15	23	1.93
60738311--60738362	26	2.0	26	100	0	104	23	23	15	38	1.92
60741096--60741271	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
60741092--60741263	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
60745825--60745992	40	4.2	40	81	2	187	25	26	22	25	2.00
60745816--60745992	80	2.2	80	82	5	207	25	26	22	25	2.00
60755734--60755759	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60759273--60759324	15	3.5	15	72	0	59	28	7	13	50	1.69
60759279--60759340	30	2.1	30	100	0	124	32	9	16	41	1.80
60766012--60766043	16	2.1	15	94	5	55	37	0	9	53	1.34
60769188--60769236	22	2.2	22	82	7	55	40	8	2	48	1.44
60781639--60781730	43	2.1	41	77	11	94	25	41	0	33	1.56
60782901--60782925	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
60783522--60783753	119	2.0	118	83	4	297	40	11	9	39	1.73
60783849--60783885	11	2.9	13	80	19	51	51	2	0	45	1.15
60783946--60783973	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60788487--60788647	54	2.9	53	83	5	187	24	27	15	32	1.95
60791332--60791362	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
60791370--60791444	29	2.6	29	85	4	98	25	30	16	28	1.96
60793900--60794087	49	3.8	49	86	2	268	28	25	19	26	1.99
60793900--60794092	100	1.9	100	95	0	350	28	25	20	25	1.99
60795760--60795896	71	2.0	68	84	9	179	40	3	4	51	1.39
60797359--60797399	15	2.7	15	80	0	55	24	4	0	70	1.06
60798534--60798574	3	13.7	3	94	0	73	31	0	36	31	1.58
60801699--60801810	37	3.1	37	76	14	99	41	2	4	51	1.36
60804951--60805004	24	2.3	22	81	15	56	35	0	5	59	1.21
60807293--60807331	16	2.5	16	91	4	62	12	10	7	69	1.37
60815479--60815520	23	1.9	23	85	9	61	57	2	0	40	1.12
60815810--60815885	3	24.7	3	84	10	100	64	1	0	34	1.02
60816057--60816372	3	103.3	3	70	18	192	59	3	4	32	1.34
60816254--60816428	18	10.1	16	71	17	54	62	2	2	31	1.24
60818386--60818841	72	6.2	72	85	4	554	34	17	15	32	1.91
60818386--60818841	149	3.1	144	85	6	580	34	17	15	32	1.91
60818330--60818819	221	2.2	223	88	1	714	32	19	16	32	1.94
60830880--60830913	2	17.5	2	87	6	52	55	0	0	44	0.99
60830876--60830911	17	2.1	17	90	10	56	58	0	0	41	0.98
60831004--60831047	12	3.6	12	81	3	52	56	0	6	36	1.26
60831213--60831747	3	174.7	3	66	21	183	59	3	5	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60838730--60838801	36	2.0	37	88	2	110	13	12	36	37	1.83
60838733--60838820	37	2.4	37	78	3	88	15	12	35	36	1.86
60852873--60852946	24	3.4	24	75	17	81	35	2	0	62	1.10
60852876--60852954	17	5.3	15	72	22	60	35	2	0	62	1.09
60852873--60852946	21	3.4	22	75	17	75	35	2	0	62	1.10
60852976--60853033	26	2.2	27	78	3	64	29	1	1	67	1.11
60859622--60859808	96	1.9	96	91	2	304	36	17	33	12	1.88
60865144--60865318	96	1.8	96	87	2	262	40	16	32	10	1.83
60867020--60867194	96	1.8	96	86	2	253	39	17	32	10	1.84
60881749--60881780	15	2.1	15	100	0	64	12	12	56	18	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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