genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.360.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  360  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112349536--112349678	64	2.2	64	80	10	148	26	3	5	64	1.32
112349645--112349681	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
112349530--112349672	63	2.3	63	80	15	161	25	3	5	65	1.31
112349653--112349683	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
112349975--112350038	3	20.7	3	76	17	51	28	3	1	67	1.15
112349969--112350039	18	4.0	18	72	18	60	26	2	2	67	1.18
112349972--112350041	10	6.7	10	72	15	61	28	2	1	67	1.14
112364535--112364617	41	2.0	42	97	2	159	44	7	21	26	1.78
112383586--112383692	43	2.5	43	83	1	135	24	18	25	31	1.98
112385863--112386034	46	3.7	46	74	13	181	22	20	27	29	1.99
112389768--112389977	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
112397905--112398114	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
112404908--112405076	45	3.7	45	77	16	186	21	21	27	28	1.99
112404905--112405073	92	1.8	92	92	2	286	21	21	28	27	1.99
112407803--112407848	19	2.4	19	92	0	74	13	32	36	17	1.88
112409614--112409661	21	2.3	20	79	10	53	22	12	18	45	1.83
112411392--112411649	47	5.5	46	70	14	152	26	19	29	24	1.99
112411340--112411657	94	3.4	93	78	4	318	26	20	30	23	1.99
112412423--112412549	55	2.3	55	83	5	150	20	28	29	22	1.98
112417679--112417853	46	3.8	46	78	13	187	29	29	20	20	1.98
112417686--112417857	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	20	1.98
112418478--112418529	25	2.1	25	100	0	104	34	13	19	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112421876--112422138	47	5.6	46	73	16	193	22	28	19	29	1.98
112421874--112422188	94	3.4	93	78	11	324	21	27	20	30	1.98
112421874--112422188	47	6.7	46	71	16	163	21	27	20	30	1.98
112424446--112424614	47	3.6	46	73	12	155	24	21	30	23	1.99
112424446--112424657	94	2.3	91	83	4	246	25	20	30	24	1.99
112425472--112425595	55	2.3	55	80	8	137	20	27	29	23	1.99
112428361--112428471	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
112428475--112428656	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
112431358--112431458	40	2.5	40	79	9	107	24	25	22	26	2.00
112432122--112432389	40	6.7	40	94	0	430	25	28	21	25	1.99
112434946--112435056	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
112435060--112435241	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
112440092--112440161	35	2.0	35	97	0	131	25	20	12	41	1.88
112441213--112441674	27	17.2	26	84	5	523	41	20	17	19	1.90
112441216--112441644	107	4.0	107	86	5	546	42	21	16	19	1.89
112448242--112448612	50	7.7	50	75	7	275	29	18	26	25	1.98
112448245--112448614	95	3.9	96	78	6	315	30	18	26	24	1.98
112448293--112448617	145	2.2	146	82	5	381	29	18	26	24	1.98
112451212--112451258	23	2.0	23	100	0	94	17	8	21	53	1.70
112452282--112452378	50	1.9	50	100	0	194	24	12	26	36	1.91
112460472--112460598	27	4.7	27	81	7	143	37	20	18	24	1.94
112460473--112460618	54	2.7	53	81	5	168	37	19	17	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112460472--112460618	27	5.5	26	81	3	141	37	19	17	25	1.93
112468000--112468140	27	5.3	27	83	5	169	37	19	18	24	1.94
112468000--112468136	53	2.6	54	87	2	188	37	18	18	24	1.93
112468854--112468917	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
112468879--112468938	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
112481464--112481653	40	4.7	41	88	2	276	25	26	23	24	2.00
112481464--112481654	81	2.4	81	90	0	292	25	27	23	24	2.00
112488352--112488532	40	4.6	40	86	2	249	25	29	20	24	1.99
112492271--112492308	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
112503376--112503604	83	2.7	84	81	4	239	38	13	20	27	1.90
112503396--112503614	111	2.0	112	83	2	280	38	12	21	27	1.89
112503354--112503620	28	9.6	28	82	0	239	38	14	20	26	1.91
112508135--112508232	24	4.0	24	90	1	151	36	5	37	20	1.75
112516059--112516180	24	5.0	24	90	1	181	37	4	36	21	1.73
112516118--112516183	12	5.5	12	70	0	51	39	7	34	18	1.79
112517762--112517842	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
112517762--112517854	32	2.8	31	73	9	78	25	20	25	27	1.99
112521869--112521910	20	2.1	20	82	8	50	11	19	11	57	1.65
112532302--112532330	14	2.1	14	100	0	58	37	27	20	13	1.91
112540869--112540948	39	2.1	39	97	0	151	23	26	23	26	2.00
112545489--112545647	55	2.9	54	82	7	198	22	25	16	35	1.94
112545471--112545654	54	3.4	54	81	6	221	21	23	16	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112545633--112545754	47	2.6	47	97	0	226	25	24	13	36	1.93
112547572--112547739	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
112556424--112556643	40	5.6	40	81	7	236	27	26	21	25	1.99
112556424--112556643	120	1.8	118	86	5	318	27	26	21	25	1.99
112564365--112564583	40	5.6	40	83	6	270	26	26	21	25	2.00
112564365--112564583	119	1.8	118	86	4	316	26	26	21	25	2.00
112566156--112566338	55	3.4	55	80	8	198	22	24	17	35	1.95
112566317--112566437	47	2.6	47	91	0	206	26	23	13	37	1.91
112566301--112566570	47	5.8	45	77	10	147	24	25	16	33	1.96
112571439--112571485	19	2.6	18	87	9	69	27	17	8	46	1.76
112575294--112575515	48	4.7	47	73	14	129	28	18	30	23	1.97
112586001--112586220	39	5.6	39	88	0	314	33	4	17	45	1.68
112586193--112586230	16	2.4	16	86	8	51	39	5	15	39	1.70
112586970--112587106	68	2.0	68	92	0	229	31	10	15	42	1.81
112607259--112607371	39	2.9	39	74	9	113	30	25	19	24	1.98
112621545--112621731	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
112621545--112621698	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
112621549--112621731	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
112621549--112621766	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
112629949--112629989	20	2.0	20	100	0	82	26	4	24	43	1.74
112635369--112635433	15	4.4	15	80	9	80	27	13	1	56	1.46
112635369--112635433	29	2.2	30	83	8	80	27	13	1	56	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112636082--112636122	19	2.2	19	95	0	73	46	0	36	17	1.48
112639763--112639843	27	3.0	27	85	5	101	37	29	16	17	1.91
112640753--112640790	16	2.4	16	95	4	69	63	0	23	13	1.30
112640887--112640924	15	2.6	15	88	12	53	81	0	18	0	0.69
112640893--112640918	9	2.9	9	100	0	52	80	0	19	0	0.71
112641116--112641144	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
112649739--112649802	28	2.3	28	100	0	128	40	10	10	37	1.76
112652178--112652259	42	2.0	42	85	4	112	30	24	15	29	1.96
112654600--112654650	24	2.1	24	100	0	102	31	9	0	58	1.30
112658738--112658768	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
112658735--112658774	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
112659007--112659204	108	1.8	110	83	4	267	23	25	16	34	1.95
112658960--112659215	55	4.8	53	75	10	211	22	25	17	35	1.95
112662771--112662961	39	4.9	39	78	0	184	36	16	31	15	1.90
112666181--112666256	23	3.3	22	82	10	82	19	26	18	35	1.95
112666219--112666268	23	2.2	23	82	7	57	24	24	18	34	1.96
112671962--112672124	39	4.2	39	78	6	186	33	17	33	15	1.92
112680703--112680776	29	2.6	29	91	4	114	25	31	16	27	1.96
112692790--112692884	29	3.3	28	80	5	109	29	32	15	22	1.95
112696692--112697534	451	1.9	445	84	2	1134	30	26	17	25	1.97
112701145--112701275	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
112701144--112701275	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112705391--112705493	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
112709777--112709822	22	2.0	23	84	12	60	58	0	19	21	1.39
112711145--112711326	40	4.6	40	90	2	278	23	20	27	28	1.99
112716257--112716410	42	3.7	41	75	16	154	30	14	25	29	1.95
112716257--112716412	85	1.8	84	85	6	217	30	14	25	29	1.95
112722558--112722708	40	3.8	40	75	13	132	25	23	27	23	2.00
112722595--112722724	40	3.2	40	78	2	145	23	23	27	25	2.00
112730244--112730383	39	3.5	39	92	1	226	20	23	27	28	1.99
112734826--112734937	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
112734826--112734937	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438