genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18091200--18091269	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
18091200--18091281	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
18101800--18101839	18	2.2	19	91	8	66	17	47	25	10	1.78
18114975--18115008	16	2.2	15	89	5	50	20	0	0	79	0.73
18118972--18119181	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
18127107--18127316	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
18132880--18132914	16	2.2	16	89	0	52	8	20	17	54	1.68
18137139--18137252	54	2.1	54	80	6	133	35	19	23	21	1.96
18137139--18137252	27	4.2	28	80	4	119	35	19	23	21	1.96
18137357--18137417	26	2.3	26	88	0	86	26	8	27	37	1.85
18137357--18137430	26	2.8	26	83	0	67	28	6	24	40	1.80
18142069--18142130	23	2.7	23	79	0	79	25	38	17	17	1.92
18145389--18145443	27	2.1	27	83	10	69	34	21	23	20	1.97
18154914--18155063	42	3.5	43	76	8	137	26	20	25	28	1.99
18154914--18155072	43	3.7	43	75	9	137	25	19	25	29	1.98
18157269--18157298	13	2.3	13	94	0	51	46	3	0	50	1.18
18159124--18159172	16	3.1	16	79	2	55	48	0	4	46	1.20
18161542--18161568	9	3.0	9	100	0	54	11	11	11	66	1.45
18163598--18163646	25	1.9	26	84	12	66	42	32	6	18	1.75
18175549--18175582	13	2.5	13	95	4	59	52	0	2	44	1.16
18178839--18178866	13	2.2	13	100	0	56	46	21	0	32	1.52
18182800--18182942	24	6.0	24	88	4	191	27	21	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18182800--18182941	47	3.0	48	88	5	171	27	21	21	28	1.99
18182799--18182942	71	2.0	72	86	4	202	27	21	21	29	1.99
18182993--18183031	20	2.0	20	100	0	78	30	20	10	38	1.86
18183075--18183122	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
18184359--18184887	27	19.6	27	85	3	483	41	9	21	26	1.84
18184360--18184888	81	6.5	81	83	3	645	41	9	21	26	1.85
18184360--18184888	54	9.8	54	85	3	645	41	9	21	26	1.85
18188508--18188717	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
18196645--18196854	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
18201124--18201183	27	2.3	26	82	8	68	31	26	16	25	1.96
18201549--18201606	22	2.6	22	80	0	62	39	24	20	15	1.91
18204750--18204781	15	2.1	15	100	0	64	56	6	0	37	1.25
18208220--18208320	29	3.5	29	84	1	132	22	32	15	28	1.95
18208162--18208320	29	5.5	28	78	6	131	23	34	16	25	1.95
18212049--18212265	67	3.2	66	62	23	153	31	23	18	25	1.98
18212043--18212328	136	2.1	137	96	0	520	32	24	18	24	1.97
18212575--18212627	26	2.0	27	82	7	65	24	15	24	35	1.94
18214114--18214223	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
18216412--18216615	40	5.1	40	84	1	216	27	25	20	25	1.99
18218528--18218633	43	2.5	43	83	6	133	29	24	17	28	1.98
18231481--18231523	21	2.1	21	86	4	61	23	2	23	51	1.60
18234440--18234471	15	2.1	15	100	0	64	34	12	0	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18238432--18238472	18	2.2	19	91	4	66	53	2	0	43	1.13
18240098--18240299	41	4.9	41	92	1	325	30	23	27	18	1.98
18240466--18240550	21	3.9	21	71	17	64	30	1	23	44	1.61
18240473--18240566	46	2.0	46	91	0	152	31	2	23	42	1.66
18240588--18240625	14	2.6	14	91	4	58	18	0	42	39	1.50
18241850--18241939	46	2.0	46	84	8	121	37	2	4	55	1.32
18241877--18241939	23	2.7	23	77	18	85	38	0	6	55	1.25
18247399--18247571	43	4.1	42	79	8	181	27	17	27	27	1.98
18247399--18247571	85	2.0	84	80	8	190	27	17	27	27	1.98
18252557--18252617	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
18263061--18263189	40	3.2	40	79	4	154	23	24	27	24	2.00
18269685--18269849	23	7.0	24	88	6	239	27	21	22	27	1.99
18269706--18269848	47	3.1	47	90	4	227	28	20	22	27	1.99
18269685--18269849	71	2.3	70	90	4	251	27	21	22	27	1.99
18269898--18269964	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
18269898--18269953	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
18270001--18270048	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
18271207--18271290	27	3.1	27	93	3	134	21	25	22	30	1.98
18271356--18271581	27	8.3	27	73	10	120	34	8	19	38	1.82
18271302--18271539	54	4.4	54	70	11	144	31	9	18	39	1.83
18271329--18271554	54	4.1	54	73	6	186	32	8	19	38	1.83
18271532--18271743	27	7.9	27	85	6	252	39	8	24	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18271749--18271838	27	3.3	27	82	3	110	32	11	17	38	1.85
18273050--18273213	40	4.1	40	80	10	185	25	22	26	25	2.00
18273050--18273201	79	1.9	80	82	9	195	25	22	26	25	2.00
18275822--18275908	40	2.2	40	95	0	156	18	26	34	20	1.96
18277366--18277651	64	4.4	64	82	6	254	24	28	15	31	1.96
18278148--18278204	30	1.9	30	85	0	78	28	21	7	43	1.78
18283755--18283802	25	1.9	25	82	0	60	35	22	16	25	1.95
18283850--18283921	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
18283841--18283917	9	7.9	9	71	16	55	35	10	20	33	1.87
18283839--18283921	20	4.2	20	95	0	148	36	13	19	31	1.90
18283975--18284162	24	8.0	24	89	4	251	28	23	22	25	1.99
18283976--18284162	47	4.0	47	86	6	238	28	24	22	25	1.99
18288932--18288979	25	1.9	25	82	0	60	35	22	16	25	1.95
18289027--18289098	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
18289018--18289094	9	7.9	9	71	16	55	35	10	20	33	1.87
18289016--18289098	20	4.2	20	95	0	148	36	13	19	31	1.90
18289153--18289341	24	8.0	24	89	3	260	28	24	22	24	1.99
18289153--18289320	47	3.6	47	88	3	257	29	24	21	25	1.99
18291077--18291392	49	6.5	49	92	2	514	31	8	30	29	1.87
18291084--18291392	96	3.2	96	96	0	555	30	8	31	29	1.87
18291077--18291392	145	2.2	144	93	2	535	31	8	30	29	1.87
18291494--18291615	37	3.3	37	95	0	217	26	19	32	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18293701--18293832	29	4.6	29	98	0	246	25	15	32	26	1.95
18293669--18293832	58	2.8	58	89	3	206	25	16	31	26	1.96
18293669--18293832	87	1.9	87	86	5	233	25	16	31	26	1.96
18297182--18297454	49	5.7	49	89	3	410	31	8	30	30	1.86
18297189--18297448	96	2.7	96	95	1	466	30	8	31	29	1.87
18297183--18297496	145	2.2	145	85	5	404	31	8	29	30	1.87
18297550--18297634	37	2.3	37	93	0	143	24	21	32	21	1.97
18302591--18302654	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
18302848--18303014	24	7.0	24	89	8	252	28	21	20	29	1.98
18303068--18303110	20	2.2	20	100	0	86	32	18	11	37	1.87
18303147--18303194	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
18304434--18304936	27	18.6	27	83	6	581	41	9	21	27	1.83
18304435--18304936	81	6.2	81	86	3	645	41	9	21	27	1.83
18307086--18307211	46	2.7	46	96	0	225	21	21	27	29	1.98
18313115--18313209	43	2.2	43	96	0	172	22	35	27	14	1.93
18314705--18314769	32	2.0	32	100	0	130	30	18	15	35	1.92
18320325--18320509	40	4.7	40	88	6	243	24	22	27	25	2.00
18320325--18320509	79	2.3	81	86	7	254	24	22	27	25	2.00
18320378--18320532	79	2.0	79	84	7	208	25	21	26	26	1.99
18322901--18323085	79	2.3	81	86	9	256	24	22	27	25	2.00
18322902--18323085	40	4.6	39	83	9	230	25	22	27	25	2.00
18322902--18323108	79	2.6	79	84	9	219	26	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18331020--18331203	40	4.7	39	86	8	248	23	22	27	26	2.00
18331020--18331203	79	2.3	80	86	8	252	23	22	27	26	2.00
18331021--18331226	79	2.6	79	84	9	217	25	21	27	25	2.00
18334898--18334952	28	2.0	27	82	10	67	47	7	3	41	1.49
18335333--18335368	18	2.0	18	100	0	72	44	5	16	33	1.71
18336293--18336457	82	2.0	82	97	0	312	39	23	5	32	1.77
18337353--18337451	42	2.3	43	84	10	132	28	28	18	25	1.98
18350274--18350405	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
18352106--18352268	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
18352106--18352299	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
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