genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22239757--22239883	25	5.3	25	66	17	90	29	28	9	32	1.88
22239717--22239903	94	2.0	91	83	8	236	31	27	9	31	1.89
22248917--22249106	38	4.9	38	83	5	186	22	21	25	31	1.98
22248924--22249105	76	2.4	77	82	6	224	22	20	25	30	1.98
22249686--22249718	16	1.9	18	88	11	52	24	9	15	51	1.72
22259644--22259785	38	3.7	38	84	1	176	22	21	23	33	1.98
22261040--22261086	22	2.0	22	84	8	58	21	17	12	48	1.79
22275439--22275625	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
22275462--22275625	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
22275462--22275659	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
22277302--22277368	16	3.9	17	68	27	52	67	2	1	28	1.14
22277470--22277522	23	2.4	22	78	18	56	56	1	0	41	1.10
22278042--22278089	14	3.4	14	80	5	60	56	8	2	33	1.41
22285870--22285988	46	2.6	45	84	8	132	21	28	20	29	1.98
22285773--22286037	140	1.9	141	80	5	313	23	27	19	30	1.98
22285960--22286050	47	1.9	48	82	6	114	24	29	18	27	1.98
22288761--22288848	45	2.0	45	88	0	131	26	11	25	37	1.89
22297585--22297817	39	5.9	39	89	0	313	24	21	32	22	1.98
22299801--22299868	28	2.4	28	85	0	82	29	17	25	27	1.97
22304517--22304726	67	3.2	64	78	8	217	30	14	29	25	1.95
22309788--22309818	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
22310466--22310501	14	2.6	14	100	0	72	25	0	38	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22318174--22318216	17	2.4	17	84	7	50	9	27	44	18	1.80
22319934--22320058	46	2.7	46	91	0	196	20	20	28	30	1.98
22323962--22323988	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
22339073--22339267	39	4.9	39	84	3	176	29	26	23	20	1.99
22339103--22339267	39	4.2	39	86	1	204	27	26	24	21	1.99
22341585--22341830	49	4.9	50	78	4	255	29	25	17	26	1.98
22341647--22341827	100	1.8	101	87	1	274	30	24	18	26	1.98
22354810--22354867	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
22357385--22357466	40	2.0	40	80	2	92	23	19	25	31	1.98
22364531--22364651	44	2.9	39	74	16	100	25	18	23	32	1.97
22365871--22365935	27	2.4	27	92	5	105	21	9	26	43	1.82
22367558--22367595	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
22367937--22368033	48	2.0	48	100	0	194	20	10	20	48	1.78
22370933--22371194	39	6.7	39	90	1	382	30	29	21	19	1.97
22371267--22371339	28	2.6	28	86	0	110	28	23	9	38	1.86
22388685--22388855	85	2.0	85	100	0	342	34	17	21	26	1.95
22388841--22388897	22	2.6	22	100	0	114	21	33	35	10	1.87
22390757--22390820	31	2.1	31	87	0	92	23	20	18	37	1.94
22391013--22391156	24	6.0	24	88	8	213	27	20	20	30	1.98
22391202--22391272	20	3.5	20	90	0	115	32	21	12	33	1.91
22393183--22393296	58	2.0	58	82	5	142	30	25	17	26	1.97
22412811--22412873	25	2.6	23	73	11	63	22	25	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22417405--22417432	9	3.1	9	100	0	56	21	46	0	32	1.52
22421910--22422104	43	4.5	43	95	0	336	11	25	32	31	1.91
22423712--22423750	21	1.9	20	84	5	51	28	23	35	12	1.91
22423996--22424027	13	2.5	13	100	0	64	31	40	28	0	1.57
22424871--22425100	48	4.8	47	77	11	200	25	30	18	26	1.98
22425080--22425159	40	2.0	39	83	11	101	25	27	21	26	1.99
22433126--22433189	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
22433400--22433542	47	3.1	46	93	3	250	29	21	21	27	1.99
22433400--22433542	23	6.1	23	94	3	250	29	21	21	27	1.99
22433594--22433653	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
22433696--22433743	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22438121--22438184	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
22438376--22438583	24	9.0	24	88	8	281	27	22	21	28	1.99
22438389--22438584	91	2.1	92	90	4	306	27	21	21	29	1.99
22438634--22438693	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
22438736--22438783	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22443147--22443210	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
22443423--22443588	23	7.1	23	85	13	216	29	21	20	28	1.98
22443423--22443589	50	3.6	46	82	13	225	29	21	20	28	1.98
22443640--22443699	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
22443742--22443789	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22448144--22448207	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22448399--22448588	24	8.0	24	91	4	287	27	22	22	27	1.99
22448420--22448589	47	3.6	47	94	1	295	27	21	22	28	1.99
22448399--22448589	71	2.7	71	90	4	287	27	21	23	27	1.99
22448639--22448698	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
22448741--22448788	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22451925--22451958	4	8.0	4	93	6	50	70	0	0	29	0.87
22452294--22452321	14	2.0	14	100	0	56	57	7	7	28	1.52
22452334--22452525	64	3.0	64	86	1	233	29	16	16	38	1.90
22453928--22454103	46	3.8	46	75	12	180	22	20	28	28	1.99
22453927--22454096	93	1.8	93	90	0	277	23	20	28	27	1.99
22455485--22455586	45	2.3	44	80	11	109	28	19	24	27	1.99
22455621--22455719	45	2.2	44	84	10	121	25	20	26	28	1.99
22455488--22455787	133	2.3	133	92	1	487	28	20	23	28	1.99
22455666--22455851	87	2.1	89	87	5	263	26	22	22	29	1.99
22455942--22456510	180	3.2	176	83	2	615	29	17	23	29	1.97
22456169--22456264	43	2.2	45	83	3	124	30	13	25	31	1.94
22458539--22458587	25	2.0	25	87	0	71	32	24	16	26	1.96
22458622--22458672	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
22458719--22458791	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
22458718--22458798	24	3.4	24	93	5	137	29	19	22	28	1.98
22459005--22459068	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
22466644--22466700	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22466642--22466712	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
22466653--22466707	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
22466759--22466857	24	4.2	24	94	1	173	29	21	21	28	1.98
22467069--22467132	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
22469210--22469244	14	2.5	15	90	9	56	17	0	0	82	0.66
22469234--22469294	30	2.1	30	84	3	79	32	8	4	54	1.52
22471064--22471118	20	2.7	20	85	5	65	40	0	0	60	0.97
22472054--22472089	17	2.1	17	100	0	72	41	5	22	30	1.76
22490009--22490181	27	6.4	27	88	1	231	36	19	19	23	1.95
22493504--22493555	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
22493552--22493611	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
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22510732--22510759	5	5.6	5	100	0	56	42	0	21	35	1.53
22522640--22522709	29	2.3	30	87	4	97	41	11	10	37	1.75
22527224--22527268	23	2.0	23	82	8	56	37	8	2	51	1.46
22530910--22530943	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22531015--22531066	26	2.0	26	100	0	104	26	7	26	38	1.83
22531369--22531422	21	2.5	22	75	3	56	16	31	35	16	1.92
22543376--22543406	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22545655--22545785	40	3.3	40	80	2	156	24	22	28	25	1.99
22548370--22548480	43	2.6	43	77	4	118	28	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22550227--22550406	64	2.8	63	78	11	197	23	31	17	28	1.97
22568240--22568306	34	2.0	34	90	0	107	28	20	22	28	1.99
22568252--22568334	34	2.4	34	86	4	105	25	24	24	26	2.00
22573873--22574072	41	4.9	40	78	13	176	28	24	15	31	1.96
22573873--22574072	43	4.9	39	78	10	179	28	24	15	31	1.96
22575874--22575898	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
22580625--22580856	48	5.0	48	78	8	219	28	18	23	29	1.98
22594378--22594585	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
22594378--22594583	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
22602329--22602435	40	2.7	40	86	0	151	27	28	22	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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