genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  135  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40186843--40186922	41	2.0	41	85	5	108	17	15	27	40	1.89
40192022--40192065	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
40192225--40192262	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
40193894--40193950	28	2.0	28	100	0	114	45	26	10	17	1.81
40197832--40197869	19	2.0	19	100	0	76	52	10	21	15	1.72
40199944--40200110	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
40199944--40200110	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
40200936--40200981	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
40207951--40208117	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
40207951--40208117	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
40208940--40208985	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
40212039--40212128	42	2.1	43	95	2	164	54	5	25	14	1.62
40218484--40218596	43	2.6	42	83	9	138	26	13	24	35	1.92
40221520--40221576	30	1.9	30	85	0	78	10	24	35	29	1.89
40227886--40227976	47	1.9	47	86	4	130	35	29	13	21	1.92
40233950--40234032	37	2.2	38	86	4	123	20	19	27	32	1.97
40234004--40234127	42	3.0	42	88	4	162	13	22	32	31	1.93
40234100--40234154	27	2.0	27	92	0	92	9	21	36	32	1.85
40234119--40234204	43	2.0	42	93	2	145	10	24	34	30	1.89
40234048--40234196	70	2.2	68	89	6	228	10	21	35	32	1.88
40234124--40234217	42	2.2	43	86	1	136	12	22	36	28	1.91
40235711--40235769	28	2.1	28	96	0	109	38	11	18	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40240775--40240877	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
40248855--40248957	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
40251370--40251415	14	3.2	14	84	9	58	36	15	13	34	1.86
40266987--40267084	37	2.6	37	95	0	169	24	30	20	24	1.98
40267225--40267752	48	11.0	48	95	0	898	31	27	6	35	1.81
40272958--40272995	6	6.5	6	84	6	51	81	0	13	5	0.85
40272959--40272995	17	2.2	17	90	0	56	81	0	13	5	0.86
40274551--40274628	26	3.2	24	76	21	74	71	0	7	20	1.10
40274586--40274640	5	11.2	5	79	11	60	76	0	3	20	0.94
40275090--40275114	13	1.9	13	100	0	50	16	44	24	16	1.86
40289967--40290152	40	4.7	40	96	3	351	24	23	27	24	2.00
40289967--40290185	80	2.8	78	91	5	352	26	22	27	23	2.00
40296723--40296894	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
40296715--40296890	46	3.8	45	80	12	214	28	29	21	20	1.98
40300820--40301046	80	2.9	79	88	3	323	26	22	26	25	2.00
40300820--40301007	40	4.7	40	92	1	324	25	22	27	25	2.00
40306216--40306329	56	2.0	56	82	0	138	49	13	14	22	1.78
40306770--40306797	6	4.7	6	100	0	56	32	17	17	32	1.94
40316423--40316455	2	16.5	2	93	0	57	48	0	51	0	1.00
40318624--40318709	45	1.9	45	100	0	172	34	2	23	39	1.67
40321068--40321164	37	2.6	37	96	0	176	23	29	21	24	1.99
40321305--40321690	48	8.0	48	95	1	657	30	26	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40323398--40323581	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
40323438--40323626	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
40331498--40331681	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
40331538--40331726	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
40336459--40336777	40	8.0	40	92	0	530	27	29	21	21	1.99
40338055--40338157	37	2.8	37	95	0	179	23	32	21	23	1.98
40338297--40338625	48	6.9	48	97	0	577	29	27	6	35	1.83
40347173--40347272	51	2.0	50	94	2	173	28	25	16	31	1.96
40347296--40347359	28	2.3	28	94	0	110	26	25	12	35	1.91
40348983--40349087	53	2.0	53	88	0	156	19	25	19	36	1.95
40352482--40352551	29	2.4	29	83	4	88	27	30	15	27	1.96
40353988--40354185	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
40354054--40354171	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
40354022--40354185	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
40361557--40361754	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
40361623--40361740	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
40361591--40361754	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
40378481--40378524	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
40378572--40378629	25	2.2	26	77	14	66	36	0	5	58	1.20
40380344--40380400	28	2.0	28	100	0	114	45	26	10	17	1.81
40382966--40383003	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
40384626--40384681	28	2.0	28	100	0	112	46	25	10	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40387269--40387306	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
40388932--40389000	28	2.5	28	93	6	115	44	27	8	18	1.79
40390354--40390483	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
40390370--40390521	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
40390370--40390519	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
40394895--40395044	71	2.1	71	89	6	225	39	22	14	23	1.91
40394920--40395163	120	2.0	122	90	4	386	38	22	13	24	1.91
40395044--40395217	71	2.5	68	85	5	208	33	23	14	28	1.94
40403616--40403650	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
40404458--40404552	33	3.0	31	87	7	136	5	5	14	74	1.17
40404457--40404552	31	3.0	32	88	10	142	5	5	14	75	1.16
40406490--40406529	2	20.0	2	89	0	62	45	0	0	55	0.99
40406475--40406514	16	2.5	16	87	0	53	42	2	0	55	1.13
40406703--40406794	30	3.1	29	81	10	105	36	1	1	60	1.11
40406727--40406769	14	2.9	15	79	6	61	39	0	0	60	0.97
40406724--40406794	29	2.4	29	84	13	92	36	0	1	61	1.05
40406703--40406794	31	3.1	29	81	13	98	36	1	1	60	1.11
40407483--40407540	31	1.9	29	86	6	80	6	15	3	74	1.17
40410864--40410898	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
40421306--40421437	54	2.4	54	98	0	255	25	15	21	37	1.93
40421105--40421383	122	2.3	122	86	3	380	25	14	22	37	1.92
40421349--40421758	140	2.9	140	97	0	768	25	17	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40421686--40421977	77	3.9	74	87	5	433	28	17	23	29	1.97
40422003--40422962	72	12.6	75	78	12	469	30	17	19	31	1.95
40422137--40422163	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
40421835--40422918	145	6.9	165	82	10	841	30	17	19	32	1.95
40422062--40422242	92	2.0	89	86	9	253	27	18	19	34	1.95
40422172--40422957	72	10.5	73	85	6	904	31	16	19	32	1.95
40422151--40422957	223	3.6	220	86	6	1043	30	16	19	32	1.94
40423745--40423769	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
40423724--40423821	35	2.8	35	89	4	144	72	19	5	3	1.17
40425825--40425864	20	2.0	20	85	9	55	70	7	5	17	1.30
40426557--40426598	20	2.1	20	100	0	84	19	45	0	35	1.50
40426492--40426693	106	1.9	106	100	0	404	33	23	4	37	1.77
40427565--40427728	45	3.7	45	74	5	129	28	21	15	34	1.94
40427627--40428328	44	15.4	44	69	10	169	30	20	16	32	1.95
40427795--40428106	94	3.4	94	71	13	286	30	20	16	32	1.95
40427702--40428331	183	3.4	182	82	2	674	30	21	16	32	1.95
40427582--40428331	89	8.2	89	70	10	372	30	20	16	32	1.95
40428068--40428332	139	1.9	139	80	4	311	30	21	16	32	1.95
40427702--40428384	366	1.9	366	81	2	843	30	21	16	32	1.95
40428577--40428602	6	4.3	6	100	0	52	19	30	15	34	1.93
40430974--40431178	40	5.1	40	83	4	112	26	25	20	27	1.99
40430993--40431174	80	2.3	80	83	10	237	26	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40439081--40439266	40	4.7	40	85	5	193	26	26	21	25	2.00
40439081--40439265	80	2.3	80	80	9	216	25	26	21	25	2.00
40441685--40441749	30	2.2	30	97	0	121	18	21	36	23	1.95
40442486--40442533	23	2.1	23	84	3	62	50	16	14	18	1.79
40448803--40448936	42	3.1	42	77	14	148	24	13	24	37	1.92
40449775--40449839	32	2.0	33	85	5	89	44	24	16	13	1.85
40450035--40450130	32	3.0	31	78	3	93	32	18	20	28	1.97
40450618--40450679	27	2.3	26	82	17	74	32	16	11	40	1.83
40454005--40454146	73	2.0	72	94	1	248	29	13	19	37	1.90
40459053--40459102	26	1.9	26	100	0	100	42	16	20	22	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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