genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  267  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82893563--82893684	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
82896973--82897004	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
82913617--82913717	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
82913646--82913721	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
82921472--82921572	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
82921501--82921576	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
82930346--82930471	40	3.2	40	79	2	146	23	21	27	27	1.99
82938424--82938593	40	4.2	40	77	4	157	24	21	27	27	1.99
82938428--82938593	80	2.1	80	82	6	194	24	22	27	25	2.00
82942389--82942505	41	3.1	41	60	31	98	31	17	29	21	1.96
82942357--82942519	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
82948689--82948814	39	3.2	39	95	0	216	21	21	30	26	1.98
82948689--82948852	78	2.1	78	83	5	199	21	21	29	26	1.99
82948707--82948884	39	4.6	38	80	6	139	20	21	29	28	1.98
82957209--82958196	494	2.0	494	99	0	1940	33	22	13	30	1.92
82958181--82958569	47	8.3	47	93	0	625	27	29	8	34	1.86
82958491--82958566	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
82972008--82972159	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
82985970--82986099	46	2.8	49	80	12	164	29	26	20	23	1.99
82985972--82986115	46	3.1	45	73	18	136	29	27	20	22	1.98
82993173--82993210	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
82993439--82993609	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82993434--82993606	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
82995048--82995108	30	2.0	30	83	0	77	31	24	6	37	1.81
83004422--83004506	43	2.0	43	100	0	170	49	18	5	25	1.70
83008526--83008624	27	3.7	28	82	11	109	39	20	10	30	1.85
83008620--83008829	81	2.6	81	83	1	260	27	22	9	40	1.84
83008620--83008831	27	7.9	27	85	4	223	27	23	8	40	1.84
83008755--83009057	27	11.3	27	75	6	150	37	18	8	34	1.83
83008735--83008857	54	2.3	54	81	2	122	32	15	9	42	1.80
83008809--83008947	54	2.6	53	82	3	179	38	19	8	33	1.82
83009075--83009152	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
83009954--83010048	26	3.7	26	85	1	129	31	23	17	27	1.97
83010196--83010286	42	2.2	42	94	2	157	27	12	21	38	1.89
83010310--83010388	31	2.5	31	97	0	149	26	18	26	27	1.98
83015020--83015089	27	2.6	27	83	0	86	34	20	24	21	1.97
83020192--83020390	40	5.1	40	90	5	291	23	23	27	25	2.00
83020191--83020380	79	2.4	78	89	5	285	23	23	27	25	2.00
83028166--83028366	40	5.1	40	89	6	286	23	23	27	25	2.00
83028165--83028355	79	2.4	78	88	6	278	23	23	27	25	2.00
83031816--83032025	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
83039947--83040156	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
83044447--83044656	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
83046468--83046510	17	2.5	17	96	0	77	11	25	41	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83046763--83046839	36	2.1	36	95	0	136	24	19	31	24	1.98
83047997--83048033	19	2.0	19	94	5	67	21	5	13	59	1.54
83048015--83048070	27	2.0	28	86	3	78	32	10	10	46	1.73
83049935--83049973	21	1.9	19	85	10	51	23	5	15	56	1.59
83052985--83053145	71	2.3	71	98	0	313	35	17	28	18	1.94
83055361--83055433	18	3.9	18	81	13	78	72	4	16	6	1.22
83055362--83055433	6	11.7	6	72	16	58	73	4	16	5	1.18
83055471--83055504	12	2.8	12	91	8	52	79	0	11	8	0.94
83056209--83056252	22	2.0	22	95	0	79	36	6	9	47	1.62
83058208--83058285	29	2.8	28	84	7	104	21	15	37	25	1.93
83060926--83061117	40	4.8	40	81	9	221	25	28	21	24	1.99
83060900--83061118	79	2.7	78	82	8	237	26	27	21	25	1.99
83061084--83061332	119	2.1	119	98	0	480	36	26	10	25	1.88
83063364--83063475	55	2.0	55	98	0	215	20	3	27	48	1.66
83063378--83063465	27	3.2	27	65	25	76	20	3	30	45	1.67
83065765--83065844	29	2.8	28	88	7	117	23	16	33	26	1.95
83067715--83067961	40	6.2	40	89	3	358	25	21	27	25	2.00
83073286--83073385	45	2.2	45	84	10	123	28	16	32	24	1.96
83074848--83074957	40	2.8	40	84	0	139	23	25	23	27	2.00
83082574--83082723	40	3.8	39	81	7	142	24	26	22	26	2.00
83091324--83091433	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
83100037--83100146	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83106395--83106442	23	2.1	23	100	0	96	39	12	8	39	1.73
83108398--83108451	27	2.0	27	100	0	108	14	37	3	44	1.63
83116980--83117004	12	2.1	12	100	0	50	8	16	16	60	1.58
83127017--83127079	16	3.9	16	91	0	99	38	4	26	30	1.77
83131703--83131767	32	2.0	32	93	0	112	15	23	7	53	1.67
83137439--83137636	67	3.0	66	72	16	187	42	3	4	49	1.40
83137508--83137624	62	1.9	59	89	5	180	43	2	2	51	1.29
83140828--83140943	43	2.7	43	81	2	144	31	24	17	27	1.97
83144060--83144093	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
83145925--83146229	48	6.3	48	92	3	504	35	6	26	31	1.81
83146196--83146256	27	2.2	27	85	2	86	36	0	24	39	1.56
83146100--83146352	125	2.0	123	90	2	409	35	5	27	32	1.79
83146052--83146400	173	2.0	171	93	1	610	34	5	27	31	1.80
83146152--83146297	77	1.9	75	92	2	247	36	4	26	32	1.77
83146229--83146484	48	5.3	48	95	0	467	33	5	29	30	1.81
83146003--83146448	221	2.0	218	92	1	739	34	5	27	31	1.80
83146625--83146732	37	2.9	37	90	0	162	24	21	30	24	1.99
83149170--83149333	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
83149170--83149367	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
83156217--83156380	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
83156217--83156414	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
83161311--83161477	40	4.2	40	82	2	176	23	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83161327--83161477	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	27	1.99
83163711--83163880	40	4.2	40	81	3	173	23	25	21	28	1.99
83171723--83171905	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
83176362--83176421	28	2.1	28	84	0	75	21	18	33	26	1.96
83176735--83177072	27	12.6	27	78	7	287	38	20	10	29	1.87
83176735--83177045	53	5.8	53	80	7	215	38	20	10	29	1.87
83176735--83177072	80	4.2	79	77	9	285	38	20	10	29	1.87
83177026--83177087	27	2.3	27	88	0	97	41	11	11	35	1.77
83181022--83181256	96	2.4	97	85	1	301	25	28	17	28	1.97
83181022--83181250	48	4.7	48	78	4	237	25	29	17	27	1.98
83183392--83183461	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
83183392--83183473	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
83191297--83191366	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
83191297--83191378	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
83193461--83193582	43	2.9	42	86	2	163	32	23	15	27	1.95
83200972--83200998	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
83202890--83202919	15	1.9	16	93	6	53	10	10	0	80	0.92
83202885--83202923	20	1.9	21	85	15	55	7	10	0	82	0.86
83204338--83204391	21	2.6	21	97	2	101	44	0	12	42	1.43
83210332--83210413	24	3.5	22	72	20	67	31	25	30	12	1.92
83212916--83212989	35	2.1	35	97	0	139	40	28	4	27	1.74
83214954--83215044	37	2.4	37	98	1	173	25	31	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83215083--83215281	95	2.1	95	95	1	355	32	28	6	33	1.83
83215084--83215281	47	4.2	48	95	1	355	31	28	6	33	1.83
83215296--83215331	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
83215194--83215438	122	2.0	123	97	0	465	32	26	7	32	1.85
83215147--83215485	170	2.0	167	87	7	488	32	27	7	32	1.85
83215395--83215681	49	5.9	49	92	4	474	29	27	9	34	1.88
83215396--83215683	47	5.9	48	91	5	415	29	27	9	33	1.88
83219444--83219717	40	6.9	40	91	4	385	27	27	20	25	1.99
83219444--83219717	79	3.4	80	90	4	394	27	27	20	25	1.99
83219444--83219717	119	2.3	121	89	4	423	27	27	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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