genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  143  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42794282--42794331	25	2.0	25	84	7	66	40	0	20	40	1.52
42795105--42795136	17	1.9	16	93	6	55	18	18	37	25	1.94
42800214--42800263	25	2.0	25	88	7	75	40	0	22	38	1.54
42805841--42805943	29	3.6	28	78	5	98	30	33	15	21	1.94
42827878--42827936	28	2.0	30	81	12	70	42	1	27	28	1.65
42834922--42835093	93	1.8	93	96	0	317	27	29	20	22	1.99
42834915--42835090	46	3.8	46	79	12	216	28	28	20	21	1.98
42837478--42837518	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
42837480--42837527	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
42840431--42840604	46	3.8	44	80	9	206	28	28	21	21	1.99
42840439--42840608	92	1.8	93	94	1	306	27	28	21	21	1.99
42843002--42843059	29	2.0	29	100	0	116	51	13	13	20	1.75
42843306--42843472	46	3.6	46	84	9	175	25	30	17	26	1.97
42843347--42843519	46	3.7	46	82	6	197	23	29	18	28	1.98
42848930--42849107	43	4.2	43	95	1	313	12	24	32	30	1.92
42848930--42849107	85	2.1	86	94	1	313	12	24	32	30	1.92
42849287--42849369	28	2.9	28	75	7	96	24	20	30	25	1.99
42852757--42852862	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
42852996--42853067	37	1.9	37	91	0	117	23	20	33	22	1.97
42858868--42858996	46	2.8	46	90	0	195	20	21	28	29	1.98
42863432--42863736	49	6.3	49	93	0	465	32	7	30	29	1.86
42865862--42866146	40	7.1	40	91	0	426	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42869740--42870144	49	8.3	49	93	1	647	31	7	30	30	1.85
42874824--42874894	26	2.8	25	89	4	99	26	25	21	26	1.99
42875114--42875177	31	2.1	31	87	0	92	37	14	21	26	1.92
42877146--42877173	14	2.0	14	100	0	56	50	7	14	28	1.69
42878391--42878527	50	2.7	51	85	3	170	25	19	26	28	1.99
42878391--42878573	51	3.6	50	81	3	170	26	16	27	29	1.97
42878458--42878627	51	3.3	51	80	3	155	26	18	27	27	1.98
42890698--42890935	54	4.4	54	84	3	282	22	23	17	36	1.94
42890660--42890941	108	2.6	107	82	2	314	22	23	16	37	1.93
42890914--42891035	47	2.6	47	88	5	192	27	22	11	38	1.89
42893413--42893549	55	2.5	54	82	3	168	23	23	18	35	1.96
42893388--42893550	54	3.0	55	78	7	170	22	23	15	37	1.93
42895785--42895827	19	2.3	18	81	14	52	18	6	18	55	1.64
42899752--42899933	99	1.9	96	86	7	260	24	29	19	26	1.99
42899900--42900019	46	2.7	43	84	6	141	26	31	15	26	1.95
42899752--42900119	94	3.9	94	76	13	275	24	29	18	27	1.98
42906345--42906372	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
42910894--42911068	46	3.8	44	79	14	169	30	28	19	21	1.98
42913438--42913481	14	3.1	14	77	6	52	59	15	13	11	1.62
42913439--42913485	15	3.2	15	81	3	60	57	14	14	12	1.66
42916388--42916563	46	3.8	46	77	10	178	29	27	19	23	1.98
42916396--42916564	93	1.8	93	88	0	257	28	26	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42923653--42923834	40	4.6	40	79	5	165	21	26	24	26	1.99
42931624--42931808	40	4.6	40	80	5	180	22	27	23	26	2.00
42931627--42931808	80	2.3	80	79	11	203	21	27	24	26	1.99
42935822--42935871	25	2.0	25	84	7	66	40	0	20	40	1.52
42936644--42936675	17	1.9	16	93	6	55	18	18	37	25	1.94
42936705--42936730	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
42941890--42941939	25	2.0	25	84	7	66	38	2	22	38	1.65
42945168--42945341	81	2.1	82	93	3	298	26	21	26	25	1.99
42945170--42945316	42	3.6	42	71	14	144	25	20	25	28	1.99
42945212--42945345	40	3.3	40	73	11	121	26	21	26	25	2.00
42951802--42951992	40	4.8	39	77	6	161	23	28	24	24	2.00
42977651--42977823	46	3.7	46	82	6	197	24	28	18	28	1.98
42980458--42980548	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
42980588--42980787	48	4.2	48	96	0	364	31	28	6	34	1.82
42980741--42981185	49	8.4	57	77	13	242	30	27	9	33	1.88
42980803--42980838	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
42980700--42980945	123	2.0	123	98	0	474	31	26	8	32	1.87
42980902--42981187	49	5.9	49	94	2	497	29	27	9	33	1.88
42980604--42981041	219	2.0	216	82	8	521	31	27	8	32	1.86
42980902--42981187	144	2.0	146	93	2	495	29	27	9	33	1.88
42984964--42985106	40	3.6	40	95	1	245	25	27	20	25	1.99
42984962--42985131	80	2.2	79	86	7	238	27	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42984977--42985223	40	6.2	40	84	5	146	27	27	20	24	1.99
42987126--42987213	37	2.4	37	98	1	169	23	32	19	23	1.97
42987267--42987418	48	3.2	48	98	0	286	32	27	6	33	1.83
42987332--42987576	123	2.0	123	98	0	474	32	27	7	32	1.85
42987284--42987623	170	2.0	168	86	6	481	31	27	7	32	1.86
42987533--42987772	100	2.4	99	94	2	414	29	26	9	34	1.87
42987533--42987772	49	4.9	49	94	3	412	29	26	9	34	1.87
42991489--42991590	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
42993581--42993659	41	2.0	39	95	5	140	26	30	17	25	1.97
42993711--42993908	48	4.2	48	95	1	348	32	27	6	33	1.83
42993869--42994013	73	2.0	72	82	8	177	33	26	8	32	1.86
42994028--42994315	144	2.0	146	92	3	481	29	27	9	34	1.87
42994028--42994315	49	5.9	49	92	4	483	29	27	9	34	1.87
42998081--42998223	40	3.6	40	95	1	245	25	27	20	25	1.99
42998081--42998339	40	6.6	40	84	6	235	26	28	19	25	1.99
43000243--43000338	37	2.6	37	100	0	192	23	33	17	25	1.96
43000391--43000542	48	3.2	48	98	0	286	32	27	6	33	1.83
43000488--43000698	57	3.5	57	71	13	190	31	27	8	32	1.87
43000558--43000593	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
43000455--43000700	123	2.0	123	98	0	474	32	26	8	32	1.86
43000657--43000895	97	2.4	99	93	4	405	29	26	9	34	1.87
43000657--43000895	49	4.9	49	93	4	403	29	26	9	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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43020432--43020745	139	2.3	139	99	0	619	27	29	21	20	1.98
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43030139--43030287	54	2.8	54	81	0	190	26	24	8	40	1.83
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43030281--43030414	54	2.5	54	82	2	162	29	20	8	41	1.81
43030187--43030370	92	2.0	92	82	4	228	26	23	8	41	1.83
43030139--43030414	146	1.9	146	86	1	392	28	22	7	40	1.82
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43030295--43030530	81	2.9	80	79	3	179	36	19	8	36	1.81
43030393--43030538	54	2.7	52	81	5	141	39	21	8	30	1.82
43030429--43030534	54	2.0	54	90	1	169	40	19	8	31	1.82
43030435--43030615	53	3.3	53	80	9	170	41	19	8	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43030393--43030617	27	8.3	27	76	10	127	40	20	8	30	1.83
43030674--43030766	27	3.4	27	86	2	116	35	19	24	20	1.96
43032008--43032084	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
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43032006--43032088	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
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43032143--43032308	47	3.5	47	86	6	221	29	22	21	26	1.99
43032143--43032307	70	2.3	71	89	5	253	29	22	21	26	1.99
43032500--43032563	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
43033440--43033533	45	2.0	47	91	4	156	36	13	22	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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