genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  276  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86047267--86047359	48	1.9	48	86	0	132	29	24	22	23	1.99
86051234--86051331	27	3.6	27	69	10	74	37	23	8	30	1.84
86051352--86051380	15	1.9	15	100	0	58	27	20	20	31	1.98
86051349--86051391	15	2.5	17	78	21	54	32	18	20	27	1.96
86051367--86051628	80	3.3	81	91	2	413	36	17	20	25	1.94
86051367--86051631	107	2.5	107	89	1	397	36	17	20	25	1.94
86051367--86051632	27	9.9	27	86	1	338	36	18	20	25	1.94
86052025--86052087	22	2.9	22	92	0	99	20	33	19	26	1.96
86052306--86052372	27	2.5	26	88	4	98	20	20	17	40	1.92
86052490--86052552	6	10.3	6	74	16	58	17	17	14	50	1.78
86053945--86054150	53	3.8	54	76	3	184	18	24	18	37	1.93
86053954--86054150	55	3.7	53	76	3	171	18	24	19	38	1.93
86060038--86060552	174	3.0	174	95	0	899	32	21	17	29	1.96
86066325--86066427	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
86070670--86070755	46	1.9	45	83	4	111	31	30	17	20	1.96
86071168--86071227	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
86078113--86078282	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
86078108--86078279	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
86078110--86078298	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
86078700--86078759	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
86079182--86079269	45	2.0	45	100	0	176	35	6	7	50	1.58
86089522--86089639	40	3.0	40	92	0	191	29	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86093082--86093193	47	2.4	47	82	5	131	29	20	25	24	1.99
86094273--86094332	21	2.9	19	79	16	66	15	33	26	25	1.95
86095242--86095333	48	1.9	48	88	0	139	30	25	19	25	1.98
86100175--86100200	7	3.7	7	100	0	52	11	15	0	73	1.11
86102306--86102365	25	2.4	25	83	10	79	46	3	0	50	1.18
86106902--86107065	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
86106902--86107099	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
86114412--86114598	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
86114435--86114598	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
86114435--86114632	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
86115931--86115955	9	2.8	9	100	0	50	20	24	12	44	1.85
86116104--86116152	24	2.0	24	100	0	98	30	16	8	44	1.76
86126410--86126573	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
86126410--86126607	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
86133947--86134109	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
86133947--86134143	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
86136328--86136398	28	2.5	28	84	4	90	29	25	21	23	1.99
86136300--86136403	33	3.3	33	77	14	110	26	25	23	24	2.00
86136542--86136618	27	2.9	27	80	0	73	33	20	25	19	1.96
86142322--86142452	50	2.8	48	77	14	137	24	30	17	27	1.97
86147965--86148121	40	3.9	40	94	0	260	26	25	22	26	2.00
86152538--86152569	12	2.7	12	95	0	55	25	37	28	9	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86155420--86155586	40	4.2	40	79	2	167	22	26	23	26	2.00
86155436--86155584	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
86162130--86162341	40	5.3	40	96	1	381	27	30	19	22	1.98
86162130--86162341	81	2.7	80	96	1	390	27	30	19	22	1.98
86164224--86164310	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
86164379--86164541	49	3.3	49	96	1	301	30	30	8	31	1.87
86168150--86168420	40	6.8	40	96	0	472	26	29	20	23	1.99
86170304--86170390	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
86170459--86170622	49	3.3	49	96	0	301	30	29	8	31	1.87
86174067--86174326	40	6.5	40	82	7	253	26	28	20	24	1.99
86176419--86176548	40	3.2	40	82	4	165	25	28	23	23	1.99
86179477--86179567	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
86179607--86179806	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
86179798--86180081	47	6.0	47	93	2	469	28	28	8	33	1.87
86179798--86180081	96	3.0	96	96	1	518	28	28	8	33	1.87
86179799--86180080	143	2.0	144	96	1	521	29	28	8	33	1.87
86183695--86183952	39	6.6	40	81	9	237	26	29	19	24	1.99
86183693--86183861	79	2.2	79	85	8	229	27	28	19	24	1.98
86185819--86185909	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
86185949--86186148	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
86186140--86186423	47	5.9	49	91	4	470	29	28	8	33	1.87
86186140--86186421	144	2.0	144	99	0	483	29	28	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86190607--86190808	40	5.0	40	81	7	230	26	25	23	24	2.00
86190607--86190808	83	2.5	80	85	6	248	26	25	23	24	2.00
86192164--86192420	40	6.5	40	88	2	333	25	28	23	22	1.99
86202285--86202321	18	2.1	18	100	0	74	16	10	27	45	1.80
86205105--86205192	46	1.9	46	90	0	140	21	21	27	29	1.99
86208277--86208584	46	6.5	46	75	12	211	27	18	28	24	1.98
86215413--86215457	17	2.7	17	96	3	83	37	0	11	51	1.38
86219807--86219988	40	4.6	40	92	2	296	23	23	26	27	2.00
86222691--86222738	22	2.0	25	84	11	66	58	29	4	8	1.46
86223105--86223326	41	5.3	41	73	11	148	26	17	18	37	1.93
86223209--86223295	44	2.0	44	81	4	104	22	14	20	41	1.89
86232173--86232236	32	2.0	32	90	0	101	42	3	7	46	1.48
86234506--86234654	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
86234547--86234654	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
86237249--86237292	22	2.0	22	90	0	70	34	15	15	34	1.90
86248038--86248068	15	2.1	15	93	0	53	67	0	0	32	0.91
86250424--86250597	48	3.6	48	86	3	244	27	20	25	27	1.99
86250417--86250694	96	3.0	97	77	14	291	28	20	24	27	1.99
86255511--86255582	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
86255729--86255913	48	3.8	48	92	4	309	30	26	7	35	1.83
86255729--86255912	98	1.9	97	93	4	318	30	26	7	35	1.83
86255883--86256076	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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