genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  190  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58908020--58908294	47	5.8	48	75	9	165	25	32	18	24	1.97
58908072--58908198	50	2.6	49	82	1	146	27	30	15	25	1.96
58918914--58919038	43	3.0	42	78	9	128	34	22	13	29	1.92
58919164--58919230	35	1.9	35	81	0	80	47	13	5	32	1.67
58927190--58927333	43	3.3	43	80	5	150	31	24	16	27	1.96
58931976--58932152	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
58939957--58940133	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
58941000--58941176	40	4.4	40	81	4	207	26	26	22	24	2.00
58942061--58942147	40	2.2	40	87	0	129	31	26	18	24	1.98
58942755--58942790	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
58951151--58951267	43	2.7	43	80	4	128	22	18	25	33	1.97
58951167--58951266	42	2.4	42	81	1	110	24	19	25	32	1.98
58954772--58954820	19	2.6	19	81	12	64	18	0	2	79	0.83
58954790--58954839	4	12.5	4	82	16	59	22	2	0	76	0.89
58954790--58954828	13	3.1	13	96	3	71	20	0	0	79	0.73
58961873--58962040	40	4.2	40	76	6	162	25	21	27	25	1.99
58961873--58962040	80	2.1	80	82	5	198	25	21	27	25	1.99
58970175--58970820	44	14.3	44	77	5	452	34	16	18	30	1.93
58970211--58970700	89	5.5	89	81	6	488	35	16	18	30	1.92
58970336--58970440	51	2.0	52	83	1	131	39	12	15	33	1.84
58970208--58970754	133	4.1	133	78	5	526	35	16	17	30	1.92
58972749--58972916	41	4.1	41	78	7	144	29	29	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58972765--58972908	41	3.5	41	83	7	161	29	29	19	21	1.98
58975695--58975737	20	2.1	21	87	8	63	18	0	2	79	0.85
58980950--58980982	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
58982520--58982622	50	2.1	50	96	0	188	29	12	24	33	1.92
58984570--58984608	16	2.4	16	86	4	60	61	5	2	30	1.31
58988303--58988465	40	4.2	40	75	9	156	26	26	20	25	1.99
58988294--58988465	78	2.2	79	81	3	195	26	26	20	25	1.99
58996409--58996576	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
59004508--59004675	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
59007230--59007268	21	1.9	21	85	15	55	41	5	0	53	1.23
59008572--59008827	20	12.9	20	81	0	271	10	27	20	41	1.85
59008793--59008849	20	2.8	20	83	0	60	19	28	12	40	1.87
59019699--59019768	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
59027772--59027841	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
59036217--59036384	40	4.2	40	77	6	144	26	22	26	25	2.00
59036217--59036368	80	1.9	80	83	5	200	26	22	26	24	2.00
59038682--59038831	41	3.7	41	84	1	212	28	28	22	20	1.99
59042122--59042203	28	2.9	28	81	0	101	26	13	30	29	1.94
59050155--59050180	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59060647--59060783	40	3.4	39	87	2	175	25	25	22	26	2.00
59064123--59064289	40	4.2	40	79	2	149	22	27	23	26	2.00
59071830--59072037	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59075591--59075649	26	2.3	26	91	2	93	37	0	6	55	1.26
59076099--59076152	25	2.1	27	82	6	67	37	1	0	61	1.07
59076123--59076159	12	3.2	12	77	14	51	35	0	0	64	0.94
59077188--59077245	10	5.3	11	78	19	50	60	0	0	39	0.97
59077188--59077245	22	2.7	21	73	19	57	60	0	0	39	0.97
59077193--59077238	11	3.9	12	81	10	51	54	0	0	45	0.99
59077186--59077245	23	2.8	21	72	22	61	58	0	0	41	0.98
59077182--59077284	35	2.9	35	81	9	122	53	0	0	46	1.00
59077583--59077633	11	4.7	11	73	4	50	35	3	1	58	1.28
59092515--59092660	37	3.9	37	94	0	238	25	32	19	22	1.97
59093034--59093128	32	3.0	31	84	7	127	74	14	5	5	1.17
59093050--59093134	26	3.0	26	80	14	80	74	14	5	5	1.20
59093325--59093363	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
59093418--59093467	13	3.8	13	80	12	57	74	4	0	22	0.99
59093595--59093651	29	2.0	29	82	6	71	22	10	7	59	1.54
59093894--59093923	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
59095140--59095425	47	6.1	47	88	3	396	27	29	11	31	1.92
59095147--59095426	141	2.0	141	95	0	506	27	30	11	31	1.91
59100765--59101019	39	6.5	39	92	1	395	29	28	22	19	1.98
59103447--59103652	40	5.2	40	83	5	240	27	26	20	25	1.99
59103438--59103652	78	2.7	77	80	9	218	26	26	20	25	1.99
59109006--59109173	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59117003--59117169	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
59124085--59124301	40	5.5	40	89	3	298	24	29	23	22	1.99
59126282--59126320	20	2.0	20	85	10	53	38	5	17	38	1.72
59126726--59126775	21	2.3	23	79	10	59	38	14	10	38	1.79
59129000--59129052	26	2.1	25	92	3	88	35	0	9	54	1.33
59129541--59129601	18	3.0	20	81	13	56	32	1	0	65	1.02
59129561--59129603	22	1.9	23	90	4	70	37	2	0	60	1.10
59130590--59130652	21	3.0	20	72	20	58	55	1	0	42	1.09
59132191--59132266	31	2.5	31	86	4	100	19	28	34	17	1.94
59134972--59135012	19	2.2	19	95	0	73	39	7	19	34	1.80
59148520--59148688	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
59156552--59156660	36	2.9	37	87	6	141	23	27	22	25	2.00
59156521--59156660	36	3.7	36	82	8	138	24	27	22	25	2.00
59163852--59163952	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
59166145--59166319	50	3.5	50	82	4	185	25	17	28	29	1.97
59172506--59172681	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
59172502--59172673	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
59177248--59177401	42	3.6	42	85	3	211	31	16	22	29	1.96
59181435--59181500	27	2.4	27	82	5	80	19	25	16	37	1.93
59181455--59181527	27	2.7	28	81	10	80	21	23	16	38	1.93
59186092--59186167	25	3.0	25	98	0	143	34	15	17	32	1.91
59191058--59191230	46	3.7	46	79	13	210	20	20	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59191052--59191223	93	1.8	93	94	0	308	20	21	29	27	1.98
59193388--59193412	6	4.2	6	100	0	50	20	16	16	48	1.82
59199170--59199199	13	2.3	13	94	0	51	10	26	26	36	1.88
59202372--59202543	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
59202365--59202540	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
59215084--59215206	58	2.1	58	93	0	210	27	26	13	31	1.94
59228188--59228273	40	2.2	39	89	2	127	25	17	27	29	1.97
59231082--59231283	38	4.8	40	74	18	160	29	24	15	30	1.96
59231120--59231248	48	2.7	48	90	1	197	31	23	14	30	1.94
59234287--59234399	43	2.6	43	76	5	129	29	14	24	31	1.94
59236392--59236452	30	2.0	30	100	0	122	42	6	26	24	1.79
59239503--59239595	46	2.0	46	93	0	159	24	12	20	41	1.87
59245968--59246139	46	3.7	46	78	13	199	30	28	19	21	1.98
59245973--59246143	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
59246563--59246622	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
59246852--59246892	20	2.0	20	100	0	82	26	19	14	39	1.90
59251325--59251475	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
59251362--59251491	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
59251324--59251491	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
59259335--59259485	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
59259372--59259501	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
59259334--59259501	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59267093--59267128	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
59267349--59267380	16	2.0	16	100	0	64	37	12	6	43	1.68
59275009--59275050	16	2.6	16	100	0	84	40	0	21	38	1.53
59275359--59275532	49	3.5	49	92	0	258	24	16	28	31	1.96
59277972--59278056	26	3.3	26	74	0	89	31	34	15	18	1.92
59279591--59279650	29	2.1	29	87	0	84	35	5	6	53	1.49
59284154--59284196	21	2.0	22	86	4	61	62	4	4	27	1.35
59286694--59286811	46	2.6	46	94	0	209	20	24	27	27	1.99
59289845--59289900	30	1.9	28	89	7	85	12	17	16	53	1.73
59292159--59292272	46	2.5	46	98	0	219	22	21	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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