genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.390.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  390  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121614410--121614602	80	2.4	81	83	4	239	30	9	20	39	1.85
121614595--121614777	27	6.8	27	88	1	233	40	7	21	30	1.80
121614569--121614774	54	3.9	54	85	3	202	40	7	20	32	1.80
121614594--121614777	80	2.3	81	87	0	271	40	7	21	30	1.80
121614553--121614822	107	2.5	109	77	3	305	37	7	21	33	1.81
121617099--121617137	16	2.4	16	91	0	69	46	23	23	7	1.78
121617375--121617475	29	3.5	29	80	1	123	27	13	29	28	1.95
121617352--121617466	29	4.0	29	81	6	119	28	14	28	27	1.95
121624906--121625035	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
121630263--121630312	23	2.2	23	92	0	82	34	14	28	24	1.93
121632464--121632498	18	1.9	18	94	0	61	28	11	11	48	1.74
121641150--121641186	18	2.1	18	89	0	56	56	10	5	27	1.55
121641237--121641528	129	2.2	132	84	6	371	25	41	0	33	1.58
121641501--121641559	30	2.0	30	90	6	93	20	45	0	33	1.51
121646950--121647211	46	5.6	45	77	10	183	27	17	30	24	1.97
121646955--121647220	48	5.7	48	75	16	199	26	18	31	23	1.97
121647452--121647546	47	2.0	47	97	0	181	26	8	17	47	1.76
121649760--121649819	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
121656370--121656429	30	2.0	30	86	0	84	26	25	10	38	1.87
121658435--121658488	24	2.5	21	77	16	56	57	1	37	3	1.27
121672377--121672407	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
121674220--121674264	14	3.2	14	84	6	56	6	51	0	42	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121678682--121678751	27	2.7	25	78	8	77	21	24	20	34	1.97
121688173--121688232	29	2.1	29	96	0	111	35	6	15	43	1.72
121689762--121689809	25	2.0	24	83	4	60	50	8	0	41	1.33
121690355--121690416	31	2.1	29	84	6	79	38	1	9	50	1.45
121694797--121694842	14	3.5	13	77	19	51	63	0	2	34	1.07
121695105--121695165	25	2.3	28	75	8	65	32	1	6	59	1.33
121697249--121697652	131	3.1	130	76	9	317	39	10	9	40	1.72
121707089--121707131	15	2.9	14	80	13	50	34	16	0	48	1.46
121707329--121707485	57	2.8	57	82	3	181	31	21	15	31	1.94
121717318--121717478	43	3.8	42	79	7	155	24	16	26	31	1.97
121717316--121717478	84	2.0	82	83	8	204	24	16	26	32	1.96
121718488--121718525	16	2.4	16	95	0	67	39	0	34	26	1.57
121720068--121720092	10	2.5	10	100	0	50	40	8	0	52	1.31
121727075--121727101	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
121727540--121727564	10	2.5	10	100	0	50	40	8	0	52	1.31
121736315--121736353	21	1.9	21	89	5	62	20	28	38	12	1.89
121741855--121741957	34	3.0	34	82	1	116	30	23	20	26	1.99
121741952--121741998	18	2.6	18	82	0	58	44	17	12	25	1.84
121742257--121742307	23	2.2	24	86	10	70	41	17	13	27	1.87
121742338--121742504	54	3.2	53	85	5	216	22	18	16	42	1.89
121742357--121742507	49	3.0	49	88	4	203	23	17	17	41	1.90
121742341--121742504	27	6.3	27	77	9	169	23	18	16	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121746461--121746510	24	2.0	25	81	11	59	8	36	2	54	1.42
121751020--121751076	3	19.0	3	96	0	105	31	0	0	68	0.90
121752703--121752800	6	16.3	6	92	0	133	12	7	0	80	0.89
121761680--121761802	65	1.9	66	84	5	169	22	26	28	22	1.99
121761885--121761958	37	2.0	37	97	0	139	29	28	22	18	1.98
121772809--121772959	33	4.5	33	85	1	194	15	9	35	39	1.80
121776120--121776145	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
121776560--121776601	22	1.9	22	85	9	59	59	0	2	38	1.10
121782180--121782215	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
121782307--121782336	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
121782428--121782457	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
121782088--121782676	121	4.8	123	98	1	1105	36	11	13	39	1.80
121782549--121782580	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
121782644--121782706	30	2.1	30	96	0	117	25	3	14	57	1.52
121784840--121784928	39	2.2	40	88	2	126	40	1	2	56	1.19
121784950--121784985	18	2.0	18	100	0	72	27	0	16	55	1.42
121787817--121787846	16	1.9	15	93	6	51	86	0	13	0	0.57
121788281--121788335	27	2.0	28	82	3	67	56	5	0	38	1.23
121791777--121791826	23	2.2	23	100	0	100	54	12	10	24	1.67
121794491--121794520	13	2.3	13	94	0	51	56	6	3	33	1.42
121801826--121801873	22	2.4	22	86	13	68	31	0	4	64	1.12
121803363--121803607	3	82.3	3	69	13	96	57	2	8	31	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121803318--121803378	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
121803607--121803638	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
121803742--121803784	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
121803879--121803905	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
121803999--121804072	3	24.7	3	100	0	148	66	0	0	33	0.92
121804546--121804602	25	2.2	25	90	3	87	49	21	5	24	1.70
121804551--121804610	25	2.6	23	84	7	68	40	23	3	33	1.71
121805095--121805120	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
121805581--121805610	16	1.9	16	93	6	53	46	10	0	43	1.37
121809626--121809657	15	2.1	15	94	5	55	81	3	0	15	0.82
121810483--121810688	21	9.6	20	68	14	72	55	12	8	23	1.63
121810565--121810684	21	5.4	23	71	17	85	54	13	7	25	1.65
121810483--121810718	45	5.5	43	79	6	232	56	11	8	22	1.62
121810483--121810718	87	2.8	85	81	8	271	56	11	8	22	1.62
121812120--121812168	19	2.5	20	83	3	55	59	2	0	38	1.09
121812150--121812179	16	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
121812134--121812198	34	1.9	33	84	3	85	60	0	0	40	0.97
121812168--121812197	9	3.3	9	95	0	51	56	0	0	43	0.99
121817502--121817539	18	2.1	18	85	14	51	52	0	0	47	1.00
121822877--121822906	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
121826245--121826410	47	3.6	47	84	7	184	28	19	28	22	1.98
121830332--121830369	13	2.9	13	96	0	67	44	13	7	34	1.72
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121831769--121831806	15	2.6	15	91	4	60	60	10	13	15	1.59
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121839492--121839521	12	2.5	12	94	0	51	13	33	46	6	1.69
121850592--121850661	28	2.5	28	86	4	97	28	15	27	28	1.96
121871034--121871058	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
121871545--121871644	42	2.4	42	86	3	132	39	21	27	13	1.90
121871547--121871647	21	4.9	21	74	2	89	40	19	26	12	1.88
121871566--121871740	42	4.2	42	78	5	158	44	18	21	16	1.87
121872306--121872342	16	2.5	15	84	16	51	54	10	2	32	1.49
121878309--121878349	21	1.9	22	85	14	59	19	24	41	14	1.89
121879488--121879577	47	1.9	47	86	8	130	23	31	16	28	1.96
121885319--121885438	24	4.8	25	90	4	156	25	24	24	25	2.00
121885342--121885451	25	4.4	26	85	10	101	27	21	24	26	1.99
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121901872--121901929	26	2.2	26	84	0	80	39	22	18	18	1.92
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121915630--121916045	53	7.8	53	85	3	484	31	12	18	37	1.88
121915630--121916045	79	5.2	79	84	5	504	31	12	18	37	1.88
121917230--121917261	13	2.3	15	89	10	50	28	31	18	21	1.97
121926108--121926153	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
121928686--121928750	25	2.6	25	78	7	62	32	18	29	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121940362--121940409	25	1.9	25	86	0	69	39	14	18	27	1.90
121954531--121954562	17	1.9	16	93	6	55	31	25	12	31	1.92
121960287--121960315	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
121962319--121962379	30	2.0	30	87	0	86	31	21	6	40	1.78
121964534--121964567	16	2.1	16	88	0	50	29	32	14	23	1.94
121967912--121967942	16	1.9	16	93	0	53	54	9	0	35	1.33
121968019--121968044	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
121974860--121974896	16	2.4	16	86	8	51	48	0	8	43	1.32
121974908--121974932	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
121974986--121975050	3	21.3	3	93	3	112	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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