genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8081859--8081947	19	4.8	19	87	8	139	37	16	11	34	1.85
8082300--8082486	45	4.2	45	79	1	196	26	29	13	30	1.94
8082301--8082465	89	1.9	89	85	0	231	27	30	12	29	1.92
8082500--8082716	78	2.8	78	85	2	292	25	23	18	32	1.97
8082544--8082916	199	1.9	200	91	0	613	25	23	18	32	1.97
8082743--8082933	79	2.4	79	92	2	314	26	24	17	31	1.97
8082969--8083038	35	2.0	35	94	0	122	32	24	15	27	1.95
8082898--8083258	131	2.9	122	86	7	560	32	23	15	28	1.95
8083126--8083433	87	3.5	85	73	15	286	30	23	15	30	1.95
8083005--8083302	131	2.3	132	90	1	463	31	24	15	29	1.95
8083072--8083477	177	2.3	177	88	1	593	30	24	14	30	1.95
8083249--8083655	131	3.1	131	87	2	595	32	24	14	28	1.94
8082951--8083608	308	2.2	299	89	3	971	31	24	14	29	1.95
8091583--8091617	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
8091874--8091931	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
8091910--8091982	19	3.9	19	82	7	96	34	16	13	35	1.88
8091901--8091946	19	2.4	19	75	24	51	34	15	8	41	1.78
8092822--8093065	49	4.9	49	78	5	258	29	25	18	26	1.98
8099843--8099996	51	3.0	51	95	0	263	32	15	22	29	1.95
8102875--8103079	101	2.0	101	99	0	401	40	13	8	38	1.74
8105308--8105399	46	2.0	47	85	8	125	59	5	5	29	1.42
8105281--8105498	26	8.6	25	71	14	128	58	4	5	31	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8105353--8105690	26	12.9	28	64	16	93	55	3	7	32	1.47
8109942--8109969	11	2.5	11	100	0	56	42	17	0	39	1.50
8110341--8110463	47	2.7	46	85	2	156	28	26	17	27	1.97
8110481--8110629	31	4.8	31	89	3	212	25	26	20	28	1.99
8110605--8110727	50	2.4	51	87	1	167	27	21	14	35	1.93
8113592--8113653	2	31.0	2	90	0	97	45	3	1	50	1.27
8116799--8116865	33	2.0	33	100	0	134	16	5	23	53	1.65
8118099--8118189	19	4.9	19	88	8	143	35	10	17	36	1.85
8118120--8118175	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
8118099--8118196	35	2.7	37	84	12	132	35	10	18	35	1.85
8118099--8118212	19	5.8	22	83	12	87	35	9	17	37	1.83
8118481--8118515	19	1.9	19	88	11	56	31	0	0	68	0.90
8120606--8120697	42	2.2	42	92	0	148	34	22	14	28	1.93
8120845--8120914	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
8121712--8121790	26	3.0	27	88	3	115	25	26	16	31	1.96
8121856--8121963	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
8121969--8122039	36	2.0	36	94	0	124	26	15	25	32	1.95
8122110--8122444	27	12.4	27	89	1	456	40	7	22	29	1.81
8126864--8126990	44	2.9	44	90	0	200	29	14	27	29	1.95
8126974--8127009	14	2.6	14	86	0	54	47	8	30	13	1.73
8127000--8127813	131	6.2	131	92	0	1279	29	14	24	31	1.94
8127795--8127967	78	2.2	78	91	2	276	31	17	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8127735--8128165	198	2.2	199	89	1	650	33	18	22	25	1.96
8127995--8128287	78	3.8	78	87	1	408	33	17	23	25	1.96
8128318--8128500	45	4.1	46	82	5	214	33	13	27	25	1.94
8128322--8128486	89	1.9	89	89	2	260	31	13	28	26	1.94
8128864--8128919	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
8128870--8128933	17	3.6	17	87	8	92	37	12	14	35	1.83
8128843--8128940	35	2.7	37	83	12	123	35	9	18	36	1.83
8128843--8128933	19	4.9	19	86	8	134	35	9	17	37	1.83
8128843--8128956	19	5.8	22	82	12	78	35	8	17	38	1.81
8129221--8129255	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
8130024--8130073	3	16.7	3	95	0	91	32	2	0	66	1.03
8130195--8130233	20	2.0	20	89	0	60	71	12	2	12	1.24
8130362--8130431	17	4.0	16	78	12	59	38	7	15	38	1.75
8130353--8130443	19	4.9	19	82	8	125	36	8	16	38	1.80
8130422--8130466	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
8130735--8130768	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
8136521--8136563	9	4.7	9	85	5	50	81	4	6	6	0.98
8136520--8136563	19	2.3	19	84	0	52	81	4	6	6	0.97
8138021--8138136	50	2.3	50	81	0	133	28	20	21	29	1.98
8138112--8138419	44	6.9	45	74	8	222	31	17	22	28	1.97
8138112--8138406	89	3.3	85	76	9	270	30	17	22	29	1.97
8138200--8138473	133	2.1	133	84	4	365	33	17	20	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8138549--8138632	44	1.9	44	85	4	116	32	17	22	27	1.97
8140336--8140380	3	15.3	3	86	13	67	31	2	0	66	1.04
8141397--8141428	8	4.0	8	91	0	55	46	0	0	53	1.00
8141397--8141427	16	1.9	16	100	0	62	45	0	0	54	0.99
8145494--8145544	22	2.4	21	84	15	70	49	1	0	49	1.12
8145494--8145553	26	2.5	22	73	19	57	50	1	0	48	1.11
8148002--8148147	39	3.7	39	94	0	256	29	28	21	20	1.98
8153811--8153859	26	2.0	25	84	8	64	63	8	8	20	1.48
8154333--8154379	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
8154350--8154428	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
8154350--8154422	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
8154351--8154438	36	2.4	35	85	14	117	35	15	10	38	1.82
8154783--8154894	45	2.5	45	86	1	154	23	29	13	33	1.93
8156392--8156439	7	6.9	7	92	0	78	14	4	41	39	1.65
8156392--8156468	14	5.5	14	86	6	77	16	6	37	38	1.75
8156493--8156524	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
8159076--8159190	27	4.3	26	83	5	131	35	22	24	17	1.95
8159076--8159190	54	2.1	54	85	3	151	35	22	24	17	1.95
8160798--8160929	26	5.2	26	90	7	209	34	25	5	34	1.79
8160808--8160929	48	2.4	49	90	6	192	34	27	4	33	1.78
8162145--8162222	39	2.0	39	94	0	138	24	10	15	50	1.75
8162150--8162213	20	3.2	20	65	20	53	21	9	15	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8163309--8163338	7	4.3	7	100	0	60	0	13	13	73	1.10
8164087--8164220	64	2.1	64	92	2	225	37	10	5	47	1.61
8164100--8164234	64	2.1	64	83	6	177	40	8	5	46	1.56
8164268--8164338	24	3.0	24	87	0	97	29	16	5	47	1.70
8164380--8165083	241	2.9	240	97	0	1345	33	17	15	33	1.91
8165085--8165141	9	6.3	9	85	0	78	45	24	1	28	1.63
8165088--8165140	27	2.0	27	96	0	97	45	22	1	30	1.63
8170542--8170579	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
8172213--8172281	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
8177606--8177630	12	2.1	12	100	0	50	0	32	0	68	0.90
8178713--8178781	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
8185028--8185065	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
8186692--8186760	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
8188725--8188852	64	2.0	64	85	0	175	23	17	21	37	1.94
8192018--8192291	46	6.0	46	86	0	325	21	24	13	40	1.89
8192219--8192290	21	3.2	21	66	27	58	26	26	11	36	1.90
8192023--8192291	138	1.9	138	86	0	376	20	24	13	41	1.89
8194254--8194389	26	5.2	26	93	0	227	32	5	25	37	1.78
8196175--8196461	137	2.1	137	98	0	547	24	19	25	31	1.98
8201674--8201736	3	20.3	3	78	18	67	63	1	4	30	1.24
8205596--8205620	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
8206867--8207132	131	2.0	132	86	2	374	27	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8211278--8211312	6	5.8	6	89	0	52	14	34	0	51	1.42
8212566--8212591	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
8223580--8223630	26	2.0	26	84	7	68	68	13	17	0	1.21
8223812--8223854	21	2.0	21	86	0	59	18	6	2	72	1.19
8228470--8228508	19	2.1	19	90	0	60	46	17	2	33	1.62
8231957--8232056	44	2.2	45	77	11	116	31	22	15	32	1.94
8231968--8232249	147	1.9	147	87	1	413	28	23	15	32	1.95
8231890--8232678	411	1.9	410	86	5	1137	27	23	16	31	1.96
8233023--8233214	64	3.0	63	83	3	249	36	13	17	32	1.88
8236967--8237126	26	6.2	26	96	2	270	36	25	5	33	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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