genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  295  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92428759--92429042	140	2.0	140	90	1	444	34	13	20	31	1.91
92430776--92430828	26	2.0	26	100	0	106	35	3	33	26	1.75
92433942--92434023	42	2.0	42	92	4	139	32	15	21	29	1.95
92433942--92434053	42	2.6	42	85	4	127	32	15	22	30	1.94
92436015--92436048	17	2.0	17	94	0	59	61	5	11	20	1.50
92437021--92437088	31	2.2	31	89	2	100	41	7	22	29	1.80
92439945--92439979	5	7.0	5	93	0	52	40	25	0	34	1.56
92440660--92440700	19	2.2	19	90	0	64	7	12	4	75	1.16
92440704--92440737	8	4.2	8	84	0	50	55	0	2	41	1.15
92443924--92444087	40	4.1	40	81	4	170	25	28	21	25	1.99
92443924--92444087	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	25	1.99
92452037--92452200	40	4.1	40	81	4	170	25	28	21	25	1.99
92452037--92452200	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	25	1.99
92456227--92456412	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
92461717--92461853	46	3.0	46	86	0	193	25	29	8	35	1.86
92461827--92462065	47	5.1	47	92	0	343	25	29	12	33	1.92
92468722--92468926	40	5.1	39	84	4	207	26	26	20	25	1.99
92472927--92473003	40	1.9	40	100	0	154	37	15	14	32	1.88
92473688--92473847	27	5.9	27	88	1	214	41	18	15	24	1.89
92484325--92484534	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
92492458--92492667	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
92502870--92502902	13	2.6	13	90	4	50	54	9	0	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92505809--92505855	6	7.7	6	81	11	51	80	0	2	17	0.80
92505810--92505854	23	1.9	24	86	4	65	80	0	2	17	0.82
92515244--92515312	6	11.3	6	76	14	70	49	14	18	17	1.80
92515430--92515515	27	3.2	26	85	8	102	37	20	22	19	1.95
92515430--92515537	54	2.0	53	80	5	119	37	21	21	19	1.94
92515696--92515760	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
92516147--92516503	27	13.2	27	86	5	438	26	19	18	35	1.94
92516489--92516592	27	3.9	27	66	9	68	29	6	25	38	1.81
92518465--92518517	26	2.0	26	100	0	106	58	7	7	26	1.52
92518671--92518704	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
92521186--92521303	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
92521154--92521317	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
92528353--92528470	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
92528321--92528484	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
92533777--92534015	27	8.9	27	82	9	258	35	23	22	18	1.96
92533795--92534015	81	2.7	82	89	4	333	35	23	22	18	1.96
92535638--92535745	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
92544538--92544583	18	2.5	19	82	10	51	36	26	6	30	1.82
92545327--92545376	22	2.3	22	86	6	66	28	24	30	18	1.97
92545347--92545389	22	2.0	22	85	0	59	34	20	25	18	1.96
92545610--92545681	27	2.7	27	80	0	81	30	19	19	30	1.96
92545623--92545712	27	3.3	27	84	0	99	27	16	17	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92545938--92545975	19	2.0	19	90	10	60	26	44	18	10	1.82
92549107--92549166	27	2.2	27	84	0	75	25	21	21	31	1.98
92549119--92549176	27	2.1	27	90	0	89	25	20	20	32	1.97
92549137--92549196	27	2.2	27	81	0	66	28	18	16	36	1.93
92555364--92555511	43	3.5	43	84	3	201	37	22	18	20	1.95
92555809--92555852	21	2.1	21	95	0	79	0	56	22	20	1.42
92561374--92561540	9	17.6	9	76	10	145	31	0	20	47	1.55
92561378--92561540	39	4.2	40	85	9	159	30	0	20	47	1.55
92561389--92561528	39	3.4	44	86	10	174	30	0	22	46	1.57
92561374--92561540	57	2.9	57	80	7	187	31	0	20	47	1.55
92561374--92561529	48	3.2	48	80	3	179	31	0	21	46	1.57
92563002--92563371	183	2.0	184	97	0	706	42	14	15	26	1.86
92566000--92566071	28	2.5	29	82	10	94	40	30	1	27	1.65
92566030--92566091	21	3.0	21	83	4	74	40	32	1	25	1.66
92566239--92566280	21	2.0	21	95	0	75	40	28	0	30	1.57
92566206--92566374	28	6.4	26	70	18	100	43	27	0	28	1.59
92566210--92566370	49	3.2	48	82	9	178	42	28	0	27	1.60
92566307--92566347	20	2.0	21	85	4	57	39	34	0	26	1.57
92566477--92566522	14	3.4	14	71	17	51	39	32	2	26	1.68
92566541--92566589	15	3.3	15	85	2	55	40	40	2	16	1.60
92566554--92566633	22	3.7	22	75	12	67	38	41	1	18	1.59
92566555--92566673	15	8.3	15	74	14	65	41	39	2	16	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92567227--92567389	41	4.0	41	88	4	235	24	23	19	31	1.98
92579363--92579442	31	2.6	31	80	9	92	60	3	0	36	1.15
92579369--92579428	23	2.7	23	71	16	56	63	1	0	35	1.05
92586211--92586243	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
92588023--92588070	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
92588114--92588172	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
92588118--92588172	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
92588223--92588341	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
92588223--92588341	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
92588533--92588596	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
92590699--92590732	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
92592380--92592457	25	3.2	24	80	7	77	33	20	24	21	1.97
92595132--92595170	2	19.5	2	94	0	69	0	48	0	51	1.00
92595340--92595379	19	2.1	19	86	9	55	42	2	7	47	1.45
92601361--92601399	20	2.0	20	84	0	51	35	12	2	48	1.55
92603198--92603248	22	2.3	22	93	6	86	62	0	11	25	1.29
92603656--92603696	21	2.0	20	90	4	64	17	14	29	39	1.89
92604861--92605059	56	3.6	56	93	0	317	37	12	22	28	1.90
92607296--92607413	20	5.9	21	73	6	61	21	15	10	53	1.71
92607324--92607388	20	3.2	20	76	8	69	23	16	9	50	1.74
92607493--92607538	22	2.1	22	87	0	65	47	4	2	45	1.34
92615380--92615501	43	2.9	42	82	2	163	28	25	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92617624--92617679	21	2.8	20	78	5	58	14	19	8	57	1.63
92618036--92618102	20	3.5	17	75	18	62	55	1	17	25	1.51
92618056--92618099	20	2.2	20	88	8	63	59	0	18	22	1.38
92618134--92618252	20	5.6	20	65	16	69	59	8	10	21	1.57
92618136--92618187	26	2.0	27	85	7	72	67	9	7	15	1.41
92618592--92618632	20	2.0	20	86	9	57	51	12	17	19	1.76
92618830--92618875	20	2.3	21	85	7	60	67	4	10	17	1.37
92619747--92619969	108	2.0	109	95	2	403	21	14	19	44	1.86
92620199--92620249	19	2.8	18	81	18	70	35	3	0	60	1.15
92620199--92620255	17	3.2	17	77	18	62	31	5	0	63	1.17
92621340--92621399	31	1.9	31	86	0	84	25	20	10	45	1.81
92621883--92621962	36	2.2	36	79	0	97	52	15	13	18	1.75
92622727--92622751	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
92623971--92624008	17	2.1	19	85	9	53	5	15	7	71	1.28
92628074--92628106	16	2.1	16	94	0	57	27	6	24	42	1.78
92631984--92632044	19	3.1	19	86	9	79	57	4	0	37	1.20
92632560--92632657	48	2.0	48	98	0	187	35	13	10	40	1.78
92633985--92634060	11	6.8	11	68	24	52	55	1	1	42	1.16
92638655--92638745	44	2.1	44	87	0	128	48	9	12	29	1.73
92640967--92641012	21	2.2	21	84	7	58	6	13	4	76	1.14
92641286--92641332	23	2.0	23	95	0	85	31	21	6	40	1.78
92642438--92642469	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92642819--92642859	20	2.0	20	86	9	57	39	0	2	58	1.11
92649243--92649312	33	2.1	33	100	0	140	28	18	11	41	1.85
92652234--92653033	3	266.3	3	68	16	346	61	3	4	30	1.33
92652423--92652621	103	1.9	104	81	8	239	61	2	5	30	1.30
92652676--92653008	152	2.2	155	92	3	548	61	4	3	30	1.32
92653597--92653626	11	2.8	11	95	5	53	26	0	0	73	0.84
92654768--92655123	75	4.7	76	88	3	475	33	18	17	29	1.94
92654768--92655123	151	2.3	153	87	3	513	33	18	17	29	1.94
92666248--92666283	16	2.1	18	90	10	58	75	11	0	13	1.06
92670127--92670484	44	8.0	45	69	16	201	25	24	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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