genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  118  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34565207--34565387	81	2.2	81	88	1	256	24	18	18	38	1.93
34570590--34570626	12	3.1	12	88	0	56	27	16	18	37	1.92
34575924--34575972	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
34576794--34576960	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
34583923--34583971	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
34584793--34584959	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
34586566--34586696	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
34593911--34594085	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
34601480--34601655	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
34601477--34601648	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
34603867--34603902	18	2.1	18	89	5	56	44	11	16	27	1.82
34609846--34609883	19	2.0	19	94	0	67	28	5	18	47	1.70
34613105--34613141	18	2.1	18	100	0	74	37	10	10	40	1.75
34618280--34618407	39	3.3	39	83	0	157	29	26	19	24	1.98
34631585--34631734	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
34631609--34631792	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
34633111--34633154	22	2.0	22	100	0	88	40	13	18	27	1.88
34636041--34636190	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
34636065--34636248	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
34644686--34644799	42	2.7	42	84	0	147	28	27	16	28	1.97
34644603--34644767	90	1.8	90	83	5	217	27	25	18	28	1.98
34644697--34644811	42	2.7	42	78	5	117	32	26	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34644601--34644848	132	1.9	132	82	3	311	29	26	17	27	1.97
34644601--34644896	132	2.2	132	80	6	290	29	26	17	27	1.98
34644817--34644911	48	2.0	48	85	4	129	29	27	16	26	1.97
34644837--34644954	48	2.5	48	85	2	148	27	24	18	29	1.98
34651957--34652158	79	2.6	76	81	9	219	26	27	20	25	1.99
34651957--34652158	40	5.2	40	82	6	218	26	27	20	25	1.99
34660083--34660286	79	2.6	77	82	7	230	25	26	21	25	2.00
34660083--34660289	40	5.2	39	83	7	222	25	27	22	25	2.00
34665619--34665774	43	3.7	42	78	10	131	28	24	19	28	1.98
34665619--34665774	85	1.8	84	82	5	197	28	24	19	28	1.98
34670787--34670947	81	2.0	81	98	0	313	25	18	21	34	1.96
34676230--34676416	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
34676253--34676416	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
34676253--34676450	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
34680651--34680796	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
34680683--34680834	40	3.8	40	85	3	171	23	26	22	28	1.99
34686104--34686163	28	2.1	29	81	9	70	41	3	23	31	1.71
34689792--34689873	29	2.8	29	96	0	146	24	31	14	29	1.95
34692520--34692693	48	3.6	49	84	4	221	25	31	17	25	1.97
34696151--34696280	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
34701755--34702240	27	18.0	27	84	4	595	27	22	9	40	1.84
34702250--34702444	27	7.2	27	82	2	205	36	18	18	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34702250--34702442	54	3.6	54	83	4	246	36	18	19	26	1.94
34702250--34702443	81	2.4	82	82	3	232	36	18	19	26	1.94
34702644--34702726	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
34702814--34702872	22	2.7	22	78	0	64	20	22	22	35	1.96
34703037--34703110	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
34703228--34703365	6	22.8	6	76	15	133	21	17	12	48	1.80
34703240--34703386	79	1.9	79	89	2	233	21	17	12	48	1.80
34714279--34714327	24	2.0	24	100	0	98	42	16	4	36	1.67
34715403--34715435	14	2.3	15	89	5	50	66	18	0	15	1.25
34719784--34719876	31	3.1	29	84	7	107	29	23	16	31	1.96
34719818--34719896	31	2.5	31	91	0	122	29	25	15	30	1.96
34719920--34720011	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
34720155--34720300	26	5.8	26	87	5	212	28	22	21	27	1.99
34720155--34720300	50	2.9	52	90	7	239	28	22	21	27	1.99
34721097--34721180	27	3.1	26	84	6	105	22	26	20	30	1.98
34721219--34721454	81	2.9	82	75	9	216	31	9	19	39	1.84
34721249--34721495	27	9.1	27	79	7	162	32	8	19	38	1.82
34721249--34721468	54	4.1	54	80	7	205	31	8	20	40	1.82
34721328--34721533	54	3.8	54	81	3	173	35	7	20	35	1.82
34721445--34721655	27	7.9	27	82	4	196	38	8	24	29	1.84
34721420--34721649	81	2.9	81	81	4	198	38	8	22	30	1.84
34721446--34721655	54	3.9	54	84	3	255	38	8	24	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34721661--34721747	25	3.3	26	76	13	90	32	9	18	40	1.82
34721678--34721756	27	3.0	28	78	12	78	32	10	17	39	1.83
34721661--34721762	27	3.9	27	71	15	72	34	8	17	39	1.81
34723967--34724045	31	2.5	31	91	0	131	26	25	17	30	1.97
34724069--34724159	42	2.2	42	90	2	139	35	21	14	28	1.93
34724304--34724453	26	5.8	26	87	0	221	27	22	22	28	1.99
34724304--34724453	52	2.9	52	94	1	248	27	22	22	28	1.99
34725255--34725337	27	3.1	26	84	8	78	21	25	19	33	1.97
34725276--34725354	27	2.9	27	86	3	106	18	25	21	34	1.96
34725376--34725627	27	9.3	27	77	5	150	32	8	19	39	1.82
34725488--34725627	54	2.6	54	84	4	192	31	7	22	38	1.82
34725606--34725864	27	9.6	27	89	0	356	38	8	25	27	1.85
34725875--34725964	27	3.3	27	85	3	119	32	8	17	41	1.81
34725875--34725979	27	3.9	27	82	5	97	34	7	17	40	1.78
34745664--34745783	44	2.8	42	79	9	127	22	18	25	33	1.97
34747345--34747580	50	4.7	50	80	7	239	25	16	26	31	1.96
34747344--34747580	101	2.4	99	84	4	289	25	16	26	31	1.96
34747669--34747720	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
34754380--34754551	49	3.5	48	80	7	173	26	17	23	31	1.97
34754650--34754701	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
34757709--34757858	40	3.8	40	78	7	126	24	22	28	26	1.99
34765703--34765853	40	3.8	38	80	10	153	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34814150--34814333	79	2.3	80	79	8	196	25	27	22	24	2.00
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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