genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.331.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  331  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103777077--103777131	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
103777184--103777374	23	8.1	23	92	6	321	28	20	20	29	1.98
103777183--103777395	48	4.5	47	91	5	333	28	21	21	28	1.98
103777183--103777395	95	2.2	94	90	7	333	28	21	21	28	1.98
103777589--103777652	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
103781477--103781501	7	3.6	7	100	0	50	0	24	0	76	0.80
103782188--103782367	43	4.2	43	83	3	184	22	21	28	27	1.99
103784871--103784905	18	1.9	18	88	0	52	2	5	2	88	0.68
103792965--103793048	3	28.0	3	77	9	82	63	4	3	28	1.32
103794209--103794233	13	1.9	13	100	0	50	0	16	12	72	1.13
103795774--103795857	29	2.9	29	89	0	132	27	29	14	28	1.95
103799745--103799833	45	2.0	45	95	0	160	38	25	13	22	1.91
103799761--103799831	21	3.2	21	69	18	63	38	25	14	22	1.92
103806511--103806570	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
103809951--103810039	45	2.0	45	95	0	160	38	25	13	22	1.91
103809967--103810037	21	3.2	21	69	18	63	38	25	14	22	1.92
103811311--103811358	24	2.0	24	91	0	78	37	8	16	37	1.79
103811896--103811967	33	2.2	34	92	7	130	41	8	2	47	1.48
103815388--103815479	47	1.9	48	91	2	150	23	23	7	44	1.79
103816820--103816863	20	2.3	19	92	4	70	22	27	0	50	1.50
103830307--103830358	27	2.0	27	84	3	70	26	26	21	25	1.99
103830867--103830905	19	2.1	19	100	0	78	35	43	10	10	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103834709--103834880	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
103834713--103834887	46	3.8	46	78	13	196	21	20	29	29	1.98
103838565--103838601	18	2.1	18	89	0	56	48	8	2	40	1.47
103839063--103839113	18	2.8	18	87	0	75	47	15	19	17	1.83
103843882--103844012	55	2.4	54	85	5	174	29	29	19	22	1.98
103844781--103845088	47	6.5	47	72	9	198	23	28	18	29	1.98
103845432--103845489	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
103847747--103847803	27	2.1	27	87	9	80	47	15	19	17	1.83
103851165--103851267	45	2.3	45	91	0	161	39	11	22	26	1.88
103851165--103851281	45	2.6	45	84	2	146	39	11	23	25	1.89
103875225--103875257	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
103876325--103876389	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
103876495--103876584	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
103876495--103876609	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
103877653--103877686	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
103884147--103884211	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
103884316--103884405	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
103884316--103884430	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
103885716--103885949	48	4.9	47	79	5	229	25	29	18	26	1.98
103885712--103885948	96	2.5	95	82	4	271	24	28	18	27	1.98
103894175--103894354	40	4.6	40	83	2	195	23	26	24	25	2.00
103896829--103896860	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103897071--103897400	50	6.6	50	75	6	308	30	25	17	26	1.97
103897121--103897403	101	2.8	101	86	2	388	31	25	17	26	1.97
103897072--103897398	151	2.2	151	83	3	399	30	25	17	25	1.97
103897752--103897798	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
103899273--103899311	17	2.4	16	84	16	53	58	0	10	30	1.31
103902164--103902266	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
103910176--103910278	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
103912245--103912346	40	2.6	40	87	3	145	45	27	17	9	1.80
103915794--103915984	77	2.5	78	87	5	266	35	13	8	42	1.75
103920298--103920362	31	2.1	31	94	0	112	46	15	4	33	1.66
103922455--103922634	46	3.9	46	79	9	188	23	31	17	26	1.97
103922464--103922636	94	1.9	92	88	9	262	24	31	18	26	1.98
103927388--103927743	46	7.5	46	74	11	199	24	28	18	28	1.98
103933683--103933730	21	2.3	20	82	10	60	58	4	0	37	1.18
103933683--103933725	22	2.0	22	86	8	63	62	4	0	32	1.15
103934728--103934772	23	2.0	23	91	4	74	37	2	0	60	1.09
103938000--103938081	41	2.0	41	100	0	164	48	19	9	21	1.77
103941110--103941144	18	2.0	18	88	5	54	20	5	14	60	1.54
103941875--103941986	41	2.7	41	74	10	111	21	19	26	32	1.97
103949739--103949888	41	3.7	40	76	10	117	19	20	29	30	1.97
103951175--103951210	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
103953710--103953821	51	2.2	51	93	0	188	28	24	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103960020--103960131	51	2.2	51	91	0	179	29	24	15	31	1.95
103962928--103962999	30	2.5	28	80	8	81	48	4	4	43	1.41
103963565--103963612	24	2.0	23	88	4	69	39	4	2	54	1.32
103974496--103975003	126	4.0	126	87	2	716	36	16	18	28	1.93
103978492--103978534	18	2.4	18	92	0	68	44	11	25	18	1.84
103980122--103980255	48	2.8	48	82	5	139	51	8	9	30	1.64
103980391--103980445	11	5.1	11	76	12	60	45	1	16	36	1.58
103981737--103981923	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
103981760--103981923	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
103981760--103981957	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
103989305--103989491	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
103989328--103989491	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
103989328--103989525	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
103992551--103992576	11	2.4	11	100	0	52	19	46	7	26	1.77
103992587--103992619	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
103992689--103992713	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
103993354--103993415	31	2.0	31	100	0	124	29	19	12	38	1.89
103997215--103997281	24	2.8	24	75	8	73	28	34	2	34	1.73
103998291--103998461	46	3.7	46	75	14	163	22	18	28	30	1.97
104001376--104001442	15	4.5	15	82	0	80	10	17	13	58	1.63
104001367--104001442	30	2.5	30	81	8	91	10	17	15	56	1.66
104003364--104003534	93	1.8	93	89	0	270	21	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104003368--104003542	46	3.8	46	76	15	180	21	19	29	29	1.98
104005682--104005848	40	4.2	40	76	4	142	23	26	23	26	2.00
104010196--104011981	888	2.0	889	85	4	2394	28	27	17	27	1.97
104012463--104012538	24	3.2	24	72	7	73	28	32	1	36	1.66
104015799--104015929	40	3.3	40	80	2	156	24	22	28	25	1.99
104023750--104023880	40	3.3	40	80	2	156	24	22	28	25	1.99
104026080--104026282	40	5.1	40	90	4	286	28	28	18	24	1.98
104029527--104029561	8	4.4	8	100	0	70	60	11	0	28	1.32
104030380--104030424	22	2.0	22	83	8	56	35	13	15	35	1.87
104033173--104033251	28	2.8	28	92	0	131	34	10	27	27	1.89
104035282--104035324	21	2.0	22	86	4	61	32	2	13	51	1.54
104042590--104042643	16	3.4	16	76	5	56	35	25	12	25	1.92
104043972--104044033	24	2.6	24	79	5	72	24	22	16	37	1.94
104043947--104044073	50	2.6	48	74	12	114	27	22	20	29	1.99
104044260--104044307	24	2.0	24	100	0	96	29	4	25	41	1.74
104052289--104052350	30	2.1	30	93	0	106	27	14	22	35	1.93
104060198--104060480	142	2.0	145	83	4	369	43	8	5	42	1.58
104060658--104060699	22	1.9	22	85	9	59	78	0	14	7	0.95
104060900--104060933	11	2.9	12	91	4	52	73	5	20	0	1.04
104060987--104061588	249	2.5	233	83	6	731	37	9	6	45	1.64
104061461--104061497	14	2.7	15	84	16	53	32	0	2	64	1.07
104065124--104065163	18	2.2	19	90	4	64	27	17	0	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104068038--104068075	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
104070454--104070482	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
104071645--104071750	48	2.2	48	89	0	158	33	4	26	34	1.77
104071884--104071955	37	1.9	37	88	0	108	23	19	34	22	1.96
104076587--104076635	24	2.0	24	84	0	62	48	16	14	20	1.80
104080501--104080532	14	2.3	14	100	0	64	34	15	9	40	1.80
104080904--104080961	30	1.9	30	85	0	80	34	12	25	27	1.91
104081305--104081562	46	5.5	46	78	9	186	29	18	27	23	1.98
104081305--104081566	47	5.6	47	78	9	227	29	18	27	23	1.98
104081309--104081562	140	1.8	140	88	5	397	29	18	27	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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