genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  156  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47382716--47382793	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
47382665--47382981	47	6.7	47	86	7	433	29	31	7	32	1.84
47382665--47382981	96	3.3	94	87	6	442	29	31	7	32	1.84
47386722--47386942	43	5.1	43	96	0	388	31	32	21	14	1.93
47386925--47387136	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
47389113--47389190	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
47389062--47389335	47	5.8	47	86	7	374	29	31	6	32	1.84
47389062--47389334	96	2.9	94	86	7	372	29	31	6	32	1.84
47394085--47394131	24	2.0	24	86	0	67	31	25	14	27	1.95
47394169--47394228	9	6.2	9	74	14	57	36	11	18	33	1.87
47394168--47394238	20	3.5	20	90	0	115	36	11	19	32	1.87
47394179--47394233	11	5.4	11	79	16	73	38	12	18	30	1.88
47394284--47394424	23	6.1	23	94	3	248	27	21	21	29	1.98
47394284--47394424	47	3.1	46	93	3	248	27	21	21	29	1.98
47394415--47394473	30	2.0	30	100	0	118	33	16	23	25	1.96
47394667--47394730	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
47397115--47397297	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
47405635--47405735	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
47413566--47413666	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
47415622--47415802	39	4.6	39	86	1	227	23	30	20	24	1.99
47423961--47424007	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
47424045--47424104	9	6.2	9	74	14	57	36	11	18	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47424044--47424114	20	3.5	20	90	0	115	36	11	19	32	1.87
47424055--47424109	11	5.4	11	79	16	73	38	12	18	30	1.88
47424161--47424303	23	6.1	23	92	3	241	28	21	20	29	1.98
47424160--47424305	47	3.1	46	92	3	238	29	21	20	28	1.98
47424159--47424310	70	2.1	71	95	2	270	28	21	21	28	1.98
47424517--47424580	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
47425665--47425746	39	2.1	39	93	4	139	34	14	24	26	1.94
47430300--47430429	50	2.6	49	85	3	172	29	29	17	23	1.97
47435838--47435886	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
47436709--47436875	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
47442666--47442735	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
47450735--47450804	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
47455193--47455241	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
47456064--47456230	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
47458005--47458171	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
47458021--47458171	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
47469226--47469300	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
47473810--47473985	46	3.8	46	78	12	189	21	19	28	30	1.98
47482167--47482200	4	8.5	4	86	0	50	73	0	20	5	1.04
47484390--47484428	15	2.6	15	88	11	62	23	23	0	53	1.46
47495848--47495872	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
47502323--47502401	38	2.1	38	100	0	158	46	15	10	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47503222--47503336	29	4.0	29	81	6	128	28	28	14	27	1.95
47510068--47510124	21	2.8	21	70	2	53	59	7	5	28	1.45
47511006--47511082	29	2.7	29	85	0	100	28	28	15	27	1.96
47511621--47511670	25	2.0	25	96	0	91	18	20	34	28	1.95
47513549--47513633	43	2.0	43	100	0	170	25	11	11	50	1.73
47521335--47521475	70	2.0	70	100	0	282	34	30	11	24	1.90
47529594--47529623	12	2.5	12	94	0	51	6	43	23	26	1.78
47537760--47537912	28	5.5	28	87	0	189	28	29	16	25	1.97
47538412--47538445	17	1.9	18	88	5	52	14	5	17	61	1.52
47540670--47540897	40	5.7	40	90	3	361	25	26	22	25	2.00
47543217--47543319	37	2.8	37	82	5	102	28	16	28	27	1.97
47543314--47543452	48	2.9	48	91	1	217	30	16	25	28	1.97
47543410--47543540	42	3.1	42	80	1	120	25	14	29	31	1.95
47546910--47546945	17	2.1	18	89	5	56	13	11	16	58	1.63
47550462--47550536	28	2.7	28	81	4	89	30	12	30	26	1.92
47564536--47564706	46	3.7	45	81	9	168	23	29	19	27	1.98
47564581--47564706	47	2.7	45	82	11	157	23	30	19	26	1.98
47568338--47568442	54	1.9	54	86	0	147	36	17	20	26	1.94
47568338--47568456	27	4.4	27	78	0	121	36	16	21	26	1.94
47570920--47570989	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
47570920--47571001	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
47578731--47578800	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47578731--47578812	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
47580512--47580556	18	2.5	19	75	17	51	22	4	8	64	1.40
47583586--47583649	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
47583857--47583940	26	3.4	25	90	6	118	27	22	22	27	1.99
47583988--47584033	19	2.3	20	96	3	85	34	19	10	34	1.87
47586563--47586708	39	3.7	39	88	0	220	31	25	20	22	1.98
47586563--47586708	78	1.9	78	92	0	247	31	25	20	22	1.98
47596620--47596756	70	2.0	70	92	0	229	21	13	21	43	1.87
47597542--47597598	27	2.1	27	86	0	78	36	17	19	26	1.94
47598906--47599080	46	3.8	46	81	13	232	28	29	21	20	1.98
47598913--47599084	93	1.8	93	98	0	335	27	29	21	20	1.98
47600370--47600472	27	3.8	27	86	0	143	35	17	23	23	1.95
47605464--47605508	18	2.6	18	85	3	56	66	2	2	28	1.15
47605474--47605508	18	1.9	18	94	0	61	71	0	2	25	1.00
47605932--47605977	3	15.0	3	79	20	51	65	0	0	34	0.93
47605932--47606043	18	6.5	18	71	24	64	65	1	2	30	1.17
47605933--47605996	16	3.9	16	82	17	71	64	1	0	34	1.03
47605931--47605977	25	1.9	25	95	4	87	65	0	0	34	0.93
47605935--47605997	25	2.6	25	82	12	78	65	1	0	33	1.03
47606035--47606062	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
47609557--47609723	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
47614138--47614505	49	7.7	47	93	1	538	28	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47614138--47614505	96	3.8	96	90	2	560	28	29	8	33	1.87
47614138--47614504	145	2.6	142	88	4	377	28	28	8	34	1.87
47634274--47634343	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
47637224--47637264	21	1.9	22	85	5	57	46	14	19	19	1.84
47638562--47638700	29	4.8	29	87	2	174	25	30	15	28	1.96
47640985--47641032	20	2.3	20	96	3	87	18	35	14	31	1.91
47644989--47645196	40	5.2	39	83	4	213	25	26	22	25	2.00
47647437--47647601	43	3.9	43	80	4	156	25	19	30	24	1.98
47647493--47647681	43	4.6	40	75	7	130	28	16	29	25	1.97
47647579--47647682	40	2.6	40	78	1	109	27	17	28	25	1.97
47654257--47654410	29	5.4	29	83	3	161	27	29	14	28	1.95
47666918--47667234	47	6.7	47	87	5	433	32	7	31	29	1.84
47666918--47667234	96	3.3	93	86	8	424	32	7	31	29	1.84
47669151--47669362	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
47669345--47669562	43	5.1	43	94	2	370	13	22	32	32	1.93
47672525--47672739	49	4.4	49	96	0	367	28	9	32	29	1.88
47672841--47672962	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
47674774--47674858	40	2.1	40	84	0	107	27	21	28	23	1.99
47675056--47675275	29	7.7	29	97	2	426	26	16	32	24	1.96
47678574--47678877	49	6.4	48	90	6	476	28	9	32	29	1.88
47678574--47678877	96	3.2	96	92	4	485	28	9	32	29	1.88
47678574--47678882	140	2.2	144	94	2	545	29	9	32	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47678979--47679063	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
47680642--47680803	39	4.2	39	91	2	245	24	32	19	22	1.97
47680642--47680792	77	1.9	79	91	2	252	23	32	20	23	1.98
47684793--47684908	52	2.2	52	90	0	178	35	14	23	26	1.93
47684795--47684908	24	4.4	27	79	13	132	35	14	22	26	1.93
47684932--47685078	50	2.9	51	90	3	235	31	14	26	27	1.95
47692404--47692662	27	9.6	27	88	2	342	39	20	8	31	1.82
47692404--47692716	81	3.9	81	79	9	318	39	21	8	30	1.83
47692404--47692717	27	11.6	28	82	7	253	39	21	8	30	1.83
47692404--47692717	54	5.8	53	83	4	328	39	21	8	30	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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