genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24810385--24810461	37	2.1	37	90	0	118	48	16	18	16	1.82
24810422--24810489	25	2.7	25	93	0	118	47	14	19	19	1.83
24810330--24810461	19	6.7	19	71	19	101	50	14	18	16	1.79
24810609--24810659	27	1.9	26	84	4	66	33	17	29	19	1.95
24810905--24811145	27	8.9	27	87	4	254	24	20	17	36	1.94
24810903--24811150	81	3.1	79	85	6	311	24	20	18	36	1.95
24811134--24811586	27	16.8	26	80	3	384	32	8	20	39	1.82
24811273--24811586	54	5.8	54	93	0	493	31	7	20	41	1.80
24817664--24817702	21	1.9	20	84	5	51	23	28	33	15	1.95
24818911--24819233	49	6.7	49	80	4	318	26	27	18	27	1.98
24818913--24819326	97	4.3	98	82	5	393	27	27	17	27	1.98
24818914--24819261	146	2.4	144	79	8	386	27	27	17	26	1.98
24821636--24821759	39	3.2	39	88	1	185	22	20	31	25	1.98
24821653--24821789	39	3.5	40	86	1	143	22	23	31	22	1.98
24821636--24821789	79	1.9	79	84	2	202	22	21	31	24	1.98
24826048--24826112	32	2.0	32	100	0	130	35	24	18	21	1.96
24829536--24829659	39	3.2	39	88	1	185	22	20	31	25	1.98
24829553--24829689	39	3.5	40	86	1	143	22	23	31	22	1.98
24829536--24829689	79	1.9	79	84	2	202	22	21	31	24	1.98
24832765--24832863	50	2.0	50	97	0	189	48	18	0	33	1.48
24835949--24836002	28	1.9	28	92	0	90	48	18	14	18	1.82
24838777--24838999	48	4.6	48	94	2	394	22	17	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24838779--24839035	48	5.4	48	90	3	205	24	18	31	26	1.97
24839542--24839599	11	5.2	11	80	12	64	32	0	1	65	1.03
24841444--24841576	46	2.9	46	94	0	221	42	15	22	19	1.88
24846600--24846650	19	2.9	17	71	23	52	78	1	15	3	0.99
24847808--24847901	29	3.2	29	96	0	170	30	15	27	25	1.96
24847804--24847938	58	2.3	58	83	3	166	27	15	31	25	1.96
24855736--24855818	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
24855732--24855867	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
24875789--24875831	14	3.1	14	81	15	54	55	6	2	34	1.39
24875807--24875835	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
24881194--24881348	27	5.7	27	77	4	96	27	25	8	39	1.84
24881190--24881348	54	2.9	54	78	3	158	27	25	8	39	1.84
24883847--24883892	24	1.9	24	81	0	56	28	15	21	34	1.94
24887429--24887636	40	5.2	40	82	2	211	25	26	23	25	2.00
24892681--24892734	27	2.0	27	88	0	81	37	7	16	38	1.77
24892992--24893212	49	4.4	49	82	3	271	24	18	26	30	1.98
24892992--24893224	99	2.3	99	85	2	297	24	18	26	30	1.98
24899967--24900129	39	4.2	39	90	0	254	22	20	32	23	1.98
24899984--24900165	39	4.6	40	87	0	154	21	23	32	22	1.98
24907905--24907967	25	2.4	26	80	17	76	60	1	4	33	1.27
24908565--24908804	131	1.8	132	83	7	317	46	7	4	41	1.51
24911634--24911784	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24911671--24911800	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
24918855--24919038	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
24918895--24919083	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
24923884--24924034	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
24923921--24924050	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
24933558--24933726	51	3.4	49	89	4	225	27	12	29	30	1.93
24935848--24935952	53	2.0	53	98	0	201	34	13	18	34	1.89
24937144--24937173	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
24944990--24945031	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
24946272--24946430	49	3.2	49	90	0	219	31	27	16	24	1.97
24946700--24946740	18	2.3	18	95	0	73	26	17	17	39	1.91
24948403--24948446	21	2.1	21	95	0	79	40	20	13	25	1.89
24952090--24952265	46	3.8	46	83	10	241	21	21	28	28	1.98
24952086--24952258	93	1.9	93	96	0	319	21	21	29	27	1.99
24961997--24962173	51	3.5	50	86	4	223	25	15	30	28	1.96
24964831--24965044	47	4.6	47	76	12	183	23	28	19	28	1.98
24964835--24964998	46	3.5	46	76	12	138	23	28	19	28	1.98
24964826--24965097	47	5.8	46	73	12	166	23	28	19	28	1.98
24964835--24965092	140	1.8	140	85	4	360	23	27	19	29	1.98
24967070--24967172	29	3.6	28	87	7	136	27	17	27	28	1.98
24972346--24972546	39	5.2	39	87	4	264	25	17	32	24	1.97
24972357--24972546	77	2.4	78	86	4	258	25	18	32	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24972356--24972605	77	3.2	79	83	6	217	25	18	31	24	1.98
24976852--24976878	13	2.1	13	100	0	54	44	18	7	29	1.77
24979516--24979584	18	3.9	18	78	3	77	46	11	20	21	1.82
24979897--24980063	81	2.1	81	85	2	219	40	16	14	27	1.88
24979897--24980063	27	6.2	27	86	4	185	40	16	14	27	1.88
24981645--24981867	40	5.6	40	85	7	301	25	26	23	24	2.00
24981645--24981867	82	2.8	80	87	6	301	25	26	23	24	2.00
24984059--24984085	13	2.1	13	100	0	54	25	22	22	29	1.99
24989830--24990053	40	5.6	40	82	8	276	25	26	23	24	2.00
24989830--24990053	83	2.8	80	84	6	283	25	26	23	24	2.00
24991452--24991655	40	5.1	40	85	2	241	25	28	21	24	1.99
24991452--24991653	80	2.5	79	85	3	269	25	29	20	24	1.99
24999715--24999895	40	4.5	40	90	2	258	23	28	23	24	1.99
25006612--25006649	18	2.1	18	95	0	67	44	15	15	23	1.85
25006927--25007163	27	8.8	27	81	5	228	39	20	13	27	1.89
25006918--25007163	54	4.6	54	80	1	260	39	20	12	27	1.89
25006918--25007163	81	3.0	81	76	3	253	39	20	12	27	1.89
25022251--25022426	46	3.8	46	81	10	223	19	21	30	28	1.98
25022247--25022419	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
25028061--25028370	48	6.6	48	70	9	163	26	25	19	28	1.99
25028068--25028232	90	1.8	90	81	0	204	27	23	19	29	1.98
25028247--25028372	48	2.6	48	88	3	173	25	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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25056148--25056345	53	3.7	53	86	2	245	35	18	20	25	1.95
25056148--25056345	80	2.5	80	84	1	254	35	18	20	25	1.95
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25080090--25080252	39	4.2	39	88	3	238	23	31	19	24	1.98
25088086--25088280	39	4.9	39	87	2	221	24	32	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25088086--25088269	78	2.3	79	87	1	253	23	32	20	23	1.98
25088118--25088280	39	4.2	39	88	3	238	24	32	19	23	1.97
25092974--25093083	26	4.2	25	93	4	157	35	4	23	36	1.76
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25094703--25094842	54	2.6	55	87	2	185	18	25	22	33	1.97
25101198--25101308	40	2.8	39	81	9	109	23	27	24	24	2.00
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25111540--25111587	19	2.6	18	80	9	60	14	2	6	77	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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