genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.326.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  326  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102063219--102063303	40	2.2	40	84	2	109	30	31	20	17	1.95
102063744--102063769	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
102085604--102085765	39	4.2	39	91	1	254	24	32	19	23	1.98
102093574--102093736	39	4.2	39	93	0	272	24	32	20	22	1.98
102099824--102099985	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
102099832--102099987	77	2.0	78	93	1	269	22	32	20	25	1.98
102106055--102106216	39	4.2	39	92	1	263	24	32	20	22	1.98
102115559--102115635	6	12.5	6	70	10	57	50	15	16	16	1.78
102115559--102115635	31	2.5	31	84	0	91	50	15	16	16	1.78
102116141--102116497	27	13.2	27	85	2	439	41	7	21	29	1.81
102116141--102116497	81	4.4	81	88	1	491	41	7	21	29	1.81
102116523--102116597	27	2.8	27	80	10	73	33	10	14	41	1.81
102124866--102125083	40	5.4	40	85	1	240	23	26	23	26	2.00
102124893--102125084	79	2.4	81	84	2	253	23	27	22	26	2.00
102124866--102125083	119	1.8	121	84	4	298	23	26	23	26	2.00
102133277--102133468	40	4.8	40	84	0	222	24	26	22	26	2.00
102143534--102143570	10	3.7	10	92	7	58	37	10	18	32	1.86
102143540--102143590	21	2.4	21	86	0	66	37	11	19	31	1.88
102143850--102143921	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
102149704--102149833	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
102154252--102154287	10	3.6	10	92	7	56	38	11	16	33	1.84
102154270--102154309	21	1.9	21	89	0	62	37	10	20	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102154356--102154427	25	3.0	24	78	13	67	29	20	22	27	1.99
102160818--102160854	6	6.3	6	90	6	58	0	18	0	81	0.70
102164099--102164247	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
102164140--102164247	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
102166272--102166313	12	3.5	12	86	0	57	40	0	38	21	1.53
102173168--102173534	48	7.7	47	83	7	368	23	29	20	26	1.99
102173168--102173542	144	2.6	143	82	7	431	23	30	20	25	1.99
102173168--102173544	96	3.9	96	81	6	433	23	29	20	25	1.99
102180996--102181460	48	9.7	48	84	5	548	23	28	20	27	1.99
102189334--102189389	28	2.0	28	96	0	103	19	7	16	57	1.62
102193831--102194038	40	5.2	39	82	1	209	25	25	22	26	2.00
102193831--102194036	80	2.6	81	83	4	240	25	26	22	26	2.00
102197615--102197761	43	3.4	43	79	5	154	29	15	25	29	1.96
102206308--102206360	23	2.3	23	86	0	79	26	26	18	28	1.98
102209505--102209683	40	4.4	40	82	2	189	22	25	24	27	2.00
102212559--102212822	45	5.9	45	91	2	374	24	22	28	25	2.00
102213903--102214020	18	6.6	18	72	11	53	36	17	10	35	1.84
102213965--102214056	36	2.6	36	85	0	121	36	15	14	33	1.87
102213965--102214056	18	5.1	18	79	0	94	36	15	14	33	1.87
102214172--102214290	51	2.3	53	82	7	145	43	20	18	17	1.88
102219421--102219495	36	2.1	34	85	9	98	33	1	1	64	1.11
102220779--102220866	43	2.0	43	100	0	176	23	15	15	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102221118--102221165	15	3.3	15	76	5	53	62	4	0	33	1.14
102223060--102223106	23	2.0	23	95	0	85	19	17	12	51	1.77
102226327--102226396	21	3.4	21	70	18	74	22	7	22	47	1.76
102226325--102226406	41	2.0	41	100	0	164	24	9	21	43	1.83
102230076--102230186	54	2.1	52	85	6	143	36	14	1	46	1.55
102230490--102230522	15	2.1	16	88	5	50	42	6	0	51	1.26
102234307--102234356	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
102234706--102235349	76	8.5	76	81	1	574	22	20	16	40	1.91
102234705--102235355	152	4.3	152	81	1	651	21	20	16	40	1.91
102234706--102235355	228	2.9	228	81	1	714	22	20	16	40	1.91
102235314--102235394	39	2.2	36	80	6	90	24	24	16	34	1.95
102237454--102237498	15	3.1	14	78	9	54	28	11	2	57	1.45
102237453--102237502	16	3.2	16	77	11	59	34	12	2	52	1.50
102238100--102238133	17	2.0	17	94	0	59	29	14	11	44	1.81
102239384--102239412	12	2.4	12	100	0	58	51	0	34	13	1.42
102239404--102239490	3	29.0	3	100	0	174	66	0	33	0	0.92
102240325--102240398	37	2.0	37	100	0	148	35	5	21	37	1.77
102247048--102247215	40	4.2	40	76	6	162	24	22	27	25	1.99
102248786--102248834	21	2.3	21	96	0	89	38	24	28	8	1.84
102254913--102254988	30	2.5	30	86	0	107	27	26	9	36	1.87
102254973--102255050	30	2.6	30	91	0	138	19	26	11	42	1.85
102256478--102256641	42	4.0	42	78	6	165	31	24	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102258240--102258447	40	5.2	39	86	1	245	25	26	21	25	2.00
102268536--102268742	40	5.2	40	83	1	218	26	21	26	26	2.00
102268536--102268727	79	2.4	80	85	2	235	27	22	25	25	2.00
102279177--102279397	46	4.8	46	77	10	191	21	29	21	26	1.99
102279135--102279399	94	2.8	92	80	8	259	23	28	20	26	1.99
102280725--102280918	57	3.4	57	87	2	255	31	17	19	31	1.95
102294924--102294953	15	2.0	15	93	0	51	26	3	16	53	1.59
102305376--102305445	17	4.2	17	73	10	54	21	4	1	72	1.09
102310813--102311030	40	5.5	40	85	4	266	23	22	28	25	1.99
102316643--102316845	40	5.1	40	84	3	259	26	28	22	23	1.99
102322259--102322400	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
102322298--102322426	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
102325572--102325829	40	6.5	40	87	4	346	23	22	28	25	1.99
102327622--102327683	30	2.1	30	93	0	106	58	11	4	25	1.53
102327713--102327755	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
102327712--102327768	22	2.6	22	77	5	53	61	8	12	17	1.55
102328766--102328790	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
102342758--102342816	29	2.0	30	90	9	95	59	10	3	27	1.46
102347041--102347076	19	1.9	19	88	5	56	63	8	8	19	1.47
102349269--102349338	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
102349269--102349350	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
102357070--102357139	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102357070--102357151	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
102359675--102359744	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
102359675--102359756	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
102367923--102368050	40	3.2	40	78	4	116	25	23	27	23	2.00
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102375771--102375953	40	4.6	39	80	10	212	24	21	28	25	1.99
102377705--102377729	10	2.5	10	100	0	50	52	12	16	20	1.75
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102396744--102396784	21	2.0	21	100	0	82	48	9	2	39	1.49
102398917--102398941	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
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102406909--102407032	35	3.5	35	82	6	162	42	21	8	26	1.82
102413053--102413269	39	5.5	39	90	2	312	19	21	28	30	1.97
102413052--102413269	77	2.8	77	91	4	330	19	21	28	30	1.97
102419534--102419696	39	4.3	39	86	10	223	17	21	30	30	1.96
102419556--102419696	72	2.0	72	91	2	230	16	21	31	30	1.95
102419636--102419723	40	2.2	39	90	6	133	13	18	34	34	1.90
102423567--102423783	40	5.4	40	90	3	323	25	27	23	23	2.00
102427477--102427680	24	8.6	24	93	3	315	36	24	17	21	1.94
102427477--102427678	69	2.9	69	92	2	314	37	24	17	21	1.94
102427477--102427680	93	2.2	95	90	2	322	36	24	17	21	1.94
102438558--102438775	40	5.5	40	91	2	325	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102442402--102442565	40	4.1	40	82	1	186	25	28	22	23	2.00
102442402--102442565	80	2.0	80	83	4	206	25	28	22	23	2.00
102443894--102444080	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
102443917--102444080	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
102443917--102444114	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
102451460--102451646	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
102451483--102451646	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
102451483--102451680	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
102460868--102461034	40	4.2	40	82	2	194	25	26	22	25	2.00
102462895--102463022	30	4.4	30	86	8	165	32	13	25	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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