Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  379  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118217494--118217667
91
2.0
88
86
6
244
33
20
20
26
1.97
118217249--118217893
165
4.0
163
89
5
917
33
20
18
27
1.96
118216886--118217744
403
2.1
388
81
8
972
33
19
17
28
1.95
118217808--118217944
71
1.9
70
92
1
229
32
23
17
27
1.97
118217776--118218337
204
2.9
189
78
15
610
35
22
16
26
1.94
118218046--118218284
117
2.0
120
88
4
360
38
22
14
24
1.91
118218167--118218338
71
2.5
65
84
9
202
33
23
14
28
1.94
118228045--118228101
2
30.0
2
79
10
57
52
7
0
40
1.28
118228620--118228656
11
3.2
12
88
11
60
45
0
54
0
1.00
118228618--118228667
11
4.5
11
82
9
57
44
0
56
0
0.99
118228935--118228972
14
2.6
15
80
20
53
15
2
15
65
1.38
118228945--118228973
13
2.2
13
100
0
58
20
0
20
58
1.39
118228933--118229008
31
2.4
31
80
6
91
11
5
18
64
1.45
118229410--118229480
35
2.0
35
94
0
124
25
9
46
18
1.79
118233300--118233347
22
2.3
22
89
7
73
39
2
0
58
1.10
118234578--118235127
103
5.3
105
82
8
637
30
0
14
55
1.45
118234578--118235128
207
2.6
210
84
8
716
30
0
13
54
1.45
118237187--118237316
33
3.9
33
73
9
113
16
45
10
26
1.81
118237516--118237670
76
2.1
76
90
1
240
29
5
11
53
1.60
118240914--118240970
25
2.3
25
87
3
89
29
17
17
35
1.93
118241969--118242011
2
21.5
2
90
0
68
46
2
2
48
1.27
118244363--118244409
21
2.2
22
84
3
60
21
25
23
29
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118250329--118250364
18
2.0
18
94
0
63
38
13
22
25
1.91
118252338--118252395
25
2.3
25
96
0
107
36
5
34
24
1.78
118253438--118253506
17
4.2
16
74
17
61
69
0
21
8
1.15
118253442--118253513
11
6.7
10
71
13
54
69
0
23
6
1.12
118254345--118254376
6
5.3
6
92
0
55
18
15
15
50
1.79
118255335--118255390
22
2.5
22
85
5
69
23
32
26
17
1.97
118257682--118257734
21
2.5
22
76
11
56
32
18
7
41
1.79
118257982--118258091
58
1.9
58
81
5
134
29
21
20
29
1.98
118258335--118258380
17
2.7
18
76
10
60
19
15
21
43
1.87
118266842--118266890
25
2.0
25
87
0
71
26
26
20
26
1.99
118269338--118269371
17
2.0
18
88
11
54
50
0
8
41
1.34
118270633--118270661
14
2.1
14
100
0
58
58
6
0
34
1.25
118273235--118273362
61
2.1
61
88
0
184
23
17
36
21
1.95
118273411--118273445
18
2.0
18
88
5
54
14
28
40
17
1.88
118281753--118281792
9
4.3
9
93
6
71
22
0
22
55
1.44
118281755--118281792
19
2.0
19
100
0
76
21
0
21
57
1.40
118281922--118281965
23
1.9
23
81
9
54
29
11
6
52
1.63
118283057--118283126
33
2.1
33
94
0
122
30
18
15
35
1.92
118285276--118285316
15
2.8
15
96
3
75
21
7
17
53
1.67
118285437--118285613
50
3.5
50
92
0
282
35
16
22
26
1.95
118285589--118285767
31
5.8
31
90
2
279
27
19
27
25
1.99
118285880--118285992
42
2.7
42
91
0
172
30
15
24
28
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118286637--118286687
23
2.2
23
100
0
102
43
7
15
33
1.76
118295924--118296084
25
6.4
25
78
2
144
24
16
22
35
1.95
118295927--118296070
75
1.9
75
81
0
171
23
17
24
34
1.96
118295924--118296084
50
3.2
50
80
1
180
24
16
22
35
1.95
118300128--118300402
134
2.0
135
92
3
457
18
28
7
45
1.76
118304370--118304405
14
2.4
15
86
13
56
47
2
0
50
1.15
118311257--118311325
30
2.3
31
85
7
88
47
11
10
30
1.73
118311274--118311330
31
1.9
29
82
10
71
54
8
10
26
1.63
118314037--118314207
77
2.2
77
84
2
209
22
6
20
50
1.70
118314944--118314997
20
2.6
22
77
11
60
31
38
9
20
1.84
118315725--118315859
63
2.1
63
93
0
225
46
20
9
23
1.79
118318253--118318305
23
2.3
22
78
15
54
26
11
1
60
1.41
118319879--118319914
4
9.0
4
100
0
72
25
0
0
75
0.81
118324577--118324687
55
2.0
55
100
0
222
32
16
16
35
1.91
118333504--118333551
20
2.5
20
86
10
64
66
2
6
25
1.26
118334452--118334481
16
1.9
15
93
6
51
46
3
0
50
1.18
118335967--118336016
26
2.0
24
88
7
73
30
0
6
64
1.18
118336456--118336500
23
2.0
23
86
8
65
64
0
31
4
1.13
118358080--118358104
13
1.9
13
100
0
50
16
4
16
64
1.44
118358808--118358922
46
2.5
44
87
6
160
26
18
30
25
1.98
118362825--118363086
46
5.6
47
79
10
211
28
17
30
23
1.97
118362962--118363087
50
2.5
50
93
0
207
29
15
32
22
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118374257--118374524
46
5.7
46
75
15
203
27
19
30
23
1.98
118374256--118374617
94
3.9
91
76
13
269
27
18
29
24
1.98
118380419--118380525
39
2.7
39
85
2
142
27
20
28
24
1.99
118380425--118380563
40
3.5
40
86
2
174
24
21
29
24
1.99
118380424--118380588
79
2.1
79
78
6
174
24
21
27
26
1.99
118393333--118393508
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
118393329--118393500
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
118396421--118396489
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
118396412--118396499
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
118398882--118399057
46
3.8
45
80
12
214
20
21
29
28
1.98
118398878--118399049
93
1.8
93
94
0
308
20
21
30
27
1.98
118402229--118402257
13
2.2
13
100
0
58
17
34
34
13
1.89
118408742--118408997
40
6.4
40
93
1
378
23
22
27
26
2.00
118416802--118417076
40
6.9
40
91
1
412
24
20
27
27
1.99
118419794--118420073
47
5.9
47
76
10
250
25
18
31
24
1.98
118419800--118420021
99
2.3
91
84
7
275
25
18
31
25
1.98
118422527--118422894
184
2.0
184
99
0
727
28
10
20
41
1.84
118424365--118424418
28
1.9
28
92
0
90
33
24
20
22
1.97
118436853--118437019
46
3.6
48
78
14
138
23
29
20
26
1.99
118439725--118439848
29
4.3
29
87
2
169
37
12
20
29
1.89
118439725--118439848
57
2.2
57
86
1
167
37
12
20
29
1.89
118439830--118439914
29
2.9
29
82
6
118
37
11
28
22
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118439968--118440046
29
2.7
29
84
5
97
34
8
26
30
1.87
118443557--118443583
5
5.4
5
100
0
54
81
0
0
18
0.69
118443556--118443590
15
2.4
14
86
13
52
82
0
0
17
0.66
118447999--118448033
5
6.8
5
93
6
61
82
0
0
17
0.66
118454679--118454748
27
2.6
27
95
2
122
31
25
12
30
1.93
118458802--118458834
16
2.0
17
94
5
59
15
6
6
72
1.24
118458999--118459148
79
1.9
79
84
0
201
31
12
10
45
1.76
118460337--118460454
31
3.5
35
89
9
135
22
23
16
37
1.94
118460360--118460454
31
3.1
31
98
0
181
23
22
15
38
1.92
118460667--118460786
23
5.1
23
94
2
186
27
20
22
29
1.99
118460646--118460787
24
6.0
24
91
5
209
26
21
22
28
1.99
118460645--118460787
71
2.0
71
89
5
218
26
21
22
29
1.99
118460646--118460787
47
3.0
47
90
6
207
26
21
22
28
1.99
118460837--118460896
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
118460837--118460891
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
118460939--118460986
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
118468751--118468869
24
5.0
24
89
5
170
26
22
21
28
1.99
118468751--118468869
47
2.5
48
89
5
170
26
22
21
28
1.99
118468919--118468978
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
118468919--118468973
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
118469020--118469067
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
118471067--118471288
29
7.7
29
97
0
408
26
16
31
24
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118474592--118474942
49
7.4
49
89
7
526
27
9
32
29
1.89
118474700--118474775
38
2.0
38
97
0
143
25
11
31
31
1.91
118475044--118475116
37
2.0
37
94
0
128
24
17
34
23
1.96
118476708--118476746
20
1.9
21
84
5
53
33
23
10
33
1.88
118481304--118481378
29
2.6
29
87
2
107
26
14
29
29
1.95
118483135--118483251
28
4.2
28
91
0
171
28
33
16
22
1.95
118486631--118486698
33
2.1
33
100
0
136
35
14
22
27
1.93
118489869--118490114
40
6.2
40
90
3
358
25
23
26
25
2.00
118491244--118491315
29
2.4
29
90
4
108
15
13
40
30
1.86
118495498--118495595
28
3.5
28
76
8
108
17
19
33
29
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438