genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  123  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36274361--36274529	46	3.6	45	75	9	169	22	29	20	27	1.99
36279535--36279701	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
36279535--36279701	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
36280526--36280571	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
36287547--36287713	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
36287547--36287713	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
36288539--36288584	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
36289904--36289947	22	2.0	22	86	0	61	56	9	0	34	1.31
36297693--36297765	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
36297856--36297892	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
36304141--36304213	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
36311901--36312072	40	4.3	39	80	3	157	27	25	20	26	1.99
36311901--36312072	80	2.2	80	82	3	204	27	25	20	26	1.99
36319976--36320147	40	4.3	40	77	2	159	27	25	20	27	1.99
36323106--36323182	21	3.5	21	70	20	68	53	12	1	32	1.47
36323089--36323176	44	2.0	44	95	0	158	50	13	2	34	1.55
36323112--36323182	22	3.2	22	69	26	69	53	12	0	33	1.39
36328076--36328202	37	3.4	37	96	2	229	25	33	18	23	1.97
36328242--36328393	48	3.2	48	98	0	286	32	28	5	33	1.81
36328385--36328718	49	6.9	49	95	1	568	29	27	8	33	1.87
36332292--36332432	40	3.5	40	87	1	185	24	27	21	26	1.99
36334341--36334468	37	3.4	37	95	1	229	25	32	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36334508--36334659	48	3.2	48	98	0	286	32	28	5	33	1.81
36334651--36334983	49	6.9	49	94	3	568	29	27	9	33	1.87
36334651--36334983	96	3.5	96	91	4	546	29	27	9	33	1.87
36350658--36350802	24	6.0	24	72	12	102	31	13	27	27	1.94
36350658--36350802	73	2.0	70	84	7	184	31	13	27	27	1.94
36353541--36353686	40	3.7	40	83	0	166	25	27	21	26	1.99
36353573--36353724	40	3.8	40	82	5	155	23	25	21	28	1.99
36361143--36361202	30	2.0	30	100	0	120	43	23	10	23	1.83
36362686--36362714	15	1.9	15	100	0	58	17	0	0	82	0.66
36371505--36371759	55	4.8	53	79	8	261	36	18	24	21	1.95
36371512--36371712	108	1.8	110	89	4	318	34	18	24	21	1.96
36371944--36371984	20	2.0	20	90	0	64	43	0	19	36	1.51
36371950--36371980	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
36379030--36379284	55	4.8	54	80	9	278	36	17	25	21	1.95
36379037--36379237	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
36379474--36379504	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
36383727--36383838	43	2.6	42	84	5	154	29	17	25	27	1.98
36388577--36388652	3	27.0	3	76	10	72	67	0	28	3	1.09
36388585--36388655	23	3.1	23	78	19	85	67	0	29	2	1.05
36388591--36388644	26	2.1	26	85	0	72	68	0	29	1	1.00
36388577--36388657	32	2.5	32	82	11	112	67	0	28	3	1.07
36388957--36389023	23	2.7	26	78	19	63	47	4	7	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36393608--36393635	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
36394969--36395029	32	1.9	32	83	6	79	42	1	3	52	1.27
36396486--36396608	46	2.7	47	83	3	169	28	17	27	26	1.98
36396676--36396750	38	1.9	39	89	2	116	21	18	30	29	1.97
36398048--36398086	20	2.0	21	90	10	64	10	38	30	20	1.86
36402816--36402885	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
36407420--36407548	46	2.8	46	84	5	163	28	21	28	20	1.98
36407611--36407780	49	3.5	49	78	2	164	29	21	25	23	1.99
36410016--36410160	40	3.6	40	82	4	175	26	24	25	24	2.00
36417143--36417190	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
36420398--36420432	12	2.9	12	95	0	61	65	0	11	22	1.24
36420586--36420653	26	2.7	25	81	6	84	38	10	22	29	1.87
36420581--36420653	25	2.8	26	77	4	85	39	9	20	30	1.84
36430201--36430309	54	2.0	54	81	1	128	41	18	12	27	1.87
36431490--36431656	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
36439527--36439693	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
36444165--36444287	62	2.0	62	98	0	237	30	6	23	39	1.80
36446980--36447098	41	2.8	42	75	3	123	22	18	29	29	1.97
36451303--36451363	28	2.2	28	84	0	77	29	26	21	22	1.99
36451525--36451604	27	3.0	25	81	12	88	35	22	22	20	1.96
36455588--36455662	27	2.8	26	84	6	87	34	20	22	22	1.96
36459483--36459848	46	8.0	46	87	1	464	20	23	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36459483--36459838	138	2.6	138	88	0	525	19	23	14	41	1.89
36461692--36461739	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
36465038--36465100	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
36471218--36471421	40	5.1	40	88	1	275	22	20	29	27	1.99
36471214--36471425	80	2.7	80	88	2	311	23	20	28	27	1.99
36477035--36477119	40	2.1	40	88	0	125	29	18	28	23	1.98
36479637--36479728	3	30.7	3	84	4	123	33	3	1	61	1.19
36479706--36479987	136	2.1	137	81	9	326	30	4	4	60	1.38
36479700--36479955	142	1.8	142	81	10	326	31	4	4	59	1.36
36484290--36484503	27	7.9	27	81	1	191	38	21	9	30	1.85
36484270--36484401	54	2.4	54	89	0	192	38	25	8	27	1.84
36484298--36484528	54	4.3	54	83	0	246	39	19	9	31	1.84
36484297--36484503	81	2.6	81	81	1	236	39	19	10	30	1.85
36484313--36484563	27	9.3	27	76	9	91	39	20	8	31	1.83
36484555--36484847	27	10.9	27	85	1	356	36	19	20	24	1.95
36485075--36485153	27	2.9	27	83	9	90	21	21	17	39	1.93
36485376--36485423	20	2.4	20	78	0	60	12	18	31	37	1.88
36485207--36485445	98	2.4	98	90	0	388	21	19	25	33	1.97
36485467--36485547	27	3.0	27	85	5	94	18	23	22	35	1.95
36487423--36487574	48	3.2	48	96	0	277	32	28	5	33	1.80
36487566--36487946	49	7.9	49	92	3	639	29	27	9	33	1.89
36487770--36487843	22	3.3	22	64	17	62	28	27	10	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36487566--36487946	96	3.9	96	93	3	608	29	27	9	33	1.89
36487566--36487947	143	2.7	143	95	0	692	29	27	9	33	1.89
36492916--36493000	39	2.2	39	93	0	143	30	24	16	28	1.96
36503362--36503418	30	1.9	30	85	7	80	42	5	24	28	1.76
36506355--36506521	46	3.7	45	85	4	203	25	20	31	22	1.98
36506304--36506515	92	2.3	90	82	4	237	26	19	31	22	1.98
36506355--36506558	46	4.5	43	82	11	171	25	20	30	23	1.98
36506355--36506521	90	1.8	91	84	5	221	25	20	31	22	1.98
36509447--36509502	29	1.9	29	85	7	78	42	5	25	26	1.76
36512078--36512233	79	2.0	78	84	1	204	32	14	17	35	1.90
36512506--36512774	88	3.1	87	80	6	321	34	19	24	21	1.97
36514122--36514354	3	77.3	3	68	18	94	32	4	3	60	1.33
36519691--36519795	43	2.5	42	75	6	113	30	15	25	28	1.96
36529594--36529683	43	2.1	44	87	2	128	26	15	30	27	1.96
36529953--36530188	38	6.2	38	86	1	294	21	22	25	31	1.98
36530181--36530310	45	2.9	45	90	2	199	22	23	27	26	1.99
36538414--36538520	41	2.6	41	95	2	189	25	34	23	16	1.95
36539331--36539455	47	2.7	44	83	11	153	21	28	20	29	1.98
36546585--36546629	22	2.0	22	95	0	81	51	24	13	11	1.73
36546732--36546842	55	2.0	55	92	0	186	32	21	18	27	1.97
36548908--36548952	22	2.1	21	84	8	56	71	2	4	22	1.15
36556130--36556250	42	2.8	43	85	5	154	29	25	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36559230--36559438	46	4.5	46	76	8	176	22	28	18	30	1.97
36559270--36559439	94	1.8	92	85	7	236	21	28	18	31	1.97
36561000--36561082	37	2.2	37	91	0	130	20	32	22	24	1.98
36561200--36562080	47	18.3	47	88	6	1264	28	29	9	32	1.88
36561250--36561328	25	3.3	25	71	16	85	31	29	5	34	1.79
36561511--36561551	20	2.0	20	100	0	82	19	34	19	26	1.96
36561464--36561598	67	2.0	67	98	0	261	25	31	12	30	1.93
36561417--36561645	114	2.0	114	99	0	449	27	30	10	31	1.91
36564407--36564461	27	2.0	27	100	0	110	47	10	3	38	1.56
36567623--36567711	44	2.0	45	97	2	171	33	0	8	57	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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