genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  204  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63134655--63134805	6	24.3	6	66	20	71	48	17	17	17	1.82
63134664--63134805	31	4.5	31	87	4	187	48	16	17	16	1.81
63135211--63135701	27	18.3	27	84	2	558	26	19	17	36	1.94
63135686--63135811	27	4.7	27	81	3	119	28	9	21	40	1.84
63135685--63136026	81	4.2	80	73	5	240	32	9	20	38	1.85
63135683--63136032	54	6.5	54	74	7	237	32	9	20	37	1.85
63135804--63135863	27	2.2	27	96	0	111	38	3	23	35	1.71
63135877--63136026	27	5.6	27	80	9	189	31	10	19	39	1.84
63138468--63138834	27	13.6	27	87	0	491	24	19	19	36	1.95
63138819--63139159	27	12.6	27	76	7	160	31	7	21	39	1.82
63138468--63138888	81	5.2	81	84	1	461	25	18	19	36	1.94
63138818--63139159	81	4.2	81	75	3	258	31	7	21	39	1.82
63139018--63139159	54	2.6	54	88	2	214	30	9	20	39	1.84
63160644--63160791	39	3.8	39	87	1	199	29	27	19	24	1.99
63161860--63161885	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
63168490--63168635	39	3.8	39	82	3	172	30	25	18	25	1.98
63179168--63179324	41	3.7	43	81	5	165	28	25	17	28	1.98
63179168--63179327	45	3.7	43	80	7	155	28	25	18	27	1.98
63186008--63186120	40	2.8	41	81	4	140	28	21	26	23	1.99
63186096--63186221	40	3.2	40	84	0	153	24	22	26	26	2.00
63195408--63195632	40	5.6	40	87	4	319	26	27	22	23	2.00
63195408--63195632	83	2.8	82	88	4	327	26	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63202555--63202616	30	2.1	30	100	0	124	29	19	6	45	1.75
63210711--63210866	30	5.5	29	84	9	169	32	14	26	27	1.94
63210740--63210866	28	4.5	28	89	9	181	33	14	25	26	1.94
63218582--63218741	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
63218582--63218741	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
63223850--63224330	266	1.8	266	94	0	856	34	20	6	37	1.79
63225576--63225631	19	2.9	19	81	5	69	35	30	7	26	1.83
63228860--63229035	46	3.8	46	76	12	171	28	28	21	21	1.98
63228869--63229039	93	1.8	93	91	0	279	26	29	21	22	1.99
63228869--63229054	46	4.0	46	75	15	152	27	29	20	22	1.99
63242909--63242939	15	2.1	15	93	0	53	51	12	9	25	1.70
63247493--63247567	37	2.0	37	94	5	134	46	24	8	21	1.77
63263979--63264078	28	3.6	28	71	10	78	25	31	15	29	1.95
63264089--63264171	40	2.1	39	84	2	103	30	26	15	27	1.96
63266363--63266492	40	3.2	40	82	2	163	25	27	23	23	2.00
63266379--63266530	40	3.8	40	80	5	155	23	26	23	26	2.00
63266379--63266530	80	1.9	80	82	5	191	23	26	23	26	2.00
63277245--63277283	19	2.1	19	90	0	60	51	10	12	25	1.71
63277235--63277363	54	2.4	54	92	0	204	44	13	10	31	1.78
63279565--63279599	18	1.9	18	100	0	70	54	17	11	17	1.71
63279929--63280080	27	5.7	27	80	1	135	38	20	15	25	1.91
63279976--63280080	27	3.9	27	87	2	149	40	19	12	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63284042--63284298	40	6.5	40	78	5	245	36	30	17	15	1.91
63284068--63284298	79	2.9	80	76	11	240	37	30	17	14	1.90
63284071--63284291	119	1.9	120	83	2	293	36	31	17	14	1.90
63286180--63286346	46	3.6	47	82	8	157	22	28	20	28	1.99
63299738--63299841	53	2.0	53	96	0	190	27	22	12	37	1.90
63301332--63301403	31	2.3	31	97	0	135	27	25	16	30	1.97
63301427--63301518	42	2.2	42	90	0	139	35	21	13	29	1.91
63301663--63301837	26	6.8	26	86	0	237	29	23	21	25	1.99
63301663--63301837	52	3.4	52	92	1	291	29	23	21	25	1.99
63302637--63302705	27	2.6	27	86	4	86	24	27	15	31	1.96
63302756--63303058	27	11.3	27	77	6	161	31	9	19	39	1.84
63302869--63303044	26	6.6	27	80	4	137	29	8	19	42	1.81
63302868--63302991	53	2.4	52	81	5	142	29	9	19	41	1.83
63303010--63303138	27	4.8	27	87	1	134	41	6	19	32	1.78
63302972--63303149	27	6.6	27	84	1	106	35	6	21	37	1.78
63305394--63305468	31	2.4	31	97	0	141	26	25	18	29	1.98
63305492--63305583	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
63305728--63305897	26	6.8	26	86	6	237	27	23	23	25	2.00
63305728--63305897	51	3.4	51	92	5	285	27	23	23	25	2.00
63306690--63306781	27	3.5	25	85	8	112	20	25	19	34	1.96
63306923--63307098	27	6.7	26	81	4	183	28	7	20	42	1.80
63306812--63307111	27	11.2	26	75	7	181	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63307090--63307217	53	2.4	53	89	3	188	42	9	20	28	1.83
63307090--63307217	26	4.9	27	92	4	190	42	9	20	28	1.83
63309275--63309378	53	2.0	53	96	0	190	27	22	12	37	1.90
63310874--63310946	31	2.4	31	95	2	130	27	24	16	31	1.96
63310970--63311061	42	2.2	42	90	3	141	33	21	14	30	1.93
63311205--63311352	25	5.8	26	91	0	221	27	24	23	25	2.00
63312154--63312246	27	3.4	27	82	2	98	21	23	17	37	1.94
63312276--63312581	27	11.3	27	78	5	181	30	9	20	39	1.84
63312415--63312567	80	1.9	80	82	5	193	28	8	20	42	1.81
63312276--63312599	54	6.0	54	73	6	224	31	8	20	39	1.83
63312559--63312688	27	4.9	27	89	1	163	41	8	20	29	1.82
63312559--63312688	53	2.4	54	88	1	181	41	8	20	29	1.82
63314795--63314881	44	2.0	44	82	8	106	33	13	19	33	1.91
63322145--63322400	49	5.3	49	94	0	403	31	7	31	29	1.86
63324696--63324759	31	2.1	31	100	0	128	39	12	21	26	1.89
63331399--63331458	9	6.7	9	76	16	54	13	10	0	76	1.01
63331403--63331441	14	2.9	14	82	17	55	12	7	0	79	0.93
63331390--63331464	24	3.3	22	75	17	73	14	10	0	74	1.07
63331399--63331464	20	3.1	20	84	8	69	15	9	0	75	1.03
63340850--63340914	16	4.4	16	66	25	52	23	23	1	52	1.56
63340854--63340892	15	2.6	14	80	11	51	23	23	0	53	1.46
63340838--63340920	43	1.9	43	90	0	130	27	20	1	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63344872--63345056	79	2.3	82	85	7	256	24	21	27	27	1.99
63344872--63345056	40	4.7	40	89	5	252	24	21	27	27	1.99
63344872--63345089	79	2.7	79	79	14	252	25	21	27	26	1.99
63344872--63345089	119	1.8	119	82	7	282	25	21	27	26	1.99
63352939--63353124	40	4.7	40	88	5	252	24	21	26	26	1.99
63352939--63353147	80	2.6	80	83	6	257	25	21	26	26	1.99
63355696--63355854	43	3.7	43	76	12	157	30	25	18	25	1.98
63357022--63357245	111	2.0	111	100	0	448	26	24	18	30	1.98
63363797--63363840	23	1.9	23	95	0	79	18	6	15	59	1.58
63363898--63363930	15	2.2	15	100	0	66	24	6	18	51	1.68
63363918--63363966	22	2.2	22	85	0	62	30	20	14	34	1.92
63364596--63364637	15	2.6	17	77	14	52	50	0	0	50	1.00
63367312--63367483	93	1.8	93	91	0	281	22	21	27	27	1.99
63367316--63367490	46	3.8	46	75	10	176	22	21	28	28	1.99
63369423--63369479	28	2.0	28	100	0	114	29	14	17	38	1.89
63385360--63385577	40	5.5	39	83	7	217	23	26	23	26	2.00
63385360--63385579	79	2.7	79	83	2	262	23	26	23	26	2.00
63393456--63393676	40	5.5	40	85	4	241	24	25	23	26	2.00
63394816--63395036	40	5.5	40	85	4	241	24	25	23	26	2.00
63398960--63399023	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
63399215--63399357	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
63399215--63399356	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63399214--63399357	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
63399407--63399467	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
63399510--63399557	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63407664--63407737	34	2.2	34	90	4	114	29	24	24	21	1.99
63410160--63410257	44	2.3	42	82	8	117	24	20	24	30	1.98
63410161--63410319	43	3.7	43	73	10	146	23	18	26	30	1.98
63416736--63416903	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
63416752--63416901	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
63420069--63420124	16	3.1	19	67	17	55	33	21	10	33	1.88
63424202--63424315	43	2.7	43	78	9	119	21	20	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438