genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.404.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  404  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125839870--125839916	24	2.0	24	83	8	60	40	2	0	57	1.11
125844082--125844156	38	2.0	38	86	0	105	40	13	6	40	1.71
125844816--125844859	24	1.9	22	86	9	61	61	0	2	36	1.09
125845876--125845907	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
125846599--125846626	3	9.3	3	100	0	56	32	67	0	0	0.91
125850295--125850669	81	4.6	81	80	0	329	38	20	9	31	1.85
125850302--125850591	27	10.7	27	86	0	337	39	19	9	32	1.83
125850554--125850642	27	3.3	26	72	7	79	37	24	7	30	1.84
125850627--125851063	27	16.3	27	90	0	653	33	19	21	24	1.97
125851490--125851554	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
125851713--125851814	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
125851975--125852034	6	9.8	6	77	16	61	18	20	16	45	1.86
125851981--125852034	25	2.2	23	87	9	72	16	20	16	46	1.84
125851965--125852025	31	2.0	31	93	0	104	18	21	14	45	1.84
125853981--125854189	27	7.7	27	87	0	292	39	20	9	31	1.84
125853981--125854293	27	11.6	27	81	0	259	38	21	8	31	1.83
125854279--125854581	27	11.3	27	86	1	376	34	18	20	26	1.96
125855008--125855063	22	2.5	22	77	11	69	19	23	21	35	1.96
125855231--125855332	27	3.8	26	83	5	114	19	20	20	39	1.93
125855469--125855542	31	2.4	31	81	2	94	18	17	13	50	1.79
125857509--125857683	46	3.8	46	76	13	178	28	28	21	21	1.99
125857516--125857688	93	1.9	93	91	0	283	27	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125861508--125861690	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
125874419--125874446	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
125877946--125878007	32	1.9	32	96	0	115	29	9	22	38	1.86
125886175--125886202	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
125892475--125892596	61	2.0	61	100	0	244	31	14	31	22	1.94
125895169--125895199	15	2.1	15	100	0	62	48	19	19	12	1.81
125896623--125896665	18	2.4	18	88	0	59	9	13	6	69	1.35
125897142--125897198	27	2.1	28	90	3	89	42	7	7	43	1.58
125897291--125897322	15	2.0	17	88	11	50	56	9	3	31	1.47
125897458--125897496	17	2.3	17	86	8	53	69	5	2	23	1.21
125897566--125897597	9	3.6	9	91	0	55	56	0	0	43	0.99
125897771--125897797	13	2.1	13	100	0	54	44	7	0	48	1.31
125898184--125898239	22	2.5	23	86	11	73	35	3	0	60	1.14
125898203--125898252	23	2.2	22	85	3	64	34	4	0	62	1.14
125902132--125902225	18	5.4	18	92	3	131	36	25	9	28	1.87
125902132--125902212	9	9.0	9	70	0	54	34	27	9	28	1.89
125912624--125912657	14	2.4	14	90	0	50	14	17	0	67	1.23
125912952--125913001	12	3.7	13	80	17	57	18	12	0	70	1.17
125913972--125914022	16	3.2	16	97	0	93	52	13	11	21	1.72
125914941--125914974	16	2.1	17	94	5	61	23	11	0	64	1.26
125915649--125915679	15	2.1	15	100	0	62	67	0	12	19	1.22
125934940--125935070	30	4.5	30	83	8	153	27	25	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125939634--125939709	24	3.4	21	81	17	66	77	2	3	15	1.03
125939634--125939709	22	3.4	22	78	14	75	77	2	3	15	1.03
125939634--125939699	20	3.2	20	80	18	64	78	3	4	13	1.02
125939849--125939886	4	9.8	4	83	16	53	76	0	0	23	0.79
125939843--125939885	15	2.9	14	83	16	52	76	0	0	23	0.78
125939842--125939887	22	2.1	21	92	8	74	78	0	0	21	0.76
125944042--125944089	17	2.9	17	87	6	64	33	0	0	66	0.92
125947693--125947745	27	2.0	25	82	13	63	28	9	5	56	1.54
125947755--125947807	27	2.0	27	85	14	74	33	11	0	54	1.36
125947755--125947813	27	2.2	27	82	14	70	33	11	0	54	1.37
125953202--125953234	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
125953515--125953728	46	4.7	46	82	1	241	20	24	15	39	1.92
125953520--125953728	92	2.3	92	87	0	283	20	24	15	39	1.91
125953707--125953744	16	2.4	16	95	0	67	23	26	15	34	1.95
125953660--125953790	62	2.1	62	95	0	235	24	23	15	36	1.93
125953614--125953809	108	1.8	108	90	0	320	23	23	14	37	1.92
125953722--125953809	46	1.9	46	95	0	158	27	22	13	36	1.92
125963725--125964530	177	4.6	177	92	0	1319	30	18	21	29	1.97
125966139--125966191	27	2.0	25	82	13	63	28	9	5	56	1.54
125967603--125967787	50	3.7	50	75	10	182	35	20	23	20	1.96
125967557--125967770	100	2.1	100	78	0	239	35	19	23	21	1.96
125968567--125968613	21	2.2	21	92	0	76	70	25	0	4	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125971219--125971254	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
125979409--125979583	71	2.5	70	84	1	217	29	13	22	34	1.92
125979583--125979748	72	2.3	71	87	6	237	22	14	21	42	1.88
125979681--125980029	140	2.5	140	95	0	617	23	16	21	38	1.93
125979821--125980240	212	2.0	211	95	0	759	23	16	21	37	1.93
125979555--125980380	352	2.4	352	94	0	1460	24	16	20	38	1.93
125979961--125980100	72	2.0	71	89	1	217	21	15	24	38	1.92
125980033--125980660	140	4.5	140	96	1	1141	25	17	20	37	1.93
125980498--125980531	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
125980668--125980805	72	1.9	72	98	0	267	31	16	18	34	1.93
125980759--125980854	49	2.0	49	95	0	174	31	16	19	32	1.94
125980687--125980923	121	2.0	121	93	0	411	31	16	18	33	1.93
125980808--125981161	75	4.7	75	85	4	410	30	17	19	32	1.95
125981083--125981255	94	1.8	94	86	2	249	27	20	19	31	1.97
125981177--125981751	88	7.0	77	71	18	356	28	16	18	36	1.93
125981177--125981380	79	2.6	77	85	1	264	30	19	19	30	1.96
125980935--125981751	255	3.3	241	82	7	884	28	17	19	34	1.94
125981522--125981583	30	2.1	30	88	11	92	19	9	27	43	1.82
125982843--125982875	17	1.9	17	93	0	57	12	27	51	9	1.69
125986479--125986544	26	2.5	26	78	9	80	39	18	4	37	1.71
125986954--125987010	18	3.2	18	67	5	53	21	12	14	52	1.73
125991106--125991189	26	3.2	26	96	0	150	34	4	23	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125993620--125993650	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
125993805--125993880	25	3.1	24	79	11	66	57	5	0	36	1.21
125993812--125993873	31	2.0	30	84	9	81	58	4	0	37	1.20
125993828--125993880	17	2.9	19	80	11	58	56	1	0	41	1.10
125994632--125994690	27	2.1	29	78	12	70	50	0	49	0	1.00
125994644--125994688	22	2.0	23	91	4	74	51	0	48	0	1.00
125994801--125994835	16	2.1	17	89	5	54	17	0	0	82	0.66
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125997780--125997813	17	2.0	17	88	0	50	29	2	5	61	1.34
125998001--125998087	35	2.5	35	96	0	156	35	8	14	41	1.76
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126002934--126003006	9	7.8	9	74	10	58	63	0	1	35	1.04
126002942--126003008	18	3.6	18	86	11	91	62	0	1	35	1.04
126002926--126003008	28	3.0	26	80	15	87	65	0	1	33	1.01
126002930--126003008	19	4.1	19	76	17	83	63	0	1	35	1.03
126003291--126003438	30	5.1	29	79	8	133	33	18	2	44	1.64
126003291--126003458	60	2.9	58	83	4	194	34	19	2	42	1.67
126003291--126003458	30	5.7	29	77	8	126	34	19	2	42	1.67
126004014--126004135	37	3.0	40	77	12	124	18	1	36	44	1.59
126004443--126004519	40	2.0	38	84	5	100	35	2	3	58	1.30
126004914--126005100	25	8.0	23	67	23	99	33	9	4	52	1.54
126004921--126005100	94	1.9	93	81	10	215	33	10	4	51	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126017375--126017846	78	6.0	78	85	4	567	29	17	19	33	1.95
126017375--126017801	155	2.7	156	84	4	574	29	17	20	32	1.95
126018030--126018194	30	5.6	29	79	6	145	36	20	1	41	1.63
126018030--126018195	60	2.8	59	80	10	187	36	20	1	41	1.63
126018150--126018204	28	1.9	29	88	3	85	41	14	5	38	1.69
126018736--126018814	40	1.9	41	87	5	115	22	1	32	43	1.62
126018735--126018876	37	3.5	41	77	12	143	17	2	36	42	1.64
126019203--126019246	15	2.6	19	73	26	53	34	0	4	61	1.16
126019699--126019788	25	3.6	25	78	13	94	33	7	4	54	1.49
126021062--126021095	18	1.9	18	94	5	61	23	0	5	70	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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