genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.372.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  372  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115875267--115875311	23	2.0	23	100	0	90	46	13	0	40	1.43
115875910--115875939	7	4.1	7	91	8	51	16	0	0	83	0.65
115875910--115875939	15	2.1	14	93	6	51	16	0	0	83	0.65
115876209--115876253	23	2.0	23	90	0	72	51	2	2	44	1.26
115879099--115879142	23	1.9	23	90	0	70	50	22	15	11	1.76
115883838--115883893	28	2.0	28	100	0	112	35	28	3	32	1.74
115886137--115886162	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
115886202--115886256	27	2.0	27	100	0	110	45	10	7	36	1.67
115905187--115905249	31	2.0	31	93	0	108	30	25	9	34	1.88
115906476--115906624	41	3.6	41	84	1	181	21	31	16	30	1.95
115912277--115912327	24	2.1	24	100	0	102	25	27	11	35	1.91
115913835--115914192	46	7.6	47	74	14	217	24	27	19	27	1.99
115913879--115914192	48	6.7	46	74	11	203	24	27	20	28	1.99
115913978--115914192	94	2.3	94	86	1	297	24	26	19	29	1.98
115920325--115920364	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
115921405--115921579	94	1.9	93	83	4	226	24	28	18	28	1.98
115927121--115927341	46	4.8	45	79	13	213	25	30	18	26	1.98
115927079--115927342	46	5.7	46	76	16	187	25	29	17	27	1.98
115940398--115940430	8	4.2	8	88	7	50	51	0	3	45	1.16
115940397--115940432	15	2.4	15	95	0	63	47	0	2	50	1.15
115945019--115945086	28	2.3	29	79	18	79	55	2	0	41	1.15
115950461--115950570	41	2.7	41	78	5	114	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115952993--115953156	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
115952993--115953190	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
115966933--115966963	15	2.0	16	93	6	55	16	32	6	45	1.72
115972271--115972373	48	2.1	48	83	0	125	28	14	28	29	1.95
115979711--115979781	36	2.0	36	97	0	133	26	25	5	42	1.77
115991319--115991378	30	2.0	30	87	6	86	43	6	21	28	1.78
115995363--115995415	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
115997686--115997813	40	3.2	40	81	9	165	27	26	20	25	1.99
115997691--115997865	40	4.4	39	77	10	160	26	25	21	26	1.99
115997686--115997865	78	2.3	80	80	9	199	27	25	20	26	1.99
116005818--116005961	60	2.4	61	81	8	170	27	27	18	26	1.98
116008469--116008544	3	25.0	3	97	2	143	67	0	0	32	0.91
116010359--116010394	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
116010498--116010702	56	3.8	56	86	3	276	25	15	24	34	1.94
116010530--116010731	112	1.8	112	83	0	269	26	14	23	34	1.94
116015538--116015601	34	1.9	33	87	3	92	18	25	26	29	1.98
116018957--116019041	44	1.9	44	100	0	170	38	12	4	43	1.64
116025156--116025300	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
116028326--116028385	25	2.4	25	88	0	84	35	18	20	26	1.95
116028312--116028392	25	3.2	25	77	5	83	34	18	23	23	1.96
116030482--116030567	42	2.0	42	82	4	102	32	26	16	24	1.96
116033489--116033525	19	2.0	18	89	5	56	78	2	18	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116034922--116035104	39	4.7	40	82	8	198	25	27	22	24	2.00
116034922--116035104	78	2.3	80	82	10	225	25	27	22	24	2.00
116042984--116043165	79	2.3	80	84	8	230	25	28	22	24	2.00
116042982--116043165	40	4.6	41	82	9	213	25	28	22	23	1.99
116046354--116046412	28	2.1	29	87	3	84	67	1	1	28	1.10
116049599--116049627	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
116050533--116050584	18	2.8	18	82	2	59	21	0	11	67	1.22
116059438--116059561	45	2.8	45	88	2	178	27	28	22	21	1.99
116059554--116059724	38	4.5	39	86	5	217	33	25	20	20	1.97
116060021--116060155	43	3.1	44	82	6	175	28	28	17	25	1.98
116061365--116061443	39	2.0	39	90	0	122	32	24	18	24	1.97
116068206--116068325	46	2.6	47	85	5	154	25	22	15	36	1.93
116073870--116074435	275	2.1	275	99	0	1123	28	14	19	37	1.91
116079558--116079923	48	7.7	48	71	15	208	24	29	17	27	1.98
116079756--116079926	94	1.8	93	87	5	256	24	28	18	29	1.98
116079560--116079923	140	2.5	145	80	8	392	25	29	17	27	1.97
116087864--116087908	21	2.1	21	84	8	56	37	4	8	48	1.55
116090473--116090670	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
116090539--116090656	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
116090507--116090670	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
116098038--116098235	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
116098104--116098221	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116098072--116098235	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
116099811--116099946	65	2.1	66	95	1	247	47	12	14	25	1.79
116110451--116110633	29	6.6	28	82	9	187	25	16	32	25	1.96
116117849--116118009	29	5.6	29	88	1	216	24	16	32	26	1.96
116124455--116124498	12	3.7	12	84	0	52	72	0	6	20	1.07
116124455--116124498	18	2.4	18	88	0	61	72	0	6	20	1.07
116134411--116134443	16	2.1	16	100	0	66	18	6	24	51	1.68
116139014--116139051	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
116152105--116152129	13	1.9	13	100	0	50	16	20	24	40	1.91
116156383--116156462	39	2.1	39	95	0	142	28	23	21	26	1.99
116160329--116160444	40	2.9	40	89	3	164	26	29	22	21	1.99
116163526--116163605	39	2.1	39	95	0	142	28	23	21	26	1.99
116171240--116171353	43	2.7	43	82	10	160	29	28	18	23	1.98
116180655--116180984	43	7.7	43	83	3	405	29	27	16	25	1.97
116182783--116182963	40	4.5	40	89	2	238	27	25	22	24	2.00
116194956--116194988	8	4.1	8	92	0	57	48	24	24	3	1.65
116195623--116195668	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
116196626--116196659	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
116196820--116196885	29	2.3	28	84	5	78	24	22	12	40	1.88
116197145--116197253	53	2.1	53	82	6	132	25	22	11	40	1.88
116199165--116199352	49	3.8	49	85	2	259	28	26	18	26	1.98
116199170--116199366	100	2.0	101	92	2	333	28	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116200546--116200612	30	2.2	30	94	0	116	26	38	22	11	1.89
116200765--116200803	17	2.2	17	86	13	53	48	15	2	33	1.58
116211211--116211250	14	2.9	14	78	14	55	50	0	0	50	1.00
116216451--116216529	29	2.6	29	86	6	86	31	2	13	51	1.55
116216472--116216529	29	2.0	30	93	3	100	31	0	13	55	1.39
116216668--116216754	31	2.9	29	76	10	86	48	8	6	36	1.60
116217214--116217258	19	2.4	19	96	0	81	28	20	15	35	1.93
116224388--116224439	19	2.7	20	78	3	61	65	0	0	34	0.93
116224387--116224447	28	2.2	28	82	5	70	65	1	0	32	1.02
116231120--116231169	26	1.9	26	91	0	82	34	22	26	18	1.96
116239329--116239472	72	2.0	72	91	0	234	27	21	13	37	1.91
116240277--116240329	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
116246582--116246712	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
116246581--116246712	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
116254401--116254455	24	2.3	23	79	14	58	30	32	16	20	1.94
116261414--116261449	18	1.9	19	88	5	56	44	2	19	33	1.65
116266765--116266918	43	3.6	43	78	11	156	21	18	27	33	1.96
116273816--116273974	43	3.7	42	81	7	160	23	17	27	30	1.97
116275415--116275530	43	2.8	43	75	12	125	31	15	22	31	1.95
116276023--116276141	56	2.1	56	93	1	202	19	13	25	42	1.87
116276158--116276187	14	2.1	14	100	0	60	43	13	6	36	1.70
116276218--116276285	35	2.0	34	82	2	82	26	4	26	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116281259--116281283	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
116288539--116288573	14	2.4	14	85	4	52	37	0	0	62	0.95
116288747--116288775	14	2.0	15	93	6	51	41	0	13	44	1.44
116288752--116288801	17	3.1	17	88	8	70	36	2	20	42	1.63
116293167--116293333	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
116301147--116301314	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
116310525--116310692	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
116319884--116320051	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
116328519--116328555	18	2.1	17	90	5	56	48	2	8	40	1.47
116328751--116328828	41	1.9	41	81	5	95	29	24	15	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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