genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  314  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98077525--98077642	42	2.7	43	83	11	136	33	22	16	27	1.96
98077549--98077669	44	2.8	44	83	6	131	32	23	17	27	1.96
98095960--98096127	46	3.7	45	85	6	207	27	18	29	23	1.98
98095960--98096130	90	1.9	91	85	9	242	27	18	30	23	1.98
98100183--98100294	31	3.6	31	93	1	190	28	27	16	26	1.97
98100321--98100454	42	3.2	42	94	0	241	33	18	15	32	1.93
98100602--98100667	25	2.6	25	83	4	80	27	25	25	21	1.99
98101482--98101546	27	2.4	27	85	10	80	23	21	15	40	1.91
98101599--98101696	27	3.6	26	76	15	90	33	8	17	40	1.79
98101673--98101783	27	4.1	27	78	6	109	30	8	22	38	1.83
98101683--98101825	27	5.3	26	72	15	87	29	12	23	34	1.91
98101817--98102014	27	7.3	27	87	0	279	40	9	23	26	1.85
98101817--98102014	81	2.4	81	96	0	360	40	9	23	26	1.85
98103905--98103944	19	2.1	19	90	0	62	20	15	27	37	1.92
98106894--98107044	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
98106934--98107060	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
98108540--98108569	15	2.0	15	93	0	51	36	10	26	26	1.88
98114470--98114515	3	15.3	3	100	0	92	0	32	0	67	0.91
98114514--98114602	3	29.7	3	97	0	169	31	1	0	67	0.98
98114470--98114615	9	16.2	9	95	0	76	19	14	0	66	1.25
98117573--98117803	40	5.8	40	89	0	329	22	21	29	26	1.99
98117573--98117829	80	3.2	80	87	2	331	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98119656--98119713	30	2.0	29	83	10	73	50	13	3	32	1.59
98122419--98122592	25	7.0	25	91	0	285	28	11	11	48	1.74
98123427--98123736	45	7.0	45	89	1	448	23	21	27	27	1.99
98128491--98128747	40	6.5	40	86	1	313	26	28	21	23	1.99
98130481--98130533	26	2.0	26	96	0	97	30	20	9	39	1.84
98132541--98132667	45	2.9	44	81	8	127	24	26	22	25	2.00
98132984--98133214	43	5.4	43	86	3	308	29	32	23	14	1.94
98133002--98133193	85	2.2	86	88	1	296	30	31	24	13	1.93
98133186--98133269	38	2.2	38	84	0	114	33	27	19	20	1.96
98150115--98150141	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
98156442--98156622	40	4.5	40	87	1	238	25	28	21	24	1.99
98156421--98156622	80	2.5	79	82	4	244	27	28	20	23	1.99
98172610--98172643	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
98174988--98175027	21	1.9	21	100	0	80	35	27	7	30	1.84
98177169--98177200	13	2.4	14	90	10	50	50	0	3	46	1.17
98178548--98179168	126	5.0	126	88	1	879	37	13	19	29	1.90
98178548--98179168	250	2.5	251	89	0	929	37	13	19	29	1.90
98182262--98182360	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
98186759--98186857	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
98194435--98194533	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
98200683--98200759	37	2.1	37	100	0	154	24	23	10	41	1.85
98203259--98203301	15	2.9	15	80	19	54	44	9	6	39	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98215029--98215211	40	4.6	40	82	3	172	22	26	22	27	1.99
98224260--98224443	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
98226161--98226370	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
98231455--98231484	13	2.3	13	100	0	60	26	36	20	16	1.93
98236176--98236227	26	2.0	26	100	0	104	30	11	26	30	1.92
98238227--98238450	40	5.6	40	88	4	310	23	22	27	26	2.00
98244946--98244989	21	2.2	20	88	12	63	9	0	34	56	1.31
98254768--98254828	23	2.5	25	84	12	74	27	16	18	37	1.92
98261740--98261877	69	2.0	69	97	0	258	22	31	28	18	1.97
98279842--98280310	179	2.6	179	88	1	672	29	22	18	28	1.98
98299516--98299559	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
98303307--98303367	30	2.0	30	100	0	122	42	19	6	31	1.77
98304402--98304442	19	2.2	19	95	0	73	53	19	9	17	1.70
98311250--98311302	27	1.9	28	84	3	72	33	18	26	20	1.96
98328589--98328708	43	2.8	42	81	2	150	29	25	15	30	1.95
98334458--98334513	28	2.0	28	85	3	76	21	23	37	17	1.94
98341672--98341704	15	2.2	15	100	0	66	30	6	6	57	1.47
98344995--98345109	55	2.1	56	82	11	139	35	21	23	19	1.96
98345020--98345109	27	3.2	27	83	13	112	33	23	23	20	1.97
98349705--98349734	15	2.0	15	93	0	51	36	3	0	60	1.14
98353439--98353605	40	4.2	40	78	4	151	23	25	23	27	2.00
98353458--98353603	79	1.9	78	83	9	190	21	26	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98361312--98361479	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
98363919--98363986	25	2.7	25	90	0	100	25	25	23	26	2.00
98365260--98365313	15	3.3	15	74	18	54	46	0	0	53	1.00
98365275--98365311	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
98365394--98365449	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
98365931--98366003	36	2.0	36	100	0	146	35	5	8	50	1.55
98379396--98379564	46	3.7	44	77	13	137	26	17	31	24	1.97
98379681--98379773	45	2.1	45	97	0	177	34	10	22	32	1.89
98396647--98396809	71	2.3	70	96	1	299	19	29	18	33	1.95
98396647--98396842	71	2.8	68	87	6	218	20	29	17	31	1.96
98404225--98404388	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
98404225--98404422	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
98407367--98407692	48	6.8	47	72	8	237	23	27	19	28	1.99
98407367--98407697	96	3.4	96	84	3	418	23	28	19	28	1.99
98409264--98409300	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
98412742--98412772	16	1.9	16	93	0	53	19	12	35	32	1.90
98417560--98417589	8	3.8	8	90	0	51	50	0	10	40	1.36
98418235--98418308	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
98423989--98424089	28	3.5	28	84	4	121	29	24	15	29	1.96
98431664--98431762	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
98436054--98436128	33	2.4	30	89	8	98	45	6	13	34	1.70
98436066--98436131	33	2.0	32	100	0	114	48	6	15	30	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98436124--98436148	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
98439309--98439342	16	2.1	16	94	0	59	26	0	2	70	1.01
98441360--98441418	26	2.3	25	80	13	66	37	23	10	28	1.88
98441525--98441640	28	4.2	28	84	2	146	17	24	21	37	1.94
98443649--98443676	13	2.2	13	100	0	56	28	0	0	71	0.86
98444677--98444739	26	2.6	25	77	7	67	4	30	0	65	1.13
98447212--98447375	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
98447212--98447409	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
98454790--98454951	70	2.3	70	100	0	324	19	28	17	34	1.95
98456730--98456771	21	2.0	20	86	4	57	26	23	38	11	1.90
98457804--98458024	47	4.7	48	83	10	255	24	30	17	26	1.97
98457804--98458024	94	2.3	93	86	5	284	24	30	17	26	1.97
98460616--98460657	14	3.0	14	80	13	50	47	0	0	52	1.00
98460691--98460729	20	2.0	20	94	0	69	51	2	0	46	1.14
98466079--98466126	25	1.9	25	100	0	96	43	10	20	25	1.83
98473860--98473891	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
98473982--98474009	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
98474018--98474093	16	4.8	16	69	13	50	55	5	3	35	1.41
98474112--98474142	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
98474668--98474719	27	2.0	27	92	7	90	3	3	26	65	1.27
98474678--98474738	29	2.0	31	87	12	90	3	3	18	75	1.08
98477021--98477082	11	5.8	10	79	9	61	45	0	27	27	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98478582--98478618	16	2.2	18	90	9	60	59	5	0	35	1.20
98485110--98485140	13	2.4	13	100	0	62	41	0	12	45	1.42
98486503--98486712	105	2.0	105	95	1	377	36	22	8	32	1.84
98492161--98492199	21	1.9	20	84	5	51	48	0	7	43	1.31
98499417--98499812	197	2.0	197	99	0	783	38	20	13	27	1.90
98503158--98503242	40	2.1	40	84	4	109	32	17	14	35	1.90
98521044--98521155	56	2.0	56	94	0	197	35	23	11	29	1.90
98522933--98523007	25	3.0	25	100	0	150	52	4	12	32	1.57
98528512--98528671	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
98533942--98534098	68	2.3	68	83	5	194	41	17	14	26	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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