genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  182  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56140458--56140520	26	2.4	26	86	7	92	26	7	28	36	1.85
56147669--56147818	40	3.8	40	77	12	132	26	24	26	22	2.00
56147708--56147834	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
56152076--56152176	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
56152076--56152226	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
56152072--56152243	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
56160069--56160239	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
56165406--56165634	50	4.6	50	80	6	259	26	17	26	29	1.97
56165410--56165680	149	1.8	150	82	3	357	26	16	27	29	1.97
56167482--56167641	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
56167482--56167641	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
56175452--56175611	29	5.5	30	86	8	213	28	25	13	33	1.94
56182455--56182662	40	5.2	40	82	1	231	26	25	22	25	2.00
56189516--56189558	21	2.0	21	95	0	77	30	27	2	39	1.69
56189666--56189723	29	2.0	29	89	0	89	27	24	10	37	1.88
56190147--56190221	31	2.4	31	81	2	87	58	20	6	14	1.58
56190449--56190534	21	4.1	21	79	5	84	5	50	16	27	1.68
56190480--56190546	21	3.2	20	77	8	62	4	47	19	28	1.68
56196050--56196294	9	27.0	9	65	14	76	35	3	15	44	1.65
56196067--56196308	74	3.3	73	88	4	335	35	3	15	45	1.64
56196087--56196288	18	11.0	18	66	17	85	36	4	15	44	1.67
56196562--56197332	106	7.4	106	91	2	1229	54	4	5	35	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56196562--56197332	209	3.7	208	91	3	1192	54	4	5	35	1.44
56196562--56197332	315	2.5	314	94	0	1339	54	4	5	35	1.44
56202945--56202992	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
56203036--56203094	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
56203040--56203094	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
56203145--56203287	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
56203145--56203287	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
56203145--56203288	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
56203479--56203542	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
56209547--56209594	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
56209638--56209696	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
56209642--56209696	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
56209747--56209888	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
56209747--56209889	70	2.0	72	87	5	211	29	21	22	26	1.99
56210080--56210173	31	3.1	31	96	1	172	38	15	22	23	1.93
56210908--56210939	8	4.1	8	92	8	57	50	37	0	12	1.41
56210908--56210939	15	2.1	16	94	5	57	50	37	0	12	1.41
56212306--56212473	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
56220303--56220470	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
56223028--56223058	9	3.3	9	91	8	53	29	35	22	12	1.91
56223047--56223364	153	2.1	153	89	2	489	28	25	17	28	1.97
56223047--56223400	153	2.3	152	86	3	453	28	25	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56228226--56228376	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
56228266--56228392	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
56230768--56230891	47	2.7	46	80	9	135	24	25	20	29	1.99
56232517--56232622	44	2.4	44	81	7	108	21	15	29	33	1.94
56242812--56242854	20	2.2	20	100	0	86	30	9	9	51	1.65
56253014--56253188	49	3.5	49	84	3	251	28	26	18	26	1.98
56253007--56253193	100	1.9	100	96	0	347	28	26	19	25	1.99
56256387--56256511	48	2.6	48	90	0	196	26	22	22	28	1.99
56259688--56259827	23	5.9	23	71	16	74	25	22	19	32	1.97
56259688--56259755	23	2.7	26	80	6	79	25	22	19	33	1.97
56261381--56261597	120	1.8	120	82	2	283	27	25	20	26	1.99
56261365--56261574	40	5.2	40	87	1	269	28	26	20	24	1.99
56261577--56262161	123	4.8	123	96	0	1053	34	25	10	29	1.89
56261759--56261946	59	3.1	59	60	15	130	37	25	7	30	1.83
56265313--56265556	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
56265643--56265958	64	5.1	64	58	17	153	34	26	10	28	1.90
56265525--56266232	123	5.8	123	98	0	1308	34	25	10	29	1.89
56273742--56273772	10	3.1	10	90	0	53	51	0	0	48	1.00
56274240--56274274	18	2.0	18	88	5	54	31	8	0	60	1.27
56281351--56281535	40	4.6	40	84	4	212	28	22	24	23	1.99
56281351--56281556	80	2.6	80	85	0	250	27	22	25	24	2.00
56281351--56281556	40	5.2	40	82	3	193	27	22	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56289136--56289304	47	3.6	47	76	17	163	27	21	28	22	1.99
56289174--56289309	47	2.9	49	81	6	172	27	21	29	22	1.99
56289131--56289309	94	1.9	94	89	2	279	27	21	27	22	1.99
56298449--56298531	43	1.9	43	97	0	157	31	20	24	24	1.98
56308219--56308260	20	2.1	20	90	0	66	40	14	14	30	1.85
56308140--56308320	96	1.9	96	95	0	326	34	23	13	28	1.92
56310290--56310405	42	2.8	42	80	7	130	33	14	20	31	1.93
56313446--56313575	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
56318860--56319069	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
56327083--56327210	29	4.4	29	90	0	193	25	32	14	27	1.95
56328469--56328503	14	2.5	14	90	0	52	0	14	0	85	0.59
56333075--56333297	47	4.7	48	90	3	326	28	30	7	33	1.85
56336201--56336258	30	1.9	30	82	6	73	22	31	27	18	1.97
56340239--56340477	47	5.1	47	92	1	383	32	12	29	25	1.92
56340264--56340386	22	5.3	22	65	24	74	32	13	29	25	1.93
56340239--56340525	94	3.1	94	87	3	393	33	11	28	26	1.91
56340360--56340435	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
56340239--56340581	47	7.3	44	88	6	283	34	10	27	27	1.90
56340436--56340580	50	3.0	50	91	5	226	37	8	24	29	1.85
56340730--56340874	37	3.9	37	96	0	254	24	19	31	25	1.98
56344467--56344637	93	1.8	93	93	0	297	28	28	22	21	1.99
56344460--56344635	46	3.8	46	78	12	198	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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56412889--56412958	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
56419818--56419842	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
56420717--56420786	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
56424672--56424719	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
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56424767--56424821	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
56424872--56424990	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56424872--56424990	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
56425182--56425338	31	5.1	31	98	0	296	38	15	22	23	1.93
56432368--56432393	11	2.4	11	100	0	52	34	23	0	42	1.54
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56437829--56437961	27	4.9	27	85	1	160	27	10	21	39	1.86
56437829--56437982	54	2.8	53	80	3	166	27	11	22	38	1.88
56441411--56441577	46	3.7	46	70	20	154	28	28	20	21	1.98
56462257--56462373	42	2.7	43	82	6	166	31	13	19	35	1.91
56465369--56465405	20	1.9	20	88	5	58	10	0	32	56	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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