genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  114  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33074430--33074605	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
33078574--33078635	32	1.9	32	90	0	97	25	25	11	37	1.89
33078746--33078863	42	2.8	41	92	3	200	29	29	18	22	1.97
33078699--33078863	84	2.0	84	86	2	233	32	27	18	21	1.97
33082989--33083025	18	2.1	18	89	0	56	18	0	24	56	1.41
33084353--33084423	29	2.4	29	95	2	124	18	25	29	26	1.98
33086330--33086403	23	3.3	23	74	11	80	37	5	9	47	1.59
33090371--33090628	45	5.9	45	87	5	318	25	22	28	24	1.99
33101606--33101709	37	2.8	38	95	2	185	27	30	19	22	1.98
33101757--33102269	48	10.7	48	93	0	846	30	27	6	34	1.82
33105311--33105591	40	7.0	40	87	0	382	27	27	20	24	1.99
33107643--33108245	48	12.8	48	90	3	938	31	27	6	34	1.81
33107715--33107790	38	2.0	38	97	0	143	34	27	2	35	1.71
33111401--33111604	45	4.6	45	90	2	288	24	23	26	25	2.00
33116259--33116302	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
33129031--33129208	46	3.8	46	77	4	187	28	27	20	23	1.99
33129039--33129210	93	1.8	93	88	0	263	27	28	20	23	1.99
33131591--33131653	15	4.3	14	78	6	63	58	14	15	11	1.63
33131600--33131670	15	4.7	15	75	5	63	57	11	18	12	1.64
33131602--33131679	15	5.2	15	73	11	54	56	14	16	12	1.68
33133359--33133438	27	2.9	27	86	5	106	33	21	23	21	1.97
33133389--33133448	28	2.2	27	81	3	66	38	21	23	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33138606--33138672	24	2.8	24	95	0	116	19	17	28	34	1.95
33149823--33149975	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
33149792--33149974	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
33152746--33152977	49	4.7	49	80	5	277	29	27	17	25	1.97
33152746--33152977	101	2.3	98	82	5	270	29	27	17	25	1.97
33158180--33158303	47	2.6	47	93	0	221	34	16	25	24	1.95
33158284--33158323	20	2.0	20	100	0	80	35	15	20	30	1.93
33158237--33158370	67	2.0	67	95	0	241	35	16	23	25	1.95
33158304--33158626	47	6.9	47	92	0	504	34	13	27	23	1.93
33158190--33158417	114	2.0	114	96	0	420	34	16	25	24	1.95
33158600--33158690	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
33160312--33160391	29	2.7	29	84	5	108	27	30	15	27	1.96
33162887--33162997	35	3.2	34	84	1	141	14	11	32	41	1.82
33162887--33163043	70	2.2	70	81	6	167	15	11	31	41	1.82
33166556--33166682	47	2.7	45	81	11	132	30	20	25	22	1.98
33166556--33166874	46	6.7	49	72	10	211	28	20	29	21	1.98
33167978--33168016	21	1.9	20	84	5	51	17	38	20	23	1.93
33173875--33173919	21	2.2	20	84	4	54	40	0	17	42	1.50
33176970--33177002	16	2.1	16	100	0	66	48	33	6	12	1.65
33178485--33178601	29	4.1	29	79	5	107	30	13	29	25	1.94
33178538--33178602	27	2.3	29	80	17	75	29	15	32	23	1.95
33180007--33180075	30	2.3	30	97	0	129	18	23	36	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33180475--33180529	21	2.6	21	97	0	101	16	36	25	21	1.94
33181898--33181941	20	2.3	19	85	14	56	22	20	34	22	1.97
33182346--33182390	21	2.2	20	84	4	54	40	0	17	42	1.50
33193310--33193393	28	3.0	28	89	1	134	21	9	22	46	1.80
33194028--33194188	27	6.0	27	83	0	214	32	8	19	39	1.81
33194031--33194181	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
33194039--33194208	81	2.1	81	77	2	180	34	7	20	38	1.81
33194174--33194262	27	3.3	27	82	6	117	39	6	22	31	1.80
33208753--33208843	42	2.2	42	87	0	128	15	18	36	29	1.92
33229094--33229617	49	10.9	49	93	3	888	34	8	27	29	1.87
33229093--33229617	192	2.7	192	96	1	957	34	8	27	28	1.87
33229609--33229760	48	3.2	48	98	0	286	33	5	28	32	1.81
33229094--33229617	96	5.5	96	93	3	749	34	8	27	29	1.87
33231752--33232052	40	7.6	40	85	5	299	25	20	27	26	1.99
33235621--33236052	49	9.0	48	93	3	728	34	9	27	28	1.88
33235621--33236052	96	4.5	94	94	3	711	34	9	27	28	1.88
33235623--33236052	145	3.0	145	96	1	765	34	9	27	28	1.88
33236044--33236195	48	3.2	48	95	0	268	32	6	28	31	1.83
33236235--33236362	37	3.4	37	94	1	220	24	17	32	25	1.97
33243806--33243935	47	2.8	47	83	2	154	33	28	16	22	1.95
33248782--33248872	42	2.2	41	84	2	119	15	20	36	27	1.93
33256929--33257059	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33262179--33262364	55	3.5	53	74	14	161	19	24	19	36	1.95
33269660--33269854	53	3.6	54	78	4	196	21	24	17	36	1.94
33274958--33275012	25	2.2	26	78	15	62	49	3	9	38	1.52
33285067--33285120	21	2.6	21	76	8	56	64	0	1	33	1.04
33285145--33285174	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
33285269--33285298	14	2.2	14	94	5	53	33	6	20	40	1.78
33291076--33291333	46	5.5	47	72	12	176	24	28	18	28	1.98
33291751--33291822	35	2.0	36	97	2	137	29	23	5	41	1.77
33295640--33295821	77	2.3	79	87	2	251	24	22	30	23	1.99
33295639--33295790	39	3.9	39	90	2	234	24	21	30	23	1.99
33295640--33295821	39	4.6	39	87	2	231	24	22	30	23	1.99
33298371--33298440	27	2.6	27	90	2	113	31	27	12	28	1.93
33300952--33300993	15	2.8	15	100	0	84	33	19	28	19	1.96
33303915--33303947	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
33313530--33313632	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
33315718--33315899	40	4.6	40	78	8	167	24	24	28	23	2.00
33315718--33315868	78	1.9	80	85	5	209	25	23	28	23	1.99
33323237--33323418	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
33323237--33323418	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
33324489--33324692	40	5.1	40	75	7	182	26	20	25	26	1.99
33324485--33324685	80	2.5	80	80	7	219	26	20	26	26	1.99
33326754--33326913	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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33337566--33337725	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
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33401576--33401800	41	5.5	41	79	11	203	33	25	16	24	1.96
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33408968--33409171	80	2.5	80	80	1	230	25	22	27	24	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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