genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  256  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79329694--79329804	38	2.9	37	88	6	159	27	21	27	23	1.99
79334837--79335008	46	3.7	47	78	16	164	23	19	26	30	1.98
79338407--79338522	38	2.7	43	83	13	152	22	19	29	28	1.98
79338408--79338470	20	3.2	20	67	24	62	20	20	30	28	1.98
79345938--79346110	46	3.8	45	76	13	181	22	20	27	30	1.98
79345935--79346105	93	1.8	93	93	0	297	22	20	28	29	1.98
79351295--79351478	40	4.6	40	81	4	174	27	22	26	23	2.00
79356989--79357173	40	4.6	40	82	2	219	25	23	25	24	2.00
79356989--79357173	80	2.3	81	84	4	241	25	23	25	24	2.00
79362445--79362629	40	4.6	40	79	2	192	25	22	25	26	2.00
79367480--79367539	29	2.1	29	96	0	111	43	18	13	25	1.86
79369179--79369245	23	2.9	24	84	10	95	17	20	20	40	1.92
79369170--79369244	23	3.2	23	81	9	89	18	20	21	40	1.92
79369178--79369257	23	3.4	23	79	8	90	22	20	18	38	1.93
79369250--79369299	26	2.0	25	84	4	64	32	24	20	24	1.98
79370248--79370403	66	2.4	66	81	5	174	22	25	26	25	2.00
79373478--79373508	15	2.1	15	93	0	53	19	25	12	41	1.87
79375467--79375507	22	1.9	21	85	5	55	17	26	41	14	1.88
79376578--79376744	46	3.6	45	80	15	148	24	26	18	29	1.98
79377266--79377299	17	2.0	17	100	0	68	17	11	23	47	1.81
79383440--79383499	30	2.0	30	90	0	93	56	15	3	25	1.54
79386165--79386623	230	2.0	230	94	0	810	40	16	14	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79391211--79391395	79	2.3	81	80	9	202	23	27	24	24	2.00
79391204--79391395	40	4.8	40	75	7	133	22	28	23	25	2.00
79398872--79399010	40	3.5	40	79	4	131	22	28	23	25	1.99
79398874--79399063	40	4.8	40	69	11	111	24	27	22	25	2.00
79401469--79401569	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
79401498--79401569	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
79409281--79409381	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
79409310--79409381	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
79425618--79425707	28	3.3	26	80	10	99	35	22	23	18	1.96
79425809--79425870	26	2.4	26	94	0	106	24	14	27	33	1.94
79425809--79425883	26	2.9	26	89	0	96	22	13	28	36	1.92
79433490--79433577	28	3.2	28	82	3	99	37	21	25	15	1.93
79437047--79437250	40	5.1	40	92	2	286	22	23	29	25	1.99
79443610--79443835	49	4.7	47	91	2	353	32	7	30	30	1.85
79443610--79443835	96	2.4	97	91	5	372	32	7	30	30	1.85
79443807--79443862	16	3.4	16	69	26	53	32	3	32	32	1.75
79443802--79443871	34	2.1	34	97	0	131	31	5	34	28	1.81
79443753--79443913	81	2.0	83	85	4	220	32	6	32	28	1.82
79444568--79444593	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
79449986--79450071	40	2.2	40	82	4	111	20	24	26	27	1.99
79450012--79450191	40	4.5	40	77	4	175	23	26	24	25	2.00
79457459--79457668	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79469982--79470191	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
79473985--79474099	40	2.9	39	75	7	106	24	23	22	29	1.99
79494284--79494345	31	2.0	31	100	0	124	32	16	6	45	1.72
79498559--79498590	16	1.9	17	93	6	57	37	9	9	43	1.69
79498863--79499019	41	3.8	41	95	0	260	26	16	26	30	1.97
79501625--79501703	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
79502806--79502843	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
79509420--79509498	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
79510595--79510632	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
79513075--79513112	16	2.2	18	86	9	53	50	10	0	39	1.37
79515280--79515318	20	2.0	20	89	0	60	17	12	28	41	1.87
79524191--79524309	43	2.8	42	81	12	161	32	15	23	28	1.95
79525845--79525887	18	2.4	19	84	11	63	18	41	25	13	1.88
79527987--79528124	50	2.7	52	76	10	160	28	18	26	27	1.98
79530769--79530866	28	3.5	28	94	5	164	31	26	12	29	1.92
79533881--79533917	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
79534476--79534649	46	3.8	46	76	14	178	21	18	29	31	1.97
79534471--79534641	93	1.8	93	91	2	281	21	19	29	30	1.97
79535251--79535338	43	2.0	43	97	0	167	23	10	26	39	1.86
79540325--79540491	46	3.7	45	77	7	160	26	20	29	23	1.99
79543307--79543343	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
79543900--79544075	46	3.8	46	77	12	198	20	18	29	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79543897--79544067	93	1.8	93	92	0	288	20	19	29	30	1.97
79551176--79551272	28	3.4	29	90	8	139	31	26	11	29	1.91
79553131--79553380	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
79556579--79556620	22	1.9	22	95	0	75	78	7	4	9	1.08
79560601--79560670	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
79560601--79560682	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
79567785--79567854	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
79567785--79567866	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
79572531--79572697	40	4.2	40	77	7	153	26	22	27	23	1.99
79581522--79581643	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
79581745--79582057	49	6.4	49	96	0	581	29	32	9	29	1.88
79594678--79594858	40	4.6	40	84	3	215	25	23	25	25	2.00
79596281--79596364	27	3.1	27	78	11	84	35	21	21	21	1.96
79596502--79596615	27	4.3	26	83	7	140	23	25	18	32	1.97
79596738--79596777	19	2.0	20	85	9	55	40	17	25	17	1.91
79602586--79602718	43	3.1	43	84	2	180	29	31	25	13	1.94
79602695--79602890	38	5.1	38	88	3	295	30	25	22	21	1.99
79602695--79602890	78	2.6	75	84	5	284	30	25	22	21	1.99
79604240--79604272	2	17.0	2	87	6	50	51	3	0	45	1.16
79605832--79605915	27	3.1	27	78	11	84	35	21	21	21	1.96
79606053--79606166	27	4.3	26	83	7	140	23	25	18	32	1.97
79606289--79606328	19	2.0	20	85	9	55	40	17	25	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79613777--79613957	40	4.6	40	84	3	215	25	23	25	25	2.00
79615379--79615462	27	3.1	27	78	11	84	35	21	21	21	1.96
79615600--79615713	27	4.3	26	83	7	140	23	25	18	32	1.97
79615837--79615876	19	2.0	20	85	9	55	40	17	25	17	1.91
79621683--79621815	43	3.1	43	84	2	180	29	31	25	13	1.94
79621792--79621987	38	5.1	38	88	3	295	30	25	22	21	1.99
79621792--79621987	78	2.6	75	84	5	284	30	25	22	21	1.99
79623336--79623368	2	17.0	2	87	6	50	51	3	0	45	1.16
79629121--79629149	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
79630097--79630351	131	1.9	132	80	2	289	30	18	17	32	1.95
79630288--79630625	129	2.6	127	77	3	318	26	18	16	38	1.92
79642110--79642819	44	16.2	44	86	2	870	29	14	29	26	1.95
79644390--79644455	28	2.4	25	72	20	60	22	22	9	45	1.80
79644655--79644689	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
79645775--79646010	131	1.8	131	81	1	294	28	17	18	34	1.94
79647846--79647910	27	2.4	27	92	0	103	36	16	21	24	1.94
79648046--79648096	27	1.9	26	88	4	75	21	21	21	35	1.96
79648046--79648115	27	2.6	27	81	2	70	21	21	22	34	1.97
79649603--79649631	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
79650799--79651182	197	2.0	188	90	6	605	26	28	16	29	1.97
79651807--79651867	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
79657617--79657683	27	2.5	27	85	7	84	37	16	19	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79660028--79660186	43	3.7	43	75	9	128	28	18	22	30	1.98
79660480--79660668	94	2.0	94	100	0	378	33	7	21	38	1.81
79668505--79668675	53	3.2	53	85	3	220	24	19	19	36	1.95
79668506--79668675	27	6.4	27	84	2	211	24	20	19	35	1.95
79673466--79673616	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
79673502--79673632	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
79678032--79678082	27	1.9	27	84	4	68	37	21	19	21	1.95
79678087--79678255	27	6.3	27	80	3	153	26	20	17	35	1.95
79678087--79678255	54	3.1	54	79	0	187	26	20	17	35	1.95
79679373--79679542	43	3.9	43	80	4	162	25	15	24	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438