genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  95  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26696092--26696303	80	2.7	80	88	2	320	24	22	27	25	2.00
26702749--26702872	44	2.7	47	82	8	166	28	29	18	24	1.98
26702749--26703005	94	2.8	95	80	7	258	24	29	19	25	1.98
26704503--26704674	93	1.8	94	87	1	256	20	19	29	30	1.97
26704512--26704682	46	3.7	46	76	8	166	20	18	29	31	1.96
26707607--26707675	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
26707598--26707685	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
26709612--26709784	46	3.8	45	79	10	188	21	19	30	29	1.97
26709606--26709776	93	1.8	93	91	0	279	21	19	29	29	1.98
26711997--26712054	29	2.0	29	86	10	82	37	20	24	17	1.93
26713760--26713792	15	2.1	17	88	11	52	39	0	3	57	1.14
26727859--26727888	16	1.9	16	93	6	53	20	6	0	73	1.05
26734296--26734359	27	2.4	27	92	7	105	43	26	9	20	1.82
26740598--26740635	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
26743451--26743700	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
26751625--26751874	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
26758363--26758474	27	4.1	27	78	7	84	36	22	24	16	1.94
26758890--26758919	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
26759894--26759964	24	3.0	24	97	0	133	26	38	0	35	1.57
26761013--26761064	26	2.0	26	96	0	95	32	7	13	46	1.72
26766312--26766360	24	2.0	26	84	8	66	53	4	2	40	1.32
26766862--26766940	39	2.0	39	95	0	140	25	29	3	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26768250--26768691	44	10.0	44	91	1	616	23	30	16	30	1.96
26768899--26769020	60	2.0	64	84	9	164	37	12	15	34	1.85
26777860--26778101	40	6.1	40	89	1	335	26	27	23	22	2.00
26786098--26786355	40	6.5	40	90	2	351	25	29	22	22	1.99
26792743--26792785	17	2.6	17	77	3	52	53	2	9	34	1.46
26793559--26793639	39	2.1	39	97	0	153	24	28	4	41	1.75
26797640--26797680	15	2.7	15	84	3	55	60	0	12	26	1.31
26802725--26802784	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
26813797--26813843	19	2.5	19	82	0	58	14	31	29	23	1.95
26817033--26817080	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
26817124--26817182	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
26817128--26817182	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
26817233--26817351	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
26817233--26817351	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
26817543--26817627	31	2.7	31	87	7	120	36	17	25	20	1.94
26821662--26821709	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
26821753--26821811	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
26821757--26821811	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
26821862--26821980	24	5.0	24	86	5	161	28	21	22	27	1.99
26821862--26821980	47	2.5	48	87	5	161	28	21	22	27	1.99
26822171--26822234	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
26825552--26825584	13	2.4	14	90	5	50	63	12	0	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26827063--26827363	56	5.7	55	70	21	198	32	24	13	28	1.94
26827082--26827363	150	1.9	148	87	4	415	32	24	13	29	1.93
26827230--26827385	56	2.8	56	84	4	210	32	25	15	27	1.95
26827141--26827317	94	1.9	94	89	2	275	34	24	12	27	1.92
26827348--26827485	43	3.3	42	88	7	199	29	26	18	25	1.98
26831872--26831904	13	2.4	14	90	5	50	63	12	0	24	1.28
26833403--26833809	56	7.5	56	86	5	495	35	25	12	26	1.92
26833791--26833963	43	4.0	43	85	4	251	29	25	17	27	1.97
26833791--26833958	85	2.0	85	89	2	257	29	26	17	27	1.97
26836874--26836961	45	2.0	45	82	8	108	53	9	3	34	1.49
26842710--26842888	27	6.7	27	88	1	245	41	20	7	30	1.79
26842710--26842942	81	2.9	81	82	5	233	40	20	8	30	1.81
26842872--26842946	27	2.8	27	83	4	98	38	22	10	28	1.87
26842762--26843015	54	4.7	54	80	4	140	36	21	9	32	1.85
26842938--26843283	27	12.8	27	88	1	426	29	22	7	40	1.82
26842965--26843327	81	4.5	81	81	5	212	29	22	7	40	1.82
26844506--26844553	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
26844597--26844655	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
26844706--26844848	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	27	1.99
26844706--26844848	47	3.0	47	89	5	198	28	21	22	27	1.99
26844706--26844849	71	2.0	72	87	4	211	29	21	22	27	1.99
26845040--26845134	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26860958--26861060	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
26868976--26869078	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
26877149--26877200	24	2.2	24	100	0	104	42	15	9	32	1.79
26880694--26880788	40	2.4	40	85	3	138	28	28	15	27	1.96
26883143--26883193	25	2.0	25	100	0	102	21	19	15	43	1.88
26886243--26886370	37	3.4	37	97	1	238	25	32	18	23	1.97
26886410--26886551	48	3.0	48	91	0	248	31	27	6	34	1.82
26888134--26888345	48	4.4	48	95	0	388	32	25	6	35	1.81
26888329--26888429	49	2.2	43	78	20	132	31	28	6	32	1.84
26905177--26905216	21	2.0	20	90	5	62	40	0	40	20	1.52
26908104--26908363	40	6.6	40	78	8	248	25	23	26	24	2.00
26908104--26908328	120	1.9	121	83	4	294	25	23	27	24	2.00
26916224--26916448	40	5.6	40	82	5	249	25	24	26	23	2.00
26916224--26916484	80	3.3	80	83	3	303	26	24	26	23	2.00
26916224--26916484	120	2.2	120	82	6	316	26	24	26	23	2.00
26920391--26920482	39	2.3	40	83	3	116	18	29	19	32	1.96
26920411--26920479	20	3.5	20	72	14	63	17	30	18	33	1.94
26920758--26920815	29	2.0	29	100	0	116	34	10	10	44	1.73
26923386--26923572	101	1.9	100	87	4	279	27	28	18	25	1.98
26923386--26923561	50	3.5	49	82	7	185	28	27	18	25	1.98
26925379--26925469	46	2.0	46	93	0	155	38	13	20	27	1.90
26926524--26926567	18	2.4	18	81	7	54	45	13	18	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26930629--26930850	46	4.8	46	84	3	275	21	21	28	28	1.98
26930625--26930796	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
26938166--26938211	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
26939374--26939483	43	2.6	43	78	8	111	26	20	24	29	1.99
26940672--26940699	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
26941205--26941263	29	2.0	29	100	0	118	20	13	27	38	1.90
26944169--26944232	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
26944424--26944588	23	7.0	24	91	6	248	26	22	22	29	1.99
26944424--26944588	47	3.5	48	90	6	248	26	22	22	29	1.99
26944639--26944678	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
26944721--26944768	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
26952296--26952359	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
26952551--26952668	23	5.0	24	89	7	170	26	22	22	28	1.99
26952551--26952668	47	2.5	47	89	6	168	26	22	22	28	1.99
26952719--26952778	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
26952719--26952773	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
26952821--26952868	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
26958572--26958664	43	2.2	41	86	3	123	27	18	24	29	1.98
26965183--26965265	29	2.9	29	80	1	96	22	15	32	28	1.95
26965564--26965619	27	2.1	27	82	0	67	42	23	16	17	1.88
26967335--26967366	15	2.2	15	94	5	57	25	0	0	75	0.81
26968408--26968469	30	2.1	30	96	0	115	25	16	20	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26971851--26971920	27	2.5	28	97	2	133	31	27	12	28	1.93
26972395--26972422	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
26977021--26977048	11	2.5	11	100	0	56	53	10	0	35	1.36
26977758--26977812	28	2.0	28	92	0	92	30	27	16	25	1.96
26982797--26982860	31	2.1	31	93	0	110	21	21	17	39	1.93
26983051--26983170	24	5.0	24	92	3	188	25	21	23	29	1.99
26983221--26983280	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
26983323--26983370	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
26990043--26990174	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
27001999--27002048	15	3.3	15	85	0	64	54	10	22	14	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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