genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  302  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94369576--94369616	6	6.5	6	83	10	55	78	2	0	19	0.87
94369562--94369611	20	2.4	21	90	6	75	70	2	0	28	0.99
94369579--94369618	20	2.0	20	90	0	62	75	5	0	20	0.99
94369636--94369694	9	6.6	9	84	0	82	25	10	20	44	1.83
94370243--94370271	6	4.8	6	100	0	58	17	68	13	0	1.20
94370961--94371007	6	7.8	6	86	9	69	2	2	82	12	0.84
94370956--94371008	13	4.3	13	88	9	67	5	3	79	11	1.03
94370974--94371006	11	2.9	11	95	4	57	0	0	84	15	0.61
94370961--94371008	17	2.7	18	87	9	71	4	2	81	12	0.93
94371048--94371105	31	1.9	30	89	3	89	37	0	1	60	1.07
94376639--94376671	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
94384652--94384684	16	2.1	16	94	0	57	27	33	33	6	1.81
94389780--94390161	132	2.9	131	87	2	534	29	18	24	27	1.98
94392037--94392063	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
94393135--94393439	130	2.3	130	81	5	348	28	19	18	32	1.96
94400952--94401072	39	3.2	38	66	11	95	36	11	27	24	1.90
94400916--94401078	76	2.1	76	93	2	274	34	12	26	25	1.92
94400924--94401042	37	3.2	37	66	9	96	36	12	26	25	1.91
94401781--94401832	7	7.3	7	78	4	59	21	1	28	48	1.61
94401781--94401832	14	3.6	14	84	5	68	21	1	28	48	1.61
94401867--94401923	14	4.2	13	71	8	51	21	1	33	43	1.63
94401839--94401944	22	5.0	21	74	13	83	20	0	36	41	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94409389--94409420	2	17.0	2	87	12	50	46	0	0	53	1.00
94417113--94417155	20	2.2	20	82	0	50	44	2	2	51	1.27
94417758--94417795	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
94425543--94425712	45	3.7	47	77	17	169	27	29	21	21	1.99
94425543--94425712	93	1.8	93	94	1	306	27	29	21	21	1.99
94427363--94427528	67	2.5	67	83	2	190	24	22	18	35	1.95
94427380--94427528	67	2.2	68	83	3	194	24	23	16	34	1.95
94432885--94432917	10	3.4	10	87	4	50	54	0	24	21	1.45
94446046--94446238	106	1.8	105	84	1	260	43	1	10	44	1.46
94449772--94450341	310	1.8	312	79	7	668	43	9	13	33	1.76
94449754--94450463	315	2.3	313	77	7	688	44	9	13	33	1.75
94451030--94451107	26	2.9	26	74	23	72	55	0	1	43	1.08
94451040--94451089	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
94451171--94451206	18	2.0	18	88	0	54	63	2	0	33	1.08
94454807--94454906	42	2.4	42	84	0	146	25	20	18	37	1.94
94461684--94461743	30	2.0	30	86	0	84	38	6	25	30	1.81
94496914--94497030	61	2.0	55	88	9	171	27	13	24	34	1.93
94499584--94499759	46	3.8	45	78	10	185	21	21	28	28	1.98
94499580--94499752	93	1.9	93	92	0	292	21	21	29	27	1.99
94507092--94507134	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
94512262--94513001	247	3.0	247	92	1	1209	37	14	11	36	1.82
94514518--94514551	17	1.9	18	88	5	52	41	0	8	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94520422--94520468	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
94524483--94524525	9	4.8	9	85	0	59	62	0	9	27	1.25
94524492--94524528	18	2.1	18	100	0	74	67	0	5	27	1.12
94524675--94524714	17	2.4	16	83	4	53	55	2	42	0	1.13
94538375--94538412	17	2.2	17	95	0	67	57	13	0	28	1.36
94538748--94538793	24	1.9	24	86	0	65	17	26	8	47	1.76
94544789--94544954	84	2.0	84	95	0	296	30	12	19	36	1.89
94548639--94548684	18	2.6	18	82	3	58	13	17	32	36	1.88
94548673--94548759	44	2.0	43	81	2	102	18	19	31	31	1.96
94553605--94553633	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
94554723--94554844	45	2.7	45	87	0	172	22	15	28	32	1.95
94557990--94558156	40	4.2	40	74	9	139	26	23	25	23	2.00
94564620--94564729	55	2.0	55	80	7	123	40	18	12	28	1.87
94565918--94566085	40	4.2	40	74	8	141	26	23	26	23	2.00
94569834--94569870	18	2.1	18	100	0	74	45	10	10	32	1.74
94579978--94580035	30	1.9	30	85	0	80	18	27	29	24	1.98
94584717--94584990	46	6.0	46	91	0	395	39	14	23	22	1.90
94589959--94590275	45	7.0	46	93	2	471	39	14	23	22	1.91
94589959--94590275	91	3.5	92	90	3	471	39	14	23	22	1.91
94595669--94595840	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
94595661--94595836	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
94598137--94598224	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94598137--94598215	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
94598148--94598224	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
94601170--94601341	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
94601162--94601337	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
94603439--94603758	46	7.0	46	93	0	453	40	14	22	22	1.91
94604865--94604906	17	2.5	17	88	7	59	14	16	35	33	1.89
94604938--94604980	17	2.6	15	80	20	50	16	20	32	30	1.95
94604911--94605058	61	2.5	60	85	3	190	18	18	29	33	1.95
94604999--94605041	17	2.5	17	80	3	50	13	20	27	37	1.91
94605728--94605761	12	2.6	14	81	18	54	79	0	0	20	0.73
94605728--94605761	13	2.6	13	86	13	52	79	0	0	20	0.73
94615340--94615749	199	2.1	199	99	0	813	38	10	12	39	1.76
94619629--94619782	29	5.5	27	72	13	107	27	21	20	30	1.98
94619814--94619857	22	2.0	22	82	8	54	40	25	11	22	1.87
94624303--94624408	14	7.0	15	70	20	62	59	0	8	31	1.34
94627483--94627534	20	2.6	19	76	8	50	3	13	3	78	1.02
94644711--94644751	15	3.1	14	83	16	52	63	0	19	17	1.31
94645676--94645736	28	2.2	27	94	5	113	62	6	4	26	1.40
94649538--94649639	44	2.3	45	86	5	136	43	16	20	19	1.88
94649615--94649741	45	2.8	45	85	0	173	39	16	20	23	1.92
94653548--94653665	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
94653516--94653679	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94659664--94659781	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
94659632--94659795	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
94660549--94660595	21	2.2	22	92	3	78	23	8	19	48	1.75
94666780--94666897	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
94666748--94666911	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
94672019--94672106	46	1.9	46	92	0	149	28	20	6	44	1.77
94672065--94672201	54	2.5	56	84	5	172	23	24	12	39	1.89
94673453--94673490	20	1.9	20	94	0	67	34	28	10	26	1.90
94674847--94674899	27	2.0	27	100	0	106	49	15	15	20	1.80
94675474--94675512	20	1.9	21	89	5	62	74	12	5	7	1.20
94675527--94675738	104	2.0	105	95	0	381	31	18	15	34	1.93
94681352--94681423	36	2.0	36	88	0	108	29	30	19	20	1.97
94689826--94689870	24	1.9	24	86	4	65	37	15	20	26	1.92
94691561--94691693	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
94691591--94691693	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
94697416--94697589	46	3.7	46	77	12	144	23	28	18	29	1.98
94719811--94719863	25	2.2	24	89	3	79	18	24	20	35	1.95
94729156--94729319	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
94729156--94729353	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
94736114--94736277	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
94736114--94736311	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
94741949--94742154	40	5.2	40	84	2	245	27	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94752018--94752095	24	3.2	23	80	5	75	21	24	20	33	1.97
94752052--94752106	23	2.3	24	84	3	67	23	20	20	36	1.95
94752278--94752363	20	4.4	20	76	5	95	31	5	19	43	1.75
94754267--94754330	25	2.6	25	84	0	74	45	18	14	21	1.85
94755797--94755850	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
94755994--94756030	18	1.9	18	89	10	56	40	5	0	54	1.24
94757170--94757284	43	2.7	42	79	2	140	30	16	22	30	1.96
94758741--94758822	41	2.0	41	100	0	164	51	14	9	24	1.72
94758739--94758807	22	3.3	22	61	19	56	47	17	8	26	1.76
94768298--94768436	24	5.8	24	97	0	251	35	27	17	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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